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非コードRNAによって形成される核内相分離環境の継承機構の解明

公募研究

研究領域多様かつ堅牢な細胞形質を支える非ゲノム情報複製機構
研究課題/領域番号 20H05377
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関大阪大学

研究代表者

廣瀬 哲郎  大阪大学, 生命機能研究科, 教授 (30273220)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 中途終了 (2021年度)
配分額 *注記
8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
2021年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワードRNA / エピジェネティックス / 核構造・機能 / 遺伝子発現調節 / 細胞小器官 / エピジェネティクス
研究開始時の研究の概要

哺乳類細胞の核内には膜を持たない構造体が存在し遺伝子発現の重要な基点として働いている。こうした構造体は、非コードRNAを骨組みにして相分離という物理現象を介して形成されることが明らかになった。そこで、本研究では2種類の相分離によって形成された構造体を取り上げ、構造体の周囲に形成されたクロマチンを含む核内構造が細胞分裂時にどのように解消され、さらに細胞分裂後に再形成されるのかを理解することを目指す。

研究実績の概要

特異的な非コードRNAを骨格にして形成される核内相分離構造体の内部構造と作動機構の解析を通して、その継承機構を明らかにすることを目的として研究を実施した。前年度に引き続き、熱ストレスによって特異的に形成される核内ストレス体(nSB)の温度変化によって生じる内部変化と機能を追跡する研究をさらに進めた。前年度までに、熱ストレス後のリカバリー期になると、リン酸化酵素CLK1がnSB内にリクルートされてnSBがスプライシング制御因子のリン酸化の「るつぼ」として働き、それによって温度変化に応答したRNAスプライシングを効率良く制御していること、またnSBの骨格分子であるHSATIII ncRNAが高度にm6A修飾され、m6A修飾のリーダータンパク質YTHDC1をnSBに繋留する「スポンジ」機能によって、やはり温度依存的スプライシングを制御していることを明らかにした。今年度は、この「るつぼ」と「スポンジ」という2つの機構がお互いに独立して働いていることを、各機構のキー因子の機能阻害実験によって明らかにした。またその独立性をもたらす機構として、るつぼ機構に関わるSRSF9とスポンジ機構に関わるYTHDC1が、HSATIII主要配列のGGAAUリピートの非メチル化配列とメチル化配列にそれぞれ特異的に結合することを、in vitro RNAプルダウン実験によって明らかにした。さらに超解像顕微鏡を用いたnSB観察で、るつぼ因子とスポンジ因子はnSB構造内の異なる部位に局在していることを示すデータを得た。これによって、HSATIII ncRNAの部分的なm6Aメチル化によって、メチル化部位と非メチル化部位を起点に2つの異なるRNP装置が形成され、それぞれがるつぼ、スポンジという機構を介して、異なるpre-mRNA群の温度依存的スプライシングを制御していることが明らかになった。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 1件、 招待講演 6件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] UWA(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] CNRS(フランス)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] CNRS(フランス)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Western Australia(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] m6A modification of HSATIII lncRNAs regulates temperature‐dependent splicing2021

    • 著者名/発表者名
      Ninomiya Kensuke、Iwakiri Junichi、Aly Mahmoud Khamis、Sakaguchi Yuriko、Adachi Shungo、Natsume Tohru、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Suzuki Tsutomu、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 40 号: 15

    • DOI

      10.15252/embj.2021107976

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Paraspeckles are constructed as block copolymer micelles.2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      EMBO Journal

      巻: - 号: 12

    • DOI

      10.15252/embj.2020107270

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Control of condensates dictates nucleolar architecture.2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Science

      巻: 373 号: 6554 ページ: 486-487

    • DOI

      10.1126/science.abj8350

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distinct RNA polymerase transcripts direct the assembly of phase-separated DBC1 nuclear bodies in different cell lines2021

    • 著者名/発表者名
      Mannen Taro、Goto Masato、Yoshizawa Takuya、Yamashita Akio、Hirose Tetsuro、Hayano Toshiya
    • 雑誌名

      Molecular Biology of the Cell

      巻: 32 号: 21

    • DOI

      10.1091/mbc.e21-02-0081

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A histone modifier, ASXL1, interacts with NONO and is involved in paraspeckle formation in hematopoietic cells2021

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Keita、Goyama Susumu、Asada Shuhei、Fujino Takeshi、Yonezawa Taishi、Sato Naru、Takeda Reina、Tsuchiya Akiho、Fukuyama Tomofusa、Tanaka Yosuke、Yokoyama Akihiko、Toya Hikaru、Kon Ayana、Nannya Yasuhito、Onoguchi-Mizutani Rena、Nakagawa Shinichi、Hirose Tetsuro、Ogawa Seishi、Akimitsu Nobuyoshi、Kitamura Toshio
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 36 号: 8 ページ: 109576-109576

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2021.109576

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] CRISPR-mediated mutagenesis of long noncoding RNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki T., Hirose T.
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2254 ページ: 283-303

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1158-6_18

    • ISBN
      9781071611579, 9781071611586
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phase separation driven by production of architectural RNA transcripts.2020

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Yamamoto, Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Soft matter

      巻: 16 号: 19 ページ: 4692-4698

    • DOI

      10.1039/c9sm02458a

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ゲノムの暗黒物質はどこまで解明されたか2020

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 雑誌名

      北海道医学雑誌

      巻: 95 ページ: 99-101

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] The novel molecular function of HSATIII lncRNAs in cytoplasm2021

    • 著者名/発表者名
      二宮賢介, 廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第22回 日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Molecular grammar of the SFPQ prion-like domain for the paraspeckle segregation from nuclear speckles2021

    • 著者名/発表者名
      高桑央, 山崎智弘, SOUQUERE Sylvie, PIERRON Gerard, 村上正晃, 廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第22回 日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Paraspeckles are constructed as block copolymer micells2021

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘, 山本哲也, SOUQUERE Sylvie, 中川真一, PIERRON Gerard, 廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第22回 日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Analyses of the temperature-dependent recruitment mechanism of Cdc2-like kinase 1 to nuclear stress body2021

    • 著者名/発表者名
      上野剛志, 二宮賢介, 廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第22回 日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] The Elements and Machinery of Architectural Long Noncoding RNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      Keystone Symposia
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 非コードRNAによる相分離構造体の形成と機能制御2021

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第112回 未来医療セミナー
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] HSATIII IncRNAs dictate primate-specific response to thermal stress through the dual mechanisms of splicing control2020

    • 著者名/発表者名
      二宮賢介, 廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第43回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非コードRNAによる相分離構造体の形成と機能制御2020

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 学会等名
      核酸医薬シンポジウム 2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ノンコーディングRNAによる核内構造体アーキテクチュア2020

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第79回 日本癌学会 学術総会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Formation and function of phase separated nuclear bodies formed by architectural RNAs2020

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第93回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] 霊長類細胞は二刀流で熱ストレスに対処する(RNA構造体による遺伝子発現制御機構の発見)

    • URL

      https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2021/20210629_1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 物理であばいた細胞内の秘密 RNAによる核内構造体形成の新たなしくみを発見

    • URL

      https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2021/20210422_1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2022-12-28  

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