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幹細胞のエンハンサー機能を支えるクロマチン継承機構

公募研究

研究領域多様かつ堅牢な細胞形質を支える非ゲノム情報複製機構
研究課題/領域番号 20H05395
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

秋山 智彦  慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (20570691)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 交付 (2021年度)
配分額 *注記
8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
2021年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワード多能性幹細胞 / 分化制御 / エンハンサー複製 / 幹細胞 / 自己複製 / エンハンサー / クロマチン
研究開始時の研究の概要

造血幹細胞や多能性幹細胞に代表される「幹細胞」は、自己複製と分化能という2つの性質を持つ。自己複製を続ける幹細胞が、分化細胞へと変化するには、未分化性維持に関わる「非ゲノム情報」をすみやかに除去しなければならない。本研究では、エンハンサー領域におけるクロマチン制御に着目し、幹細胞が持つ堅牢性と可塑性という2つの側面を支える分子機構を明らかにする。

研究実績の概要

造血幹細胞や多能性幹細胞に代表される「幹細胞」の非ゲノム情報はどのように維持されているのだろうか。分化能を有しながら自己複製を行う幹細胞は堅牢性と可塑性を兼ね備えていると考えられる。自己複製していた細胞が、環境変化に応じて分化細胞へと転じるには体細胞とは異なり、それまでの性質、すなわち未分化維持に関わる非ゲノム情報をすみやかに除去しなければならない。胚性幹細胞(ES細胞)の場合、OCT4を中心とした転写因子ネットワークがそれに当たるが、いかにしてOCT4が自己複製を制御しつつ、柔軟に細胞分化に対応できるのかは大きな謎である。本研究では、性染色体にコードされるJmjCドメイン蛋白質UTXおよびUTYがOCT4を正しいエンハンサー領域に配置させる候補因子であることを見出した。UTX/UTYによる脱メチル化酵素非依存的なエンハンサー形成機構を明らかにするために、UTXとUTYのChIP-seqを行い、ゲノム上の結合サイトを調べた。その結果、UTX/UTYは、活性化遺伝子のエンハンサー領域とプロモーター領域に結合していることがわかった。UTX/UTYのダブルノックアウト(DKO)させた細胞では、遺伝子の抑制化が起こるため、両ファクターはエンハンサーとプロモーターの相互作用を制御している可能性が高い。それを支持するデータとしてUTX/UTYのDKOでは、OCT4の乖離だけではなく、転写マシナリーを構成するCHD7やRNAポリメラーゼIIの欠落を引き起こすことが分かった。さらに分化誘導を行ったところDKO細胞では、テラトーマ形成能に異常が起こり、自己組織化された成熟性組織を形成することができないことがわかった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初計画した幹細胞の自己複製能と分化能を制御するエンハンサー構造の変化を明らかにすることができたため。

今後の研究の推進方策

分化誘導したES細胞においてOCT4のゲノムワイドな結合変化を調べ、分化初期、そして分化遷移期に機能的エンハンサー領域に結合するのか検証する。留意する点として、分化遷移期には、分化を担う新たな転写因子ネットワークを構築する転写因子が発現してくる。例えば、中胚葉系分化では、転写因子GATA4, CDX2, EOMESが早期に発現する。つまり、OCT4とこれらの転写因子が1つの細胞内で共存する状態が分化過程にあると考えられる。したがって、分化遷移期のOCT4結合と同時に、分化関連因子の結合変化を調べることがエンハンサー構造の同定には重要である。OCT4が新たに結合する領域およびのクロマチン構造の特徴を見出し、分化遷移期に働くエンハンサー構造を明らかにする。

報告書

(1件)
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2020

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件)

  • [雑誌論文] Synthetic mRNA‐based differentiation method enables early detection of Parkinson's phenotypes in neurons derived from Gaucher disease‐induced pluripotent stem cells2020

    • 著者名/発表者名
      Akiyama Tomohiko(責任著者)、Sato Saeko、Ko Shigeru B. H.、Sano Osamu、Sato Sho、Saito Masayo、Nagai Hiroaki、Ko Minoru S. H.、Iwata Hidehisa
    • 雑誌名

      STEM CELLS Translational Medicine

      巻: 10 号: 4 ページ: 572-581

    • DOI

      10.1002/sctm.20-0302

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Generation and Profiling of 2,135 Human ESC Lines for the Systematic Analyses of Cell States Perturbed by Inducing Single Transcription Factors2020

    • 著者名/発表者名
      Nakatake Y、Ko S B.H.、Sharov A A.、Wakabayashi S、Murakami M、Sakota M、Chikazawa N、Ookura C、Sato S、Ito N、Ishikawa-Hirayama M、Mak Siu S、Jakt Lars M、Ueno T、Hiratsuka K、Matsushita M、Goparaju S K、Akiyama T、Ishiguro K、Oda M、Gouda N、Umezawa A、Akutsu H、Nishimura K、Matoba R、Ohara O、Ko M S.H.
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 31 号: 7 ページ: 107655-107655

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.107655

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Fatty Acid Synthesis Is Indispensable for Survival of Human Pluripotent Stem Cells2020

    • 著者名/発表者名
      Sho Tanosaki, Shugo Tohyama, Jun Fujita, Hiroki Nakanishi, Takayo Ohto-Nakanishi, Tomohiko Akiyama, Yuika Morita, Yoshikazu Kishino, Marina Okada, Hidenori Tani, Yusuke Soma, Kazuaki Nakajima, Hideaki Kanazawa, Masahiro Sugimoto, Minoru S.H. Ko, Makoto Suematsu, Keiichi Fukuda
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 23 号: 9 ページ: 101535-101535

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.101535

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2023-12-25  

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