• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

明暗視をもたらす動物ロドプシンの構造ダイナミクスの解明

公募研究

研究領域高速分子動画法によるタンパク質非平衡状態構造解析と分子制御への応用
研究課題/領域番号 20H05440
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関名古屋工業大学

研究代表者

片山 耕大  名古屋工業大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 (00799182)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2021年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2020年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
キーワード動物ロドプシン / 時分割結晶構造解析 / 低温赤外分光測定 / XFEL / 色覚視物質 / X線自由電子レーザー / 時分割構造解析 / 赤外分光法 / 蛍光分光
研究開始時の研究の概要

本研究では、我々の視覚を担う光受容タンパク質、動物ロドプシンの光吸収・光情報伝達機構を理解するため、原子レベルでの構造ダイナミクスを解明することを目指す。動物ロドプシンは、X線結晶構造解析により中間体の静止構造も決定され、赤外分光による構造変化情報も加え、残すは原子分解能で実際に動物ロドプシンが機能を発揮する過程で動く姿を「観る」ことである。具体的には、動物ロドプシンに対する時間分解X線結晶構造解析を実行し、赤外・蛍光分光測定による中間体の構造解析やGタンパク質活性評価を統合することで、光反応ダイナミクスの全容を明らかにする。

研究実績の概要

本研究では、視覚を担う光受容タンパク質 (視物質) の機能発現における構造ダイナミクスの実時間観測を実現し、光吸収および光情報伝達の分子機構を解明することを目的とする。具体的には、明暗視を担う視物質 (動物ロドプシン) に対し、X線自由電子レーザー (XFEL) を駆使した時間分解X線結晶構造解析 (時分割構造解析) に挑戦する。さらに、赤外分光法および蛍光分光時間測定を用いた、光反応中間体の構造解析や、Gタンパク質の活性化評価などの機能解析も試みることで、動物ロドプシンの高い光感度を実現する分子機構の解明を目指す。今年度は、明暗視のみならず色覚を担う動物ロドプシン (色覚視物質) のX線結晶構造解析に取り組んだ。視物質ロドプシンと同様、ICL3を水溶性タンパク質に置き換えた改変体をいくつか作製し、熱安定性評価、サイズ排除クロマトグラフィーによる単分散性評価、さらに改変体に対し、構造予測ツールを用いて構造モデル化を実行した。そして、有望そうな改変体2種を大量発現、精製し、LCP法による結晶化を実施した。今後、さらなる結晶化条件の検討を行い、良質な結晶獲得を期待した。
また、領域代表の岩田想教授、研究協力者である関西医科大の寿野良二講師、共同研究者である東北大の井上飛鳥准教授との共同研究により、全反射赤外分光法でGPCRの一つ、ムスカリン性アセチルコリン受容体に対する、異なる薬剤効能を有する各種薬物結合に伴う構造変化を捉えることに成功し、Communications Biology誌に発表した (Katayama et al. Commun. Biol (2021))。さらに本研究は従来の構造ベースの薬物結合ポケットを基盤とした薬剤設計指針とは異なる、相互作用解析から動的構造情報を抽出し薬効度を制御する新たな薬剤設計指針を提示できると期待され、日本経済新聞に取り上げられた。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 4件、 招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] テクニオン・イスラエル工科大学/ワイツマン科学研究所/ヘブライ大学(イスラエル)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] フンボルト大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Calcium Binding to TAT Rhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto Teppei、Katayama Kota、Kandori Hideki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 126 号: 11 ページ: 2203-2207

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c00233

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rhodopsin-bestrophin fusion proteins from unicellular algae form gigantic pentameric ion channels2022

    • 著者名/発表者名
      A. Rozenberg, I. Kaczmarczyk, D. Matzov, J. Vierock, T. Nagata, M. Sugiura, K. Katayama, et al.
    • 雑誌名

      Nat. Struct. Mol. Biol.

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Vibrational analysis of acetylcholine binding to the M2 receptor2021

    • 著者名/発表者名
      Suzuki K, Katayama K, Sumii Y, Nakagita T, Suno R, Tsujimoto H, Iwata S, Kobayashi T, Shibata N and Kandori H
    • 雑誌名

      RSC. Adv.

      巻: 11 号: 21 ページ: 12559-12567

    • DOI

      10.1039/d1ra01030a

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Role of Thr82 for the unique photochemistry of TAT rhodopsin2021

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto Teppei、Katayama Kota、Kandori Hideki
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 18 号: 0 ページ: 108-115

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v18.012

    • NAID

      130008037516

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Vibrational spectroscopy analysis of ligand efficacy in human M2 muscarinic acetylcholine receptor (M2R)2021

    • 著者名/発表者名
      Katayama Kota、Suzuki Kohei、Suno Ryoji、Kise Ryoji、Tsujimoto Hirokazu、Iwata So、Inoue Asuka、Kobayashi Takuya、Kandori Hideki
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 4 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02836-1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Vibrational spectroscopic study of G protein-coupled receptor2022

    • 著者名/発表者名
      K. Katayama
    • 学会等名
      Molecular Movies International Symposium 2022
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural biological study based on spectroscopic analysis of cone pigment2021

    • 著者名/発表者名
      片山耕大
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 振動分光法から理解するGPCRのリガンド認識・活性化機構2021

    • 著者名/発表者名
      片山耕大
    • 学会等名
      第13回高速分子動画オンラインセミナー
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] X-tallization trial of primate green opsin for understanding spectral tuning mechanism2021

    • 著者名/発表者名
      片山耕大、大橋沙也佳、N. Nuemket、南後恵理子、神取秀樹
    • 学会等名
      令和三年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Conformational dynamics upon ligand binding in muscarinic acetylcholine receptor revealed by FTIR spectroscopy2021

    • 著者名/発表者名
      K. Katayama
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Spectroscopic basis for elucidating spectral tuning mechanism of cone pigments2021

    • 著者名/発表者名
      K. Katayama
    • 学会等名
      Pacifichem2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Vibrational spectroscopic studies of light-sensitive and non light-sensitive G protein-coupled receptors2020

    • 著者名/発表者名
      Katayama K
    • 学会等名
      The Australian Society for Biophysics (ASB)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural basis for understanding of spectral tuning and phototransduction mechanisms2020

    • 著者名/発表者名
      片山耕大
    • 学会等名
      量子技術を適用した生命科学術基盤の創出
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 振動分光法から理解するGPCRのリガンド認識・活性化機構2020

    • 著者名/発表者名
      片山耕大
    • 学会等名
      第1回先端生物物理学セミナー
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 動物型 (ヒト) ロドプシンの構造ダイナミクス解析に向けた分光研究2020

    • 著者名/発表者名
      片山耕大, Nuemket N, 南後恵理子, 神取秀樹
    • 学会等名
      令和二年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://kandori.web.nitech.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2022-12-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi