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クロマチンカーテン法によるクロマチン凝集の1分子蛍光顕微鏡観察

公募研究

研究領域遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル
研究課題/領域番号 21H00252
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関京都大学

研究代表者

寺川 剛  京都大学, 理学研究科, 助教 (20809652)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円)
2022年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2021年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワードコンデンシン / 分子モーター / 染色体ループ形成機構 / ヌクレオソーム / DNAカーテン法 / 一分子蛍光イメージング / 蛍光顕微鏡観察 / クロマチンカーテン / 染色体凝集
研究開始時の研究の概要

クロマチンを構成するヌクレオソームの大きな役割の1 つは、長いゲノムDNA を小さい核の中にパッケージングすることである。パッケージングの程度は細胞周期の各期によって異なり、その程度によってクロマチンポテンシャル(クロマチン構造による遺伝子発現制御)が変化する。本研究の目的は、クロマチンポテンシャルを変化させるタンパク質「コンデンシン」がクロマチン上で機能する分子機構を明らかにすることである。具体的には、DNA カーテン法を用いた 1 分子蛍光顕微鏡観察によって、ヌクレオソームの存在がコンデンシンの分子機構に与える影響を明らかにする。

研究実績の概要

コンデンシンというタンパク質が、有糸分裂期において分子モーターとして染色体ループを形成することで染色体凝集を引き起こすことが知られている。しかしながら、過去の研究では、コンデンシンがどのようにして染色体ループを形成するかについてはわかっていなかった。特に、ヌクレオソームのような障害物がある環境で、コンデンシンが分子モーターとして機能できるかどうかは不明であった。そこで、私たちはDNAカーテン法を用いて、複数種のナノパターンを描画し、DNAの両端の距離を可変にし、DNAにかかる張力を調節することで、コンデンシンがDNA上を歩進する様子を一分子蛍光顕微鏡で観察した。その結果、DNAにかかる張力が小さいときには、コンデンシンが速いモードと遅いモードの2種類のモードでDNA上を歩進することがわかった。また、ヌクレオソームなどのDNA上の障害物を乗り越えることができるのは速いモードだけであることもわかった。これらの結果から、コンデンシンが裸のDNA上だけでなく、染色体上でも分子モーターとして機能することが示唆された。この研究成果は、染色体ループ形成機構の解明に向けて重要な一歩である。これまでのクライオ電子顕微鏡観察でも、ヌクレオチド結合時に2種類の構造変化が報告されていることから、私たちの研究結果は先行研究とも整合性がある。私たちは、この研究成果が、コンデンシンを含むタンパク質複合体が染色体形成にどのように寄与しているかを理解する上で、大きな意義があると考えられる。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Coarse-grained molecular dynamics simulations of base-pair mismatch recognition protein MutS sliding along DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Inoue Keisuke、Takada Shoji、Terakawa Tsuyoshi
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 19 号: 0 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0015

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ALS mutations in the TIA-1 prion-like domain trigger highly condensed pathogenic structures2022

    • 著者名/発表者名
      Sekiyama Naotaka、Takaba Kiyofumi、Maki-Yonekura Saori、Akagi Ken-ichi、Ohtani Yasuko、Imamura Kayo、Terakawa Tsuyoshi、Yamashita Keitaro、Inaoka Daigo、Yonekura Koji、Kodama Takashi S.、Tochio Hidehito
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 号: 38

    • DOI

      10.1073/pnas.2122523119

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-molecule junction spontaneously restored by DNA zipper2021

    • 著者名/発表者名
      Harashima Takanori、Fujii Shintaro、Jono Yuki、Terakawa Tsuyoshi、Kurita Noriyuki、Kaneko Satoshi、Kiguchi Manabu、Nishino Tomoaki
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 5762-5762

    • DOI

      10.1038/s41467-021-25943-3

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The lane-switch mechanism for nucleosome repositioning by DNA translocase2021

    • 著者名/発表者名
      Nagae Fritz、Brandani Giovanni B、Takada Shoji、Terakawa Tsuyoshi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 49 号: 16 ページ: 9066-9076

    • DOI

      10.1093/nar/gkab664

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modeling of DNA binding to the condensin hinge domain using molecular dynamics simulations guided by atomic force microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Koide Hiroki、Kodera Noriyuki、Bisht Shveta、Takada Shoji、Terakawa Tsuyoshi
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 17 号: 7 ページ: e1009265-e1009265

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009265

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Molecular mechanism of H2A/H2B dismantling from a partially unwrapped nucleosome by Nap12023

    • 著者名/発表者名
      Fritz Nagae, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      66th Biophysical Society Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular mechanisms of epigenetic inheritance in single-molecule level2022

    • 著者名/発表者名
      寺川 剛
    • 学会等名
      さきがけ「ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出」第2回単独領域会議
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA curtain assays of collisions between Condensin and Nucleosome2022

    • 著者名/発表者名
      寺川 剛
    • 学会等名
      新学術領域「クロマチン潜在能」領域会議
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA binding affinity of human cohesin subunits participating in loop-extrusion mechanism studied by molecular dynamics simulation2022

    • 著者名/発表者名
      Chenyang Gu, Giovanni Brandani, Tsuyoshi Terakawa, Shoji Takada
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] トランスロケースとの衝突に伴うヌクレオソームの運命: エピゲノム継承の解明に向けて2022

    • 著者名/発表者名
      寺川 剛
    • 学会等名
      第15回エピジェネティクス研究会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural modeling of condensin by assimilating high-speed atomic force microscopy images2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Koide, Noriyuki Kodera ,Mayu S. Terakawa, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Nap1 dismantles a H2A/H2B dimer from a partially unwrapped nucleosome2022

    • 著者名/発表者名
      Fritz Nagae, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations to reveal molecular mechanism of DNA stimulated ATPase activity of SMC proteins2022

    • 著者名/発表者名
      Masataka Yamauchi, Tsuyoshi Terakawa, Giovanni B. Brandani, and Shoji Takada
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Single molecule imaging of DNA unwinding by budding yeast Mcm2-72022

    • 著者名/発表者名
      Mayu S. Terakawa, Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Molecular mechanism of epigenetic inheritance in single-molecule level2022

    • 著者名/発表者名
      寺川 剛
    • 学会等名
      さきがけ「ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出」第2回単独領域会議
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Evaluation of DNA binding of yeast replisome toward single-molecule observation of DNA replication2021

    • 著者名/発表者名
      Mayu S. Terakawa、 Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Molecular mechanism of MutS sliding on DNA explored by coarse-grained molecular dynamics simulations2021

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Inoue、 Shoji Takada、 Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] The lane switch mechanism: Nucleosome repositioning induced by a DNA translocase2021

    • 著者名/発表者名
      Fritz Nagae、 Giovanni B. Brandani、 Shoji Takada、 Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of the yeast condensin holo complex towards elucidation of the mechanism of DNA loop extrusion2021

    • 著者名/発表者名
      Hiiroki Koide、 Shoji Takada、 Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleosome repositioning dynamics upon collision with a translocase2021

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA translocase repositions a nucleosome by the lane-switch mechanism2021

    • 著者名/発表者名
      Fritz Nagae、 Giovanni B. Brandani、 Shoji Takada、 Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      20th IUPAB Congress
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2023-12-25  

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