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高速分子動画撮影によるTRPチャネルの熱刺激応答機構の解明

公募研究

研究領域高速分子動画法によるタンパク質非平衡状態構造解析と分子制御への応用
研究課題/領域番号 20H05445
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関鳥取大学

研究代表者

日野 智也  鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (40373360)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
11,180千円 (直接経費: 8,600千円、間接経費: 2,580千円)
2021年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2020年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
キーワードTRPチャネル / X線結晶構造解析 / 赤外分光法 / クライオ電子顕微鏡 / イオンチャネル / シリアルフェムト秒X線結晶構造解析 / 温度感知タンパク質 / 膜タンパク質 / 赤外分光
研究開始時の研究の概要

TRPチャネルは、脊椎動物において環境温度の感知機能を担う陽イオン選択的イオンチャネルである。これまでに、TRPチャネルの立体構造から熱刺激受容による活性化機構のモデルが提唱されたが、生理的環境下において起こる構造変化と同一か疑問が残る。加えて、温度センサー部位については情報が得られていない。そこで、本研究ではタンパク質の構造変化を高い時空間分解能で動画化することが可能なシリアルフェムト秒X線結晶構造解析 (SFX) 法に温度ジャンプ法を組み合わせ、熱刺激直後に起こる構造変化を検出することによりTRPチャネルの温度センサー部位の同定を目指す。

研究実績の概要

TRPチャネルは、環境温度の感知機能を担う陽イオン選択的イオンチャネルである。これまでに、TRPV3が熱刺激を受けたのちの感作状態及び活性化型の立体構造が報告されているが、熱感知機構において最も重要な温度センサー部位については情報が得られていない。そこで、本研究ではタンパク質の構造変化を高い時空間分解能で動画化することが可能なシリアルフェムト秒X線結晶構造解析 (SFX) 法に温度ジャンプ法を組み合わせ、熱刺激直後に起こる構造変化を検出することによりTRPチャネルの温度センサー部位の同定を目指す。ついで、この構造変化が生理的環境と類似した脂質膜環境下と同一であるかを赤外分光法により検証する。さらに、温度感知域の異なるTRPチャネルに対しても同様の解析を行い、TRPチャネル間に共通する熱感知機構を抽出する。
今年度は、TRPV3微結晶の高品質化と大量調製及び、TRPV3とは異なる温度域で活性化するTRPV4の構造解析に取り組んだ。
TRPV3精製試料の品質を確認するため、クライオ電子顕微鏡による単粒子解析を実施した結果、3.5A分解能で構造決定することができ、十分な均一性を持つ精製試料であることが実証された。本試料を用いて、さまざまな界面活性剤に置換したのちに結晶化を試みたが、現時点では高品質化するには至っていない。また、赤外分光法によるTRPV3の構造変化を検出するために、膜骨格タンパク質を用いて脂質環境を再構成した試料を調製し、現在分析を行なっている。
一方、TRPV4ではクライオ電子顕微鏡単粒子解析を進め、4A分解能のマップを得ることに成功した。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 2件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (10件)

  • [雑誌論文] Crystal structures of a 6-dimethylallyltryptophan synthase, IptA: Insights into substrate tolerance and enhancement of prenyltransferase activity2022

    • 著者名/発表者名
      Hironori Suemune, Doukan Nishimura, Kenjiro Mizutani, Yusuke Sato, Tomoya Hino, Hiroshi Takagi, Yumi Shiozaki-Sato, Shunji Takahashi*, Shingo Nagano*
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 593 ページ: 144-150

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.01.018

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of the adenylation domain from an ε-poly-l-lysine synthetase provides molecular mechanism for substrate specificity2022

    • 著者名/発表者名
      Takaki Okamoto, Kazuya Yamanaka, Yoshimitsu Hamano, Shingo Nagano, TomoyaHino*
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 596 ページ: 43-48

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.01.053

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis for the Prenylation Reaction of Carbazole‐Containing Natural Products Catalyzed by Squalene Synthase‐Like Enzymes2022

    • 著者名/発表者名
      Nagata Ryuhei、Suemune Hironori、Kobayashi Masaya、Shinada Tetsuro、Shin‐ya Kazuo、Nishiyama Makoto、Hino Tomoya、Sato Yusuke、Kuzuyama Tomohisa、Nagano Shingo
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 61 号: 20

    • DOI

      10.1002/anie.202117430

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons2021

    • 著者名/発表者名
      Fujiyama Keisuke、Kato Naoki、Re Suyong、Kinugasa Kiyomi、Watanabe Kohei、Takita Ryo、Nogawa Toshihiko、Hino Tomoya、Osada Hiroyuki、Sugita Yuji、Takahashi Shunji、Nagano Shingo
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 60 号: 41 ページ: 22401-22410

    • DOI

      10.1002/anie.202106186

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The structure of lipid nanodisc-reconstituted TRPV3 reveals the gating mechanism2020

    • 著者名/発表者名
      Shimada Hiroto*、Kusakizako Tsukasa*、Dung Nguyen T. H.、Nishizawa Tomohiro、Hino Tomoya、Tominaga Makoto、Nureki Osamu (*equal contribution)
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: 27 号: 7 ページ: 645-652

    • DOI

      10.1038/s41594-020-0439-z

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Applicability of Styrene-Maleic Acid Copolymer for Two Microbial Rhodopsins, RxR and HsSRI.2020

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Ueta, Keiichi Kojima, Tomoya Hino, Mikihiro Shibata, Shingo Nagano, Yuki Sudo*
    • 雑誌名

      Biophysical journal

      巻: 119 号: 9 ページ: 1760-1770

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2020.09.026

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] スクアレン合成酵素に類似した放線菌由来新規カルバゾールプレニル基転移酵素の結晶構造と反応機構2021

    • 著者名/発表者名
      末宗周憲, 永田 隆平, 小林 正弥, 品田 哲郎, 西山 真, 葛山 智久, 佐藤裕介, 日野 智也, 永野 真吾
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ジャガイモやトマトに含まれる有毒なスピロソランを 代謝変換する16位水酸化酵素と20位脱水素酵素の反応メカニズム2021

    • 著者名/発表者名
      宮崎麻紗美, 藤山敬介, 佐藤祐介, 日野智也, 水谷正治, 秋山遼太, 加藤純平, 重田育照, 庄司光男, 永野真吾,
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 酵母を用いた高発現化GPCR変異体の スクリーニング手法の検討2021

    • 著者名/発表者名
      岡部勇輝、中嶋萌生、 永野真吾、日野智也
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] RAD23A-UBA2によるK48鎖特異的認識機構の構造基盤2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤裕介、瓜島絢 日野智也、永野真吾
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] スクアレン合成酵素に類似した放線菌由来新規カルバゾールプレニル基転移酵素の結晶構造と反応機構2021

    • 著者名/発表者名
      末宗周憲, 永田 隆平, 小林 正弥, 品田 哲郎, 西山 真, 葛山 智久, 佐藤裕介, 日野 智也, 永野 真吾
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 人工低分子リガンドHPPUと特異的に結合する人工抗体Monobodyの複合体結晶化に向けた精製条件の検討2021

    • 著者名/発表者名
      遠藤鴻志郎, 都築成晃, 佐藤裕介, 村上裕, 永野真吾, 日野智也
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] トマチンを代謝する2種類の酸化酵素の 結晶構造が示す意外な分子メカニズム2021

    • 著者名/発表者名
      宮崎麻紗美, 藤山敬介, 佐藤祐介, 日野智也, 水谷正治, 秋山遼太, 加藤純平, 重田育照, 庄司光男, 永野真吾,
    • 学会等名
      令和3年 (2021年) 度 日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] タウリン水酸化酵素の時分割シリアルフェムト秒X線結晶構造解析に向けた微結晶化と構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      三坂圭生,宮﨑麻紗美,日野智也,佐藤裕介,永野真吾
    • 学会等名
      令和3年 (2021年) 度 日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] SFXによるTRPチャネルの熱刺激感知機構の解明に向けた微結晶試料の作製2020

    • 著者名/発表者名
      〇三坂 圭生,前田 朋輝,細川 航輔,永野 真吾,日野 智也
    • 学会等名
      令和2年度新学術領域「高速分子動画」シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] TRPチャネルの熱刺激応答機構を解明したい2020

    • 著者名/発表者名
      ◯日野智也
    • 学会等名
      令和2年度新学術領域「高速分子動画」シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2022-12-28  

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