| 研究領域 | 揺らぎが機能を決める生命分子の科学 |
|---|
| 研究課題/領域番号 |
21107529
|
|---|
| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 審査区分 |
理工系
|
|---|
| 研究機関 | 分子科学研究所 |
|---|
研究代表者 |
吉田 紀生 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教 (10390650)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2009 – 2010
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2010年度)
|
| 配分額 *注記 |
6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2010年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2009年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
|
|---|
| キーワード | 3D-RISM-SCF / DNA / 電気伝導 / 正孔移動 / 構造揺らぎ |
|---|
| 研究概要 |
平成21年度に開発したQM/MM/RISMプログラムにDNAの電子状態と構造揺らぎを効率的に解析するための改良を施した。まず、DNAのような強く分極した部位をもつ分子に対する計算安定性を向上させるために、RESP法による部分電荷決定手法を取り入れた。また、QM/MM/RISMアルゴリズムで溶媒効果による構造揺らぎを効率よく探索するために、RESP法を含めた形での自由エネルギーの解析的な一次微分の式を導出し、構造探索プログラムへの導入を行った。本プログラムは前年につづいてDNAのインターカレーションの解析に用いた。本研究の成果はJournal of Molecular Liquids誌に掲載された。
本プログラム用いてDNAのB-Z構造転位に関する研究も行った。この研究成果はJournal of Physical Chemistry B誌に掲載された。
他にも、本新学術領域内の共同研究として、奈良先端大の片岡教授および分子科学研究所の平田教授と蛍光蛋白質のPYP内部に閉じ込められた水のプロトン化状態に関する研究を行った。この研究は論文としてまとめられ、現在Journal of Molecular Liquids誌へ投稿中である。
|
