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大局的最適化に基づく細胞観察画像処理とその細胞内ロジスティクス認識への応用

公募研究

研究領域細胞内ロジスティクス:病態の理解に向けた細胞内物流システムの融合研究
研究課題/領域番号 21113522
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関九州大学

研究代表者

内田 誠一  九州大学, 大学院・システム情報科学研究院, 教授 (70315125)

研究期間 (年度) 2009 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2010年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2009年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード細胞内ロジスティクス / 画像処理 / 物体追跡 / 弾性マッチング / 画像照合
研究概要

本年度は昨年度の予備検討の段階から一歩進め,北海道大学薬学研究院鈴木利治教授のグループよりご提供いただいた「末梢神経細胞内におけるAPP-GFP輸送に係る蛍光顕微鏡画像」を具体的対象として,以下の2課題に取り組んだ.第一の課題は画像中のAPP-GFPの検出である.同画像は,低コントラストで背景ノイズも多く,また追跡対象を大量に含む上に,それらの見えはいずれも同じである.このため,当課題は,画像内からの対象検出としては最も難しい問題に入る。この課題に対し,(時空間)メディアンフィルタリングによって背景ノイズを極力除去した後,学習理論,具体的には1-class SVMによる検出を試みた.定量的評価実験により,擬陽性を含めた全対象のおよそ40%を検出できることがわかった.しかし同時に40%の過剰検出を伴った.このため,何が問題を難しくしているのかについて入念に解析した.例えば,この課題では,学習パターンの増加が必ずしも性能向上につながらないという特異な傾向が見られた.解析の結果,前述した見えの同一性の深刻な影響がその原因となっていることを見出した.第二の課題として,大局的最適化に基づく物体追跡手法を開発した.これは解析的DPと離散的DPを組み合わせた複合的な最適化アルゴリズムに基づくオフライン型追跡手法である.今回の対象のような厳しい条件において適したものであることを,比較実験により示した.なお,以上の課題遂行と並行して,当課題のような画像情報学と生物学の連携としての「バイオイメージインフォマティクス」の重要性を周知すべく,理化学研究所のグループと共にワークショップを2度開催した.

報告書

(2件)
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (8件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Analytical Dynamic Programming Tracker2010

    • 著者名/発表者名
      Seiichi Uchida, et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of 10th Asian Conference on Computer Vision

      ページ: 291-304

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hierarchical Decomposition of Handwriting Deformation Vector Field for Improving Recognition Accuracy2010

    • 著者名/発表者名
      Toru Wakahara, et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of The 20th International Conference on Pattern Recognition

      巻: (CD-ROM)

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RFIDを援用した映像中の人物追跡2010

    • 著者名/発表者名
      山田興, 他
    • 雑誌名

      電気学会論文誌(D)

      巻: vol.131 ページ: 441-447

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 大局的最適化に基づくトラッキング-DPトラッキング-2009

    • 著者名/発表者名
      藤村一行, 他
    • 雑誌名

      電子情報通信学会論文誌(D) J92-D

      ページ: 1279-1288

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 自己発信情報の組み込みによる移動体の分離追跡2009

    • 著者名/発表者名
      〆野敦稔, 他
    • 雑誌名

      電気学会論文誌(C) 129

      ページ: 977-984

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 1 class SVMによる細胞内タンパク質の検出2011

    • 著者名/発表者名
      青木健太, 他
    • 学会等名
      火の国情報シンポジウム2011
    • 発表場所
      福岡大学
    • 年月日
      2011-03-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 情報系画像処理研究者から見たバイオイメージインフォマティクスの魅力2011

    • 著者名/発表者名
      内田誠一
    • 学会等名
      バイオイメージ・インフォマティクス ワークショップ
    • 発表場所
      理化学研究所・横浜研究所(招待講演)
    • 年月日
      2011-01-29
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 学習による細胞内粒状物質の検出2010

    • 著者名/発表者名
      青木健太, 他
    • 学会等名
      電子情報通信学会パターン認識・メディア理解研究会
    • 発表場所
      山口大学
    • 年月日
      2010-12-10
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 学習による細胞内粒状物質の検出2010

    • 著者名/発表者名
      内田誠一
    • 学会等名
      定量生物学の会 第三回年会
    • 発表場所
      東京大学生産技術研究所
    • 年月日
      2010-11-27
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 学習による細胞内粒状物質の移動解析2010

    • 著者名/発表者名
      青木健太, 他
    • 学会等名
      電気関係学会九州支部連合大会
    • 発表場所
      九州産業大学
    • 年月日
      2010-09-25
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] バイオイメージインフォマティクス2010

    • 著者名/発表者名
      内田誠一
    • 学会等名
      MIRU 2010サテライトワークショップ細胞内画像処理
    • 発表場所
      釧路市観光国際交流センター(招待講演)
    • 年月日
      2010-07-26
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 大局的最適化に基づく細胞観察画像処理とその細胞内ロジスティクス認識への応用2010

    • 著者名/発表者名
      内田誠一
    • 学会等名
      第2回細胞内ロジスティクス班会議
    • 発表場所
      札幌市教育文化会館
    • 年月日
      2010-06-30
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 双方向戦略に基づく解析的DPトラッキング2009

    • 著者名/発表者名
      川野裕希, 他
    • 学会等名
      画像の認識理解シンポジウム
    • 発表場所
      島根県松江市
    • 年月日
      2009-07-21
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://human.ait.kyushu-u.ac.jp/~uchida/

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://human.ait.kyushu-u.ac.jp/~uchida/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2018-03-28  

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