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KcsAチャネル蛋白質の1分子測定による構造ゆらぎと機能ゆらぎの相関

公募研究

研究領域揺らぎが機能を決める生命分子の科学
研究課題/領域番号 21107508
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関福井大学

研究代表者

老木 成稔  福井大学, 医学部, 教授 (10185176)

研究期間 (年度) 2009 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
2010年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2009年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
キーワードイオンチャネル / ゲーティング / 構造変化 / 1分子測定 / キネティクス
研究概要

イオンチャネルの構造ゆらぎと機能ゆらぎの相関を明らかにするためにKcsAカリウムチャネルを対象に1分子の構造変化を回折X線追跡法(DXT法)で、1分子機能測定を脂質平面膜法で行った。単一チャネル電流記録法では脂質平面膜に1分子だけ再構成することにより、通常のゲート特性以外に、サブレベルへの遷移など詳細に解析することができた。一方、DXT法には高輝度放射光施設での実験が不可欠であり、SPring-8(播磨)だけでなく、海外の施設での実験を継続して行った。ESRF(フランス、グルノーブル)とSLS、(スイス、フィリケン)で年間約400時間にわたって実験を行った。
この間、(1)ノイズを低減させるための様々な改良、(2)データ取得を効率よくおこなうための基礎的実験、(3)pHジャンプ実験、を行い、それぞれの項目で十分な成果を得ることができた。X線回折像の背景ノイズを低減させるためにX線の特性、サンプルの配置など詳細に検討し、高い信号雑音比を得ることができた。これにより従来ビデオレート(毎秒30フレーム)の測定を5000フレームにまで高速化することに成功し、構造変化の軌跡を詳細にたどることができるようになった。KcsAチャネルは中性pHではゲートが閉じたままであり、閉状態での構造ゆらぎを解析できる、一方、酸性pHで起こすゲーティング中にもその構造変化の軌跡にゆらぎをともなう。現在、これらの構造ゆらぎを定量的に解析中である。構造ゆらぎがどう機能ゆらぎに関連するのか今後検討したい。

報告書

(2件)
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (31件)

すべて 2011 2010 2009

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (14件) 図書 (6件)

  • [雑誌論文] Cycle Flux Algebra for Ion and Water Flux through the KcsA Channel Single-file Pore Links Microscopic Trajectories and Macroscopic Observables.2011

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S., M.Iwamoto, T.Sumikama
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 6

    • NAID

      120003072326

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic structure of the polytheonamide B channel studied by normal mode analysis.2011

    • 著者名/発表者名
      Mori, T., Kokubo, H., Oiki, S., Okamoto Y.
    • 雑誌名

      Molec Sim

      巻: (In press)

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single Molecular Gating Dynamics for KcsA Potassium Channel.2011

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S., H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno
    • 雑誌名

      Adv.Chem.Phys.

      巻: (In press)

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] イオンチャネルタンパク質の構造変化を追う2011

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 雑誌名

      パリティ

      巻: 26 ページ: 52-56

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] A Mesoscopic Approach to Understanding the Mechanisms Underlying the Ion Permeation on the Discrete-State Diagram.2010

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S., M.Iwamoto, T.Sumikama
    • 雑誌名

      J.Gen.Physiol.

      巻: 136 ページ: 363-365

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A cytotoxic peptide from a marine sponge exhibits ion channel activity through vectorial-insertion into the membrane.2010

    • 著者名/発表者名
      Iwamoto, M., H.Shimizu, I.Muramatsu, S.Oiki
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 584 ページ: 3995-3999

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] KcsAチャネル蛋白質の1分子測定による構造ゆらぎと機能ゆらぎ2010

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 雑誌名

      Medical Bio

      巻: 10別冊 ページ: 55-60

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Single Molecular Gating Dynamics for KcsA Potassium Channel.2010

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S., H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno
    • 雑誌名

      Adv.Chem.Phys. (印刷中)

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Docking Model of Drug Binding to the Human Ether-a-go-go Potassium Channel Guided by Tandem Dimer Mutant Patch-Clamp Data : A Synergic Approach.2009

    • 著者名/発表者名
      Imai, Y.N., S.Ryu, S.Oiki
    • 雑誌名

      J.Med.Chem. 52

      ページ: 1630-1638

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Temperature dependence of Proton Permeation through a Voltage-Gated Proton Channel.2009

    • 著者名/発表者名
      Kuno, M., H.Ando, H.Morihata, H.Sakai, H.Mori, M.Sawada, S.Oiki
    • 雑誌名

      J.Gen.Physiol. 134

      ページ: 191-205

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] X線一分子追跡法により明らかになったKcsAカリウムチャネルの開閉機構2009

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 雑誌名

      放射光 22

      ページ: 183-191

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] FLUCUATION OF ION AND WATER FLUX THROUGH THE KcsA POTASSIUM CHANNEL2010

    • 著者名/発表者名
      S.Oiki, M.Iwamoto, T.Sumikama
    • 学会等名
      新学術領域研究「揺らぎと生体機能」平成22年度第4回公開シンポジウム
    • 発表場所
      大津市
    • 年月日
      2010-11-30
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 新奇異常ペプチドの-方向膜挿入による-価陽イオン選択性ポアの形成2010

    • 著者名/発表者名
      岩本真幸、老木成稔
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台市
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] カリウムチャネルと揮発性麻酔薬の分子作用-脂質平面膜法による実験系の確率をめざして-2010

    • 著者名/発表者名
      松木悠佳, 岩本真幸, 三田建一郎, 老木成稔, 重見研司
    • 学会等名
      日本麻酔科学会東海・北陸支部第8回学術集会
    • 発表場所
      福井市
    • 年月日
      2010-09-04
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] イオンチャンネル蛋白質(KcsA)の構造・機能1分子測定2010

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 学会等名
      名古屋大学大学院医学系研究科
    • 発表場所
      名古屋市
    • 年月日
      2010-07-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] KcsAチャネル蛋白質の1分子測定による構造ゆらぎと機能ゆらぎの相関2010

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 学会等名
      新学術領域研究「揺らぎと生体機能」平成22年度合同班会議
    • 発表場所
      加賀市
    • 年月日
      2010-06-29
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 海綿由来細胞毒性ペプチドポリセオナミドBのイオンチャネル活性および細胞膜挿入機構2010

    • 著者名/発表者名
      岩本真幸, 清水啓史, 村松郁延, 松永茂樹, 老木成稔
    • 学会等名
      第87回日本生理学会大会
    • 発表場所
      盛岡市
    • 年月日
      2010-05-20
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 不活性化しない変異体であるE71A変異体を用いたKcsAカリウムチャネルのpH依存性2010

    • 著者名/発表者名
      松木悠佳, 岩本真幸, 清水啓史, 老木成稔
    • 学会等名
      第87回日本生理学会大会
    • 発表場所
      盛岡市
    • 年月日
      2010-05-19
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Structural and Functional Fluctuations of the KcsA Potassium Channel2009

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S, H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno
    • 学会等名
      The 3^<rd> International Symposium : Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions.
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-12-21
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] チャネルゲーティングの1分子構造変化ダイナミクス2009

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 学会等名
      中部日本生理学会教育講演
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      2009-12-07
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecular measurements for structural and functional fluctuations of KcsA potassium channel.2009

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S
    • 学会等名
      第47回生物物理学会年会シンポジウム「生体分子の揺らぎをはかる」
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-10-30
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] KcsAカリウムチャネル構造機能相関の1分子解析.2009

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 学会等名
      第82日本生化学会大会.シンポジウム
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2009-10-17
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] チャネル蛋白質の1分子測定でみえる構造と機能:イオン透過とゲーティング2009

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 学会等名
      生物物理若手の会第49回夏の学校
    • 発表場所
      千歳
    • 年月日
      2009-08-03
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Real time monitoring of structural changes, in K-channel gating.2009

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 学会等名
      IUPS PSJ
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-07-28
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Dynamics of KcsA Potassium Channel During pH-dependent Gating.2009

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S, H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno
    • 学会等名
      International Symposium on "Reaction Dynamics of Many-Body Chemical Systems"
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-06-23
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] チャネル研究のための脂質平面膜法.「新パッチクランプ実験技術法」2011

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 出版者
      吉岡書店
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 序論:イオンチャネル.「新パッチクランプ実験技術法」2011

    • 著者名/発表者名
      久木田文夫、老木成稔
    • 出版者
      吉岡書店
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] The Planar Lipid Bilayer Method for the Study of Channel Molecules. "Modern Patch Clamp Techniques". Y.Okada, Ed.2011

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 出版者
      Springer-Verlag(In press)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] Prologue : The Ion Channel. "Modern Patch Clamp Techniques"2011

    • 著者名/発表者名
      Kukita, F., S.Oiki
    • 出版者
      Springer-Verlag
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] Single-Channel Structure-Function Dynamics : The Gating of Potassium Channels. "Cell Signaling Reactions : Single-Molecular Kinetic Analysis". Eds.Y.Sako and M.Ueda2010

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] Cell Signaling Reactions : Single-Molecular Kinetic Analysis.(Eds.Y.Sako, M.Ueda, Single-Channel Structure-Function Dynamics : The Gating of Potassium Channels.)2010

    • 著者名/発表者名
      S.Oiki
    • 出版者
      Springer(印刷中)
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2018-03-28  

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