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生命金属錯体と核酸の組織化による機能創発と生命金属元素戦略解明への応用

公募研究

研究領域「生命金属科学」分野の創成による生体内金属動態の統合的研究
研究課題/領域番号 20H05496
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関筑波大学

研究代表者

山本 泰彦  筑波大学, 数理物質系, 教授 (00191453)

研究期間 (年度) 2020-10-30 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2021年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2020年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワード四重鎖DNA / ヘム / G-カルテット / 酸化触媒作用 / キラターゼ活性 / 核酸酵素 / 四重鎖核酸 / 機能創発 / RNAワールド / 生命の誕生 / 四重鎖RNA / U-カルテット / 金属付加酵素 / 機能性核酸 / 触媒機構
研究開始時の研究の概要

リボザイムの発見は、原始地球上における前生物進化で存在していたと考えられている「RNAワールド」仮説の根拠の一つとして知られている。ただし、現在知られているリボザイムは、加水分解反応に対する触媒活性を示すRNAのみであるので、「RNAワールド」における自己複製系の実現には不十分である。生命の起源に迫るためには、多様な機能を示すリボザイムを新しいアプローチで探索する研究が必要である。本研究では、原始地球上で存在していた可能性があるテトラピロール類と生命金属の錯体を補欠分子族として四重鎖RNAに組込むことにより、生命誕生の鍵となる触媒活性を示すリボザイムを創製する。

研究実績の概要

私は、生物界に遍在する四重鎖核酸とヘムの相互作用の理解は、生命誕生、さらには生物進化を理解する上で、重要な鍵になると考えている。今年度は、四重鎖DNAが環状テトラピロール類への金属イオン挿入反応を促進する酵素キラターゼとして作用する可能性を検討する研究、そしてヘムと四重鎖DNAの複合体が示す触媒活性の発現機構を解明する研究を行った。
ヘムの生合成では、最終段階でポルフィリン環へのFe2+の挿入が起こる。この反応は遅いので、生体内では酵素が存在する。私は、プロトポルフィリンⅨ (PPIX)へのCu2+挿入反応に対する四重鎖DNAのキラターゼ活性を解析した。まず、NMRにより、PPIXは四重鎖DNAの3’末端G-カルテットに特異的に結合することを明らかにした。そして、PPIXに10当量の四重鎖DNAを添加すると、Cu2+挿入反応の初速度が約30倍増大することを明らかにし、四重鎖DNAのキラターゼ活性を実証することに成功した。PPIXとG-カルテットの接触界面において、G-カルテット中央の電子豊富なカルボニル酸素原子にCu2+が結合することで、その後のPPIXへの配位に必要な複数の反応が促進されたと考えられる。
ヘムは、四重鎖DNAの3’末端G-カルテットに特異的に結合し、酸化触媒活性をもつ複合体を形成する。これまでの研究から、複合体の酸化触媒活性の発現には、軸配位子としてヘム鉄に結合する水分子が重要な役割を担っていることが推測されている。私は、複合体の反応性の調節に重要だと考えられている当該水分子に由来する1H NMRシグナルの観測に成功した。さらに、当該水分子の電子的性質を明らかにすると共に、ヘム鉄を介した当該水分子とヘムの電子的相互作用の検出にも成功した。当該水分子の性質の解明を通して、G-カルテットに結合したヘムが示す触媒活性の発現機構の解明が飛躍的に進むことが期待される。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (22件) (うち国際学会 13件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Nature of a H2O Molecule Confined in the Hydrophobic Interface between the Heme and G-Quartet Planes in a Heme-DNA Complex2022

    • 著者名/発表者名
      Nakajima Yusuke、Momotake Atsuya、Suzuki Akihiro、Neya Saburo、Yamamoto Yasuhiko
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: - 号: 7 ページ: 523-534

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.1c00751

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of Heme Electronic Structure and Local Heme Environment on Catalytic Activity of a Peroxidase-Mimicking Heme-DNAzyme2021

    • 著者名/発表者名
      Hagiwara Shota、Momotake Atsuya、Ogura Takashi、Yanagisawa Sachiko、Suzuki Akihiro、Neya Saburo、Yamamoto Yasuhiko
    • 雑誌名

      Inorganic Chemistry

      巻: 60 号: 15 ページ: 11206-11213

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.1c01179

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular recognition of G-quadruplex DNA by Pheophorbide a2021

    • 著者名/発表者名
      Okamoto China、Momotake Atsuya、Kobayashi Masami、Yamamoto Yasuhiko
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: - 号: 6 ページ: 1278-1281

    • DOI

      10.1246/cl.210130

    • NAID

      130008053396

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A cationic copolymer as a cocatalyst for a peroxidase-mimicking heme-DNAzyme2021

    • 著者名/発表者名
      Araki Haruka、Hagiwara Shota、Shinomiya Ryosuke、Momotake Atsuya、Kotani Hiroaki、Kojima Takahiko、Ochiai Takuro、Shimada Naohiko、Maruyama Atsushi、Yamamoto Yasuhiko
    • 雑誌名

      Biomaterials Science

      巻: 9 号: 18 ページ: 6142-6152

    • DOI

      10.1039/d1bm00949d

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural and functional characterization of complexes between heme and dimeric parallel G-quadruplex DNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Okamoto China、Momotake Atsuya、Yamamoto Yasuhiko
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry

      巻: 216 ページ: 111336-111336

    • DOI

      10.1016/j.jinorgbio.2020.111336

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photogeneration of Reactive Oxygen Species from Water-Soluble Phthalocyanine Derivatives Bound to a G-Quadruplex DNA2020

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama Mami、Momotake Atsuya、Ikeue Takahisa、Yamamoto Yasuhiko
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 93 号: 12 ページ: 1504-1508

    • DOI

      10.1246/bcsj.20200178

    • NAID

      130007955892

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of the Electron Density of the Heme Fe Atom on the Nature of Fe-O2 Bonding in Oxy Myoglobin2020

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Yasuhiko、Hasegawa Kazuyasu、Shibata Tomokazu、Momotake Atsuya、Ogura Takashi、Yanagisawa Sachiko、Neya Saburo、Suzuki Akihiro、Kobayashi Yasuhiro、Saito Makina、Seto Makoto、Ohta Takehiro
    • 雑誌名

      Inorganic Chemistry

      巻: 60 号: 2 ページ: 1021-1027

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.0c03123

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stepwise binding of a cationic phthalocyanine derivative to an all parallel-stranded tetrameric G-quadruplex DNA2020

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama Mami、Okamoto China、Momotake Atsuya、Ikeue Takahisa、Yamamoto Yasuhiko
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry

      巻: 213 ページ: 111270-111270

    • DOI

      10.1016/j.jinorgbio.2020.111270

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 四重鎖DNAのキラターゼ活性2022

    • 著者名/発表者名
      鳥越果林,岡本千奈,百武篤也,山本泰彦
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会(2022)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] フェオホルバイドaとグアニン四重鎖DNAの相互作用2022

    • 著者名/発表者名
      岡本千奈,百武篤也,小林正美,山本泰彦
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会(2022)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ヘム-DNA酵素におけるヘムとG-カルテットの接触界面に存在する水分子の解析2022

    • 著者名/発表者名
      中島優輔,百武篤也,鈴木秋弘,根矢三郎,山本泰彦
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会(2022)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] アニオン性フタロシアニン-四重鎖DNA複合体の解析2022

    • 著者名/発表者名
      小田原佑典,百武篤也,山本泰彦
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会(2022)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 熱安定性が高いヘム-DNA酵素のペルオキシダーゼ活性の解析2022

    • 著者名/発表者名
      深澤大輝,百武篤也,山本泰彦
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会(2022)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of a Complex Between Heme(Fe3+) and a G-quadruplex DNA2021

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakajima, S. Neya, A. Suzuki, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular Recognition of G-Quadruplex DNAs by Tetrapyrrole Macrocyclic Ligands2021

    • 著者名/発表者名
      C. Okamoto, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of Myoglobins Where Exogenous Ligands Replace the Proximal Histidine2021

    • 著者名/発表者名
      R. Murata, T. Sugita, T. Matsuo, S. Hirota, S. Yanagisawa, S. Neya, A. Suzuki, O. Shoji, Y. Watanabe, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Heme Electronic Structure and Local Heme Environment of a Peroxidase-Mimicking Heme-DNAzyme2021

    • 著者名/発表者名
      S. Hagiwara, A. Sugahara, R. Shinomiya, S. Neya, A. Suzuki, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Interaction between Heme and Non-Standard Base Inosine(I)-Quartet2021

    • 著者名/発表者名
      A. Momotake, A. Sugahara, K. Torigoe, Y. Nakajima, S. Neya, A. Suzuki, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Interaction between Zn(II) Phthalocyanine Derivatives and a G-Quadruplex DNA2021

    • 著者名/発表者名
      S. Homma, M. Uchiyama, A. Momotake, T. Ikeue, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Elucidation of the Regulatory Mechanism for Peroxidase Activity of DNAzyme Possessing Heme2021

    • 著者名/発表者名
      S. Hagiwara, R. Shinomiya, A. Momotake, S. Neya, A. Suzuki, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of a Complex Consisting of Paramagnetic Heme(Fe3+) and G-Guadruplex DNA Formed from d(TAGGGTGGGTTGGGTGIG)2021

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakajima, S. Neya, A. Suzuki, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Study of Myoglobin Reconstituted with a Chemically-Modified Heme Cofactor Possessing a Trifluoro Methyl Group at 5-Meso Position2021

    • 著者名/発表者名
      R. Murata, A. Momotake, A. Suzuki, T. Matsuo, S. Hirota, S. Neya, M. Senda, T. Senda, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Interaction between Heme and I-quartet in a Heme-DNAzyme2021

    • 著者名/発表者名
      T. Torigoe, A. Momotake, S. Neya, S. Yanagisawa, T. Ogura, A. Suzuki, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Study on the Effect of G-Quadruplex DNA on Photochemical Behaviors of Cationic Phthalocyanine Derivatives2021

    • 著者名/発表者名
      M. Uchiyama, A. Momotake, T. Ikeue, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular Recognition of G-Quadruplex DNA by Pheophorbide a2021

    • 著者名/発表者名
      C. Okamoto, A. Momotake, M. Kobayashi, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Interaction of Cationic Phthalocyanine Derivatives with Guanine Nucleobases2021

    • 著者名/発表者名
      S. Homma, M. Uchiyama, A. Momotake, T. Ikeue, and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 生命金属錯体と核酸の組織化による機能創発と生命金属元素戦略解明への応用2021

    • 著者名/発表者名
      山本泰彦
    • 学会等名
      新学術領域研究「生命金属科学」領域会議 第四回地方巡業(東京)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Interaction between Tetrapyrrole Macrocycles and Quadruplex Nucleic Acids2021

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamamoto
    • 学会等名
      60th Annual Meeting of the Nuclear Magnetic Resonance Society of Japan (2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 生命金属錯体と核酸の組織化による機能創発と生命金属元素戦略解明への応用2021

    • 著者名/発表者名
      山本泰彦
    • 学会等名
      生命金属科学 ルスツ夏合宿
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 四重鎖 DNA とフタロシアニン誘導体の複合体の解析2020

    • 著者名/発表者名
      内山真見、岡本千奈、百武篤也、山本泰彦、池上崇久
    • 学会等名
      第59回NMR討論会(2020)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] 核酸科学ハンドブック2020

    • 著者名/発表者名
      日本核酸化学会監、杉本 直己編
    • 総ページ数
      576
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      9784065207864
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 筑波大学 数理物質系 生物無機化学研究室

    • URL

      https://www.chem.tsukuba.ac.jp/yamamoto/gyouseki.php

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 筑波大学 数理物質系 生物無機化学研究室

    • URL

      http://www.chem.tsukuba.ac.jp/yamamoto/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-11-04   更新日: 2022-12-28  

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