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植物の細胞増殖・分化能を制御するRNA代謝周期の解明

公募研究

研究領域細胞システムの自律周期とその変調が駆動する植物の発生
研究課題/領域番号 20H05405
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

大谷 美沙都  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (60435633)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
2021年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワードRNA代謝 / pre-mRNAスプライシング / RNA分解 / シュート再生 / 側根形成 / 分化全能性 / 細胞増殖 / 細胞分化 / シロイヌナズナ / 側根形態
研究開始時の研究の概要

植物細胞は移動能力をほとんどもたないため、植物の発生や成長においては、その場の細胞をどう増やしどう分化させるか、状況に合わせて柔軟に制御する仕組みが非常に重要である。本研究では、RNA代謝周期の実態解明こそが植物細胞の増殖・分化能制御の鍵であるとの発想のもと、「植物の細胞増殖・分化能を制御するRNA代謝周期の解明」を目指す。このために分子遺伝学的・数理解析的研究を行い、植物細胞の増殖・分化を制御する植物周期の制御要素としてのRNA代謝の貢献を分子レベルで抽出する。これによって、植物発生・成長を支配する植物周期原理の理解の促進を目論む。

研究実績の概要

本研究では、シュート再生過程をモデルとしたRNA 代謝周期とその変調の解明、およびRNA 代謝周期の変調を生み出す振動子の分子実体の解明を行った。これによって植物細胞の増殖・分化能を制御するRNA代謝周期の実像を描出し、植物発生・成長を制御する植物周期原理の理解の促進を目指した。
1) シュート再生過程をモデルとしたRNA代謝周期と変調の詳細解明: シュート再生過程におけるRNA生合成・プロセシング・分解速度の理解のため、新生RNAラベリング実験によるRNA-seq解析を行った。これによってゲノムワイドなmRNA半減期データを得ることに成功した。さらに、RNA品質管理(Non sense-mediated mRNA decay: NMD)不全変異体のロングリードおよびショートリードシーケンス解析を行い、NMD不全変異体におけるmRNA構造バリアント依存的な蓄積量異常を多く検出した。
2) RNA代謝周期の変調を生み出す振動子の分子実体の解明: 初年度に導出した「プラスチドシグナルがスプライシング周期を変調させ、側根形態形成を制御している」という仮説を検証するため、プラスチドリボソーム様タンパク質変異体、およびプラスチドシグナルの一種ヘムシグナルの変異体の解析を行った。その結果、スプライシング周期を変調させる振動子がヘムシグナルでああることが示唆された。
以上、2年間の研究結果から、植物シュート再生と関連したRNA代謝周期としてRNA分解があることを新たに見いだし、その制御対象となるmRNA分子種を同定することに成功した。また、プラスチド活性依存的な側根形成制御ではpre-mRNAスプライシングが重要であることを突き止め、スプライシング周期を変調させる振動子がヘムシグナルである可能性を見いだした。上記は植物細胞の増殖・分化能を制御するRNA代謝周期の実像に迫る重要な基礎知見であると考えている。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 2件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (16件) (うち招待講演 5件)

  • [国際共同研究] The University of British Columbia(カナダ)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Plant secondary cell wall proteome analysis with an inducible system for xylem vessel cell differentiation2022

    • 著者名/発表者名
      Arae T, Nakakoji M, Noguchi M, Kamon E, Sano R, Demura T, Ohtani M
    • 雑誌名

      Development, Growth & Differentiation

      巻: 64 号: 1 ページ: 5-15

    • DOI

      10.1111/dgd.12767

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Histone deacetylation controls xylem vessel cell differentiation via transcriptional regulation of a transcription repressor complex OFP1/4-MYB75-KNAT7-BLH6.2022

    • 著者名/発表者名
      Hirai R, Wang S, Demura T, Ohtani M
    • 雑誌名

      Frontiers in Plant Sciences

      巻: 12 ページ: 825810-825810

    • DOI

      10.3389/fpls.2021.825810

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Enhancement of secondary cell wall formation in poplar xylem using a self-reinforced system of secondary cell wall-related transcription factors.2022

    • 著者名/発表者名
      Nakano Y, Endo H, Gerber L, Hori C, Ihara A, Sekimoto M, Matsumoto T, Kikuchi J, Ohtani M, Demura T
    • 雑誌名

      Frontiers in Plant Sciences

      巻: 13 ページ: 819360-819360

    • DOI

      10.3389/fpls.2022.819360

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Calcium signaling contributes to xylem vessel cell differentiation via post-transcriptional regulation of VND7 downstream events2021

    • 著者名/発表者名
      Kamon E, Noda C, Higaki T, Demura T, Ohtani M
    • 雑誌名

      Plant Biotechnology

      巻: 38 号: 3 ページ: 331-337

    • DOI

      10.5511/plantbiotechnology.21.0519a

    • NAID

      130008091606

    • ISSN
      1342-4580, 1347-6114
    • 年月日
      2021-09-25
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Functional analysis of poplar SOMBRERO-type NAC transcription factors yields strategy to modify woody cell wall properties.2021

    • 著者名/発表者名
      Akiyoshi N, Ihara A, Matsumoto T, Takebayashi A, Hiroyama R, Kikuchi J, Demura T, Ohtani M
    • 雑誌名

      Plant & Cell Physiology

      巻: 62 号: 12 ページ: 1963-1974

    • DOI

      10.1093/pcp/pcab102

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Xylem vessel cell differentiation: a best model for new integrative cell biology?2021

    • 著者名/発表者名
      Kamon E, Ohtani M
    • 雑誌名

      Current Opinion in Plant Biology

      巻: 64 ページ: 102135-102135

    • DOI

      10.1016/j.pbi.2021.102135

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Plant-specific Dof transcription factors VASCULAR-RELATED DOF1 and VASCULAR-RELATED DOF2 regulate vascular cell differentiation and lignin biosynthesis in Arabidopsis2020

    • 著者名/発表者名
      Ramachandran Vasagi、Tobimatsu Yuki、Masaomi Yamamura、Sano Ryosuke、Umezawa Toshiaki、Demura Taku、Ohtani Misato
    • 雑誌名

      Plant Molecular Biology

      巻: 104 号: 3 ページ: 263-281

    • DOI

      10.1007/s11103-020-01040-9

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation of dominant Arabidopsis seive mutants defective in VND7-induced xylem vessel cell differentiation2020

    • 著者名/発表者名
      Pawittra Phookaew、Suzuki Takaomi、Kawabe Harunori、Takebayashi Arika、Demura Taku、Ohtani Misato
    • 雑誌名

      Plant Biotechnology

      巻: 37 号: 3 ページ: 311-318

    • DOI

      10.5511/plantbiotechnology.20.0427a

    • NAID

      130007907448

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 植物の細胞分化を制御する転写後遺伝子発現調節の解明2022

    • 著者名/発表者名
      大谷美沙都
    • 学会等名
      第63回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 植物器官再生の分子機構の解明とその応用によるクローン増殖基盤技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      大谷美沙都
    • 学会等名
      JBAバイオインダストリー奨励賞受賞者企画講演会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子をどう転写しプロセスするか: 植物における UsnRNP 機能の重要性2022

    • 著者名/発表者名
      山﨑逸平、畑中優佳、高橋洋和、大谷美沙都
    • 学会等名
      第63回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 栄養条件依存的な植物成長制御にはマイナータイプスプライシングが関与する2022

    • 著者名/発表者名
      石橋鴻大、荒江星拓、吉積毅、栗原志夫、黒森崇、松井南、大谷美沙都
    • 学会等名
      第63回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] mRNA 分解酵素複合体 AtCCR4-NOT はシュート再生に働く2022

    • 著者名/発表者名
      荒江星拓、今堀莉子、鈴木悠也、千葉由佳子、大谷美沙都
    • 学会等名
      第63回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] How to transcribe and modify what kinds of snRNAs: Metabolic regulation of snRNAs is a key to environment-appropriate control of plant development.2021

    • 著者名/発表者名
      Misato Ohtani
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 植物プラスチドストレスはpre-mRNAスプライシング制御を介して側根形態に反映される2021

    • 著者名/発表者名
      高柳なつ、荒江星拓、高橋洋和、清水隆之、堀口吾朗、相田光宏、深城英弘、増田建、大谷美沙都
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナでは細胞ストレスは選択的スプライシングを介して遺伝子発現に反映される2021

    • 著者名/発表者名
      高橋洋和、高柳なつ、出村拓、大谷美沙都
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] プラスチドシグナル依存的な側根形成制御における pre-mRNA スプライシングの役割2021

    • 著者名/発表者名
      高柳なつ、荒江星拓、高橋洋和、清水隆之、堀口吾朗、相田光宏、深城英弘、増田建、大谷美沙都
    • 学会等名
      第85回日本植物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナ UsnRNP 生合成不全変異体における環境ストレス応答異常2021

    • 著者名/発表者名
      山崎逸平、畑中優佳、佐野亮輔、出村拓、大谷美沙都
    • 学会等名
      第85回日本植物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Cellular Stress Can Reflect to Gene Expression Via Alternative Splicing Regulation in Arabidopsis2021

    • 著者名/発表者名
      Misato Ohtani, Hirokazu Takahashi, Natsu Takayanagi, Taku Demura
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナCCR4-NOT複合体のポリA鎖分解酵素はカルスからのシュート再生に働く2021

    • 著者名/発表者名
      荒江 星拓、今堀 莉子、鈴木 悠也、大谷 美沙都、千葉 由佳子
    • 学会等名
      第62回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] プラスチドシグナルによる側根形態制御にはpre-mRNAスプライシング制御が関与する2021

    • 著者名/発表者名
      高柳 なつ、高橋 洋和、大谷 美沙都
    • 学会等名
      第62回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Importance of Nonsense-mediated mRNA Decay in Auxin Signaling during in vitro Organogenesis and Development in Plants2021

    • 著者名/発表者名
      Chiam Nyet-Cheng、藤村 朋世、佐野 亮輔、出村 拓、大谷 美沙都
    • 学会等名
      第62回日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] シュート再生能獲得に働くポリ A 鎖分解酵素複合体AtCCR4-NOTの同定2020

    • 著者名/発表者名
      荒江 星拓、今堀 莉子、鈴木 悠也、大谷 美沙都、千葉 由佳子
    • 学会等名
      第84回日本植物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Roles for mRNA quality control in the organ regeneration of plants2020

    • 著者名/発表者名
      Ohtani M
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2022-12-28  

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