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ノンコーディングRNA転写に共役する新規クロマチン制御機構の解明

公募研究

研究領域遺伝情報収納・発現・継承の時空間場
研究課題/領域番号 21114509
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関京都大学

研究代表者

廣田 耕志  京都大学, 医学研究科, 准教授 (00342840)

研究期間 (年度) 2009 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円)
2010年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2009年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
キーワードクロマチン構造 / 組換え / DT40 / 転写 / non-coding RNA / ノンコーディングRNA / クロマチン再編成 / ヒストン修飾 / イムノグロブリン
研究概要

私は、これまでに行っていた、分裂酵母の研究で長鎖ノンコーディングRNA(mlon)転写と共役した新規のクロマチン再編成機構を見いだし、mlonRNA転写の一般的働きとして、遺伝情報場の根幹をなすクロマチン構造を整える働きを提唱した(mlonRNA仮説)。京都大学へ異動後、ニワトリBリンパ球細胞を用いた研究で、自身の唱えたmlonRNA説を高等動物細胞に一般化することに挑戦している。
本申請課題では、ニワトリ細胞における長鎖ノンコーディングRNA(mlonRNA)のクロマチン構造制御における働きを分子レベルで解析し、遺伝情報の発現・維持のメカニズムを解明することを目的としている。本研究は申請者が独自に発見した新規メカニズムの動物細胞への一般化であり、国際的に競争相手のない独自の領域であり、我が国のエピジェネティックス分野における研究を世界的レベルで競争しうる水準に押し上げるために重要である。
今年度、ニワトリDT40細胞の免疫グロブリン遺伝子の組換え活性化のメカニズムを解析し、(1)組換え部位では、DNAの2重鎖切断ではなく、単鎖切断が組換えの起点となること、(2)クロマチンの構造を開かせる薬剤(TSA)で処理すると、組換えのドナー部位(上流偽遺伝子)でクロマチン構造が開き、その結果組換えが上昇する。(3)TSAでクロマチン構造が開くのに連動して、この領域にノンコーディングRNAの転写が見られることの3点を見いだしている。
これらの結果から、ニワトリ免疫グロブリン遺伝子座の多様化において、ノンコーディングRNA(mlonRNA)転写時のRNAポリメラーゼのドナー領域における通過に伴ったクロマチン再編成によって、組換えが引き起こされ、開いたドナー部位を選択的に組換えのドナーとする組換えが高頻発する機構が浮かび上がってきた。

報告書

(2件)
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (4件) 図書 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Mutant cells defective in DNA repair pathways provide a sensitive high-throughput assay for genotoxicity.2010

    • 著者名/発表者名
      T.J.Evans, K.N.Yamamoto, K.Hirota, S.Takeda.
    • 雑誌名

      DNA Repair (Amst)

      巻: 9 ページ: 1292-8

    • NAID

      120002696050

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simultaneous disruption of two DNA polymerases, Poleta and Polzeta, in Avian DT40 cells unmasks the role of Poleta in cellular response to various DNA lesions.2010

    • 著者名/発表者名
      K.Hirota, E.Sonoda, T.Kawamoto, A.Motegi, C.Masutani, F.Hanaoka, D.Szuts, S.Iwai, J.E.Sale, A.Lehmann, S.Takeda.
    • 雑誌名

      PLoS Genet

      巻: 6

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA polymerases nu and theta are required for efficient immunoglobulin Vgene diversification in chicken.2010

    • 著者名/発表者名
      M.Kohzaki, K.Nishihara, K.Hirota, E.Sonoda, M.Yoshimura, S.Ekino, J.E.Butler, M.Watanabe, T.D.Halazonetis, S.Takeda.
    • 雑誌名

      J Cell Biol

      巻: 189 ページ: 1117-27

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Human replicative DNA polymerase delta can bypass T-T (6-4) ultraviolet photoproducts on template strands2010

    • 著者名/発表者名
      T.Narita, T.Tsurimoto, J.Yamamoto, K.Nishihara, K.Ogawa, E.Ohashi, T.Evans, S.Iwai, S.Takeda, K.Hirota.
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 15 ページ: 1228-39

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The roles of stress-activated Sty1 and Gcn2 kinases and of the protooncoprotein homologue Int6/eIF3e in responses to endogenous oxidative stress during histidine starvation2010

    • 著者名/発表者名
      N.Nemoto, T.Udagawa, T.Ohira, L.Jiang, K.Hirota, C.R.Wilkinson, J.Bahler, N.Jones, K.Ohta, R.C.Wek, K.Asano.
    • 雑誌名

      J Mol Biol

      巻: 404 ページ: 183-201

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] GEMIN2 promotes accumulation of RAD51 at double-strand breaks in homologous recombination.2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Takizawa, Y.Qing, M.Takaku, T.Ishida, Y.Morozumi, T.Tsujita, T.Kogame, K.Hirota, M.Takahashi, T.Shibata, H.Kurumizaka, S.Takeda., S.Takeda.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 15 ページ: 5059-74

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] KIAA1018/FAN1 nuclease protects cells against genomic instability induced by interstrand cross-linking agents.2010

    • 著者名/発表者名
      K.Yoshikiyo, K.Kratz, K.Hirota.K.Nishihara, M.Takata, H.Kurumizaka, S.Horimoto, S.Takeda, J.Jiricny.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A.

      巻: 107 ページ: 21553-7

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The involvement of SLX4 in interstrand cross-link repair is regulated by the Fanconi anemia pathway.2010

    • 著者名/発表者名
      K.N.Yamamoto, S.Kobayashi, M.Tsuda, H.Kurumizaka, M.Takata, K.Kono, J.Jiricny, S.Takeda, K.Hirota.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A

      巻: (In press)

    • NAID

      120003072120

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of chromatin structure at meiotic DSB sites in yeasts.2009

    • 著者名/発表者名
      Hirota, K., Fukuda, T., Yamada, T., Ohta, K.
    • 雑誌名

      Methods in molecular biology Clifton, N.J VOL.557

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [雑誌論文] Bloom DNA helicase facilitates homologous recombination between diverged homologous sequences.2009

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi, K., Abdel-Aziz, H.I., Taniguchi, Y., Yamazoe, M., Takeda, S., Hirota. K.
    • 雑誌名

      The Journal of biological chemistry VOL.284

      ページ: 26360-26367

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] DNAポリメラーゼδによるAP部位の損傷乗越え2010

    • 著者名/発表者名
      廣田耕志
    • 学会等名
      第69回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] The Bloom DNA helicase facilitates homologous recombination between diverged sequences2009

    • 著者名/発表者名
      Koji Kikuchi, H.Ismail Abdel-Aziz, Mitsuyoshi Yamazoe, Kouji Hirota, Shunichi Takeda
    • 学会等名
      International Symposium DNA Damage Response and Repair Mechanisms
    • 発表場所
      ギリシャ(クレタ)
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Non coding RNAs disrupt chromatin array2009

    • 著者名/発表者名
      Kouii Hirota
    • 学会等名
      AGENDA GeneExpression Systems of USA Presents Epigenetics, Sequencing &SNiPs-2009 Meeting
    • 発表場所
      米国(ハーバード大学)
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Transcription of mRNA-type long non-coding RNAs (mlonRNAs) disrupts chromatin array2009

    • 著者名/発表者名
      Kouji Hirota
    • 学会等名
      内藤コンファレンス Nuclear Dynamics and RNA
    • 発表場所
      日本(北海道)
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] 細胞工学12月号(基礎の基礎)2009

    • 著者名/発表者名
      廣田耕志、武田俊一
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      学研メディカル秀潤社
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [産業財産権] 遺伝的に改変された細胞を製造する方法2009

    • 発明者名
      武田俊一 廣田耕志
    • 権利者名
      独立行政法人農業生物資源研究所
    • 産業財産権番号
      2009-138902
    • 出願年月日
      2009-06-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2018-03-28  

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