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RNA誘導性相分離によるクロマチン制御

公募研究

研究領域遺伝子制御の基盤となるクロマチンポテンシャル
研究課題/領域番号 21H00253
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関大阪大学

研究代表者

山崎 智弘  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 特任講師(常勤) (90732280)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
8,450千円 (直接経費: 6,500千円、間接経費: 1,950千円)
2022年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
キーワード相分離 / NEAT1 / パラスペックル / ゲノム制御 / RNA / lncRNA / ブロック共重合体 / ミセル化 / 非膜オルガネラ / 長鎖ノンコーディングRNA / 非膜性構造体
研究開始時の研究の概要

RNAが誘導する核内非膜性構造体に焦点を当て、その遺伝子発現・クロマチン制御における機能発現メカニズムを理解することを目的とする。NEAT1 lncRNAが構築する核内非膜性構造体パラスペックルをモデル系として扱うとともに、申請者が新たに構築した人工相分離構造体誘導系を用いて、ソフトマター物理学の理論解析も取り入れながら、RNA誘導性相分離の形成と機能を包括的に理解するための原理および分子基盤を明らかにする。

研究実績の概要

細胞核内には、相分離により形成される非膜性構造体が多数存在している。そのほとんどのものには、RNAが構成因子として含まれているが、その構造体の形成および機能における役割は十分には理解されていない。本研究は、RNAが誘導する核内非膜オルガネラに焦点を当て、その遺伝子発現・クロマチン制 御における機能発現メカニズムを理解することを目的としている。NEAT1_2 lncRNAが構築する核内非膜性構造体であるパラスペックルをモデル系として扱うとともに、申請者が新たに構築した人工非膜性構造体実験系を利用し、RNAによる核内相分離に共通する機能発現機能を明らかにする。さらに、ソフトマター物理学の理論解析も取り入れ、RNA誘導性相分離の形成とクロマチン・遺伝子発現制御機能を包括的に理解するための原理および分子基盤を明らかにする。これまでに、実験による解析とソフトマター物理理論を融合した研究により、パラスペックルがブロック共重合体のミセル化という細胞内相分離の原理として、多くの研究がなされている液液相分離とは異なる機構により形成されていることを明らかにした。さらに、パラスペックルのミセル化に関わるタンパク質因子の同定も進んでいる。こうした解析から、RNA-タンパク質複合体がブロック共重合体として働くという普遍的なメカニズムを明らかにしてきている。また、人工非膜性構造体を用いた解析から、パラスペックルや様々な細胞内構造体の構成因子としても同定されている、DBHSファミリータンパク質やFETファミリータンパク質が形成する構造体の形成メカニズムを明らかにした。さらに、パラスペックルによる遺伝子発現制御について、p53経路における役割についても解析を進め、パラスペックルによる遺伝子発現制御を理解するために重要な知見を得た。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (7件) 図書 (4件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] CNRS(フランス)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Triblock copolymer micelle model of spherical paraspeckles2022

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Yamamoto, Tomohiro Yamazaki, and Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Front. Mol. Biosci.

      巻: 9 ページ: 925058-925058

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.925058

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Micellization: A new principle in the formation of biomolecular condensates2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, and Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Front. Mol. Biosci.

      巻: 9 ページ: 974772-974772

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.974772

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Statistical Thermodynamics Approach for Intracellular Phase Separation2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki
    • 雑誌名

      Methods Mol. Biol.

      巻: 2509 ページ: 361-393

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2380-0_22

    • ISBN
      9781071623794, 9781071623800
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Remarkable improvement in detection of readthrough downstream-of-gene transcripts by semi-extractable RNA-sequencing2022

    • 著者名/発表者名
      Iwakiri Junichi、Tanaka Kumiko、Chujo Takeshi、Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      RNA

      巻: 29 号: 2 ページ: 170-177

    • DOI

      10.1261/rna.079469.122

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A guide to membraneless organelles and their various roles in gene regulation2022

    • 著者名/発表者名
      Hirose Tetsuro、Ninomiya Kensuke、Nakagawa Shinichi、Yamazaki Tomohiro
    • 雑誌名

      Nature Reviews Molecular Cell Biology

      巻: 24 号: 4 ページ: 288-304

    • DOI

      10.1038/s41580-022-00558-8

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Editorial: The why of RNA granules: Form, function, and regulation2022

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki Tomohiro、Audas Timothy E.、Farny Natalie G.
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 9

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.1111463

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Paraspeckles are constructed as block copolymer micelles.2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      EMBO Journal

      巻: - 号: 12

    • DOI

      10.15252/embj.2020107270

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] ArcRNAs and the formation of nuclear bodies.2021

    • 著者名/発表者名
      Shinichi Nakagawa, Tomohiro Yamazaki, Taro Mannen, Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Mammalian Genome

      巻: - 号: 2 ページ: 382-401

    • DOI

      10.1007/s00335-021-09881-5

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Control of condensates dictates nucleolar architecture.2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Science

      巻: 373 号: 6554 ページ: 486-487

    • DOI

      10.1126/science.abj8350

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNAが形作る相分離構造体2021

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、廣瀬哲郎
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 93 ページ: 385-390

    • NAID

      40022647432

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Formation mechanisms of SARS-CoV-2 viral RNPs with cellular host proteins2023

    • 著者名/発表者名
      山崎 智弘、土井 理恵、廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      大阪大学先導的学際研究機構 RNAフロンティアサイエンス部門 第一回 RNA-FSシンポジウム RNA研究が拓く生命科学
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Biomolecular condensates scaffolded by RNAs: towards their theoretical and systematic understandings2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Mizuki Iwata, Rie Doi, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] RNAを設計図とする非膜オルガネラの形成原理2022

    • 著者名/発表者名
      山崎 智弘、山本 哲也、吉野 彪羅、高桑 央、Sylvie Souquere、土井 理恵、岩田 瑞季、一色 和奏、中川 真一、Gerard Pierron、廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 理論と構成的アプローチを用いたRNAを足場とする非膜オルガネラの形成原理の解析2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Mizuki Iwata, Rie Doi, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      5回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] RNAs as scaffolds of biomolecular condensates: Lessons from paraspeckles scaffolded by NEAT1_2 lncRNAs2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hiro Takakuwa, Hyura Yoshino, Wakana Isshiki, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Paraspeckles are constructed as block copolymer micelles2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] RNAs as scaffolds of biomolecular condensates: from LLPS to micellization2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      MBSJ2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] フロントランナー直伝 相分離解析プロトコール2022

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、廣瀬哲郎(担当、分担執筆、範囲:レビュー編4:細胞内相分離におけるRNAの役割)
    • 総ページ数
      247
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] セントラルドグマの新常識2022

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、山本哲也、廣瀬哲郎(担当、分担執筆、範囲:RNAの新常識6:細胞内構造体の骨格として働くRNA)
    • 総ページ数
      264
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] 相分離 メカニズムと疾患2021

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、廣瀬哲郎(担当:分担執筆、範囲:I. 核内の非膜オルガネラ 4. パラスペックル)
    • 総ページ数
      221
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] 月刊 細胞2021

    • 著者名/発表者名
      山本哲也、山崎智弘、二宮賢介、廣瀬哲郎(担当:分担執筆、範囲:RNA生物学とソフトマター物理学の融合による核内構造体の研究)
    • 総ページ数
      76
    • 出版者
      ニューサイエンス社
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] Hirose Lab (RNA生体機能研究室)

    • URL

      http://hirose-lab.com/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [備考] 大阪大学大学院生命機能研究科 細胞ネットワーク講座 RNA生体機能研究室

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_group/detail/7

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [備考] RNAによる核内構造体形成の新たなしくみを発見

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1020

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2023-12-25  

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