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β-TrCPのリン酸化基質への結合に拮抗する小分子探索と蛋白質分解誘導系への応用

公募研究

研究領域ケモテクノロジーが拓くユビキチンニューフロンティア
研究課題/領域番号 21H00295
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

渡邉 信元  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 嘱託職員 (90221689)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2022年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2021年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワードユビキチン化 / 小分子探索 / タンパク質分解 / タンパク質間相互作用 / タンパク質リン酸化 / Fボックスタンパク質 / 蛍光タンパク質 / ユビキチン
研究開始時の研究の概要

β-TrCP(β-Transducin repeat Containing Protein)は、SCF型E3ユビキチン化酵素の基質認識サブユニットF-BOXタンパク質のひとつである。本研究計画では、β-TrCPの基質への結合に拮抗する小分子リガンドを見出し、標的タンパク質をプロテアソーム依存分解させるシステムを構築する研究を提案する。分解させたいタンパク質として、白血病の原因遺伝子産物Bcr-Abl、その特異的リガンドとしてGleevec (imatinib)を選び、β-TrCPリガンドとの結合キメラ化合物を合成し、ユビキチン化を利用した細胞内タンパク質分解誘導系の有効性を証明する。

研究実績の概要

これまでの研究で得られたβ-TrCP阻害物質について、その類縁体の解析を進めた。試験管内のリン酸化ペプチドへの結合、ユビキチン化活性に対する影響をみるふたつのアッセイによって絞り込んだ物質が細胞内で機能できる事を、β-TrCP複合体によるユビキチン化を介した細胞でのβカテニンの分解、IκBの分解への影響を解析することで行った。これらの解析によりさらに強い結合能を有する小分子を3種取得した。しかしながらその阻害活性は期待ほど強くはなくPROTAC化合物の合成に進めるには不十分であると判断した。化合物のβ-TrCPとの相互作用をin silico解析を行い、化合物とβ-TrCPの間の水素結合形成が阻害活性に重要であることを見出した。これらについての論文発表を行うことを進め投稿中である。
一方、その過剰発現ががん化およびがん細胞の増殖維持を誘導することが知られる c-Mycがん遺伝子に着目し、そのユビキチン化依存分解誘導系の構築も目指した。具体的にはすでに構築しているc-Myc活性を細胞内で解析できる系を用い、細胞内でc-Myc活性を阻害出来る物質探索を継続した。これまでの化合物ライブラリーおよび微生物二次代謝物の解析ですでにいくつかのヒット化合物を得ていたが、これらの中から、antimycin Aがc-Mycのユビキチン化依存分解を誘導することを見出した。また活性のある微生物二次代謝物からの活性物質精製も進めss49という物質もc-Mycのユビキチン化依存分解を誘導することを見出した。どちらの物質もミトコンドリアの酵素を阻害することで障害を与え活性酸素種(ROS)を発生させ、ROSがc-Mycをリン酸化する酵素であるGSK3を活性化することでc-Mycのユビキチン化依存分解を誘導することを見出した。これらについても論文発表を行うことを進め投稿中である。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 10件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Salk Institute(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Max Planck Institute(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Guangzhou Medical University(中国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Guangzhou Medical Univerisity(中国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Universiti Sains Malaysia(マレーシア)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] ZMIZ2 promotes the development of triple-receptor negative breast cancer2022

    • 著者名/発表者名
      Zou Xiaopan、Liu Yan、Di Jun、Wei Wei、Watanabe Nobumoto、Li Jiang、Li Xiaomeng
    • 雑誌名

      Cancer Cell International

      巻: 22 号: 1 ページ: 52-52

    • DOI

      10.1186/s12935-021-02393-x

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of a small molecule that enhances ferroptosis via inhibition of FSP1.2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka H, Kawamura T, Muroi M, Kondoh Y, Honda K, Kawatani M, Aono H, Waldmann H, Watanabe N, Osada H.
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 17 号: 2 ページ: 483-491

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00028

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Apigenin, a Single Active Component of Herbal Extract, Alleviates Xerostomia via ERα-Mediated Upregulation of AQP5 Activation2022

    • 著者名/発表者名
      Wei Wei、Cao Tingting、Pathak Janak L.、Liu Xintong、Mao Tianjiao、Watanabe Nobumoto、Li Xiaomeng、Zhang Manli、Li Jiang
    • 雑誌名

      Frontiers in Pharmacology

      巻: 13 ページ: 818116-818116

    • DOI

      10.3389/fphar.2022.818116

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] New antimalarials identified by a cell-based phenotypic approach: Structure?activity relationships of 2,3,4,9-tetrahydro-1H-β-carboline derivatives possessing a 2-((coumarin-5-yl)oxy)alkanoyl moiety2022

    • 著者名/発表者名
      Cho Nobuo、Kikuzato Ko、Futamura Yushi、Shimizu Takeshi、Hayase Hiroki、Kamisaka Kikuko、Takaya Daisuke、Yuki Hitomi、Honma Teruki、Niikura Mamoru、Kobayashi Fumie、Watanabe Nobumoto、Osada Hiroyuki、Koyama Hiroo
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      巻: 66 ページ: 116830-116830

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2022.116830

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identifying Leptospira interrogans putative virulence factors with a yeast protein expression screen2022

    • 著者名/発表者名
      Lai Weng Yu、Wong Zhenpei、Chang Chiat Han、Samian Mohd Razip、Watanabe Nobumoto、Teh Aik-Hong、Noordin Rahmah、Ong Eugene Boon Beng
    • 雑誌名

      Applied Microbiology and Biotechnology

      巻: 106 号: 19-20 ページ: 6567-6581

    • DOI

      10.1007/s00253-022-12160-1

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Crystal structure of <i>Arabidopsis</i> DWARF14‐LIKE2 (DLK2) reveals a distinct substrate binding pocket architecture2022

    • 著者名/発表者名
      Burger Marco、Honda Kaori、Kondoh Yasumitsu、Hong Sharon、Watanabe Nobumoto、Osada Hiroyuki、Chory Joanne
    • 雑誌名

      Plant Direct

      巻: 6 号: 9

    • DOI

      10.1002/pld3.446

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Role of estrogen receptor signaling pathway-related genes in diffuse large B-cell lymphoma and identification of key targets via integrated bioinformatics analysis and experimental validation2022

    • 著者名/発表者名
      Chen Bo、Mao Tianjiao、Qin Xiuni、Zhang Wenqi、Watanabe Nobumoto、Li Jiang
    • 雑誌名

      Frontiers in Oncology

      巻: 12

    • DOI

      10.3389/fonc.2022.1029998

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Lonidamine and domperidone inhibit expansion of transformed cell areas by modulating motility of surrounding nontransformed cells2022

    • 著者名/発表者名
      Aoyama Megumi、Ishikawa Kosuke、Nemoto Shuntaro、Hirano Hiroyuki、Watanabe Nobumoto、Osada Hiroyuki、Watanabe Shinya、Semba Kentaro
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 298 号: 12 ページ: 102635-102635

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102635

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Critical Biomarkers Identification of Insulin Signaling Involved in Initiating cAMP Signaling Mediated Salivary Secretion in Sjogren Syndrome: Transcriptome Sequencing in NOD Mice Model2022

    • 著者名/発表者名
      Chen Bo、Zhou Jiannan、Mao Tianjiao、Cao Tingting、Hu Shilin、Zhang Wenqi、Li Xueyang、Qin Xiuni、Liu Xintong、Watanabe Nobumoto、Li Jiang
    • 雑誌名

      Biological Procedures Online

      巻: 24 号: 1 ページ: 26-26

    • DOI

      10.1186/s12575-022-00189-5

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Alleviatory effects of Danshen, Salvianolic acid A and Salvianolic acid B on PC12 neuronal cells and Drosophila melanogaster model of Alzheimer's disease2021

    • 著者名/発表者名
      Tan Florence Hui Ping、Ting Andrew Chung Jie、Leow Ban Guan、Najimudin Nazalan、Watanabe Nobumoto、Azzam Ghows
    • 雑誌名

      Journal of Ethnopharmacology

      巻: 279 ページ: 114389-114389

    • DOI

      10.1016/j.jep.2021.114389

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Ethyl caffeate ameliorated amyloid‐beta42 protein‐associated toxicity in <scp>PC12</scp> cells and <i>Drosophila melanogaster</i>2021

    • 著者名/発表者名
      Tan Florence Hui Ping、Hadri Nurulhuda Athirah Binti、Najimudin Nazalan、Watanabe Nobumoto、Azzam Ghows
    • 雑誌名

      Geriatrics Gerontology International

      巻: 21 号: 12 ページ: 1125-1130

    • DOI

      10.1111/ggi.14296

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A cesium tolerance-enhancing chemical promotes cesium tolerance in Arabidopsis thaliana by interacting with BETA-GLUCOSIDASE 23.2021

    • 著者名/発表者名
      Moon JY, Adams E, Miyazaki T, Kondoh Y, Muroi M, Watanabe N, Osada H, Shin R
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 26 号: 1 ページ: 21109-21109

    • DOI

      10.1038/s41598-021-00564-4

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of Tropical Plant Extracts That Extend Yeast Chronological Life Span2021

    • 著者名/発表者名
      Kwong Mandy Mun Yee、Lee Jee Whu、Samian Mohammed Razip、Wahab Habibah A.、Watanabe Nobumoto、Ong Eugene Boon Beng
    • 雑誌名

      Cells

      巻: 10 号: 10 ページ: 2718-2718

    • DOI

      10.3390/cells10102718

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Screening of selected ageing-related proteins that extend chronological life span in yeast Saccharomyces cerevisiae2021

    • 著者名/発表者名
      Lee Jee Whu、Ong Tee Gee、Samian Mohammed Razip、Teh Aik-Hong、Watanabe Nobumoto、Osada Hiroyuki、Ong Eugene Boon Beng
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 24148-24148

    • DOI

      10.1038/s41598-021-03490-7

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] c-Myc阻害小分子探索系の構築と探索2022

    • 著者名/発表者名
      渡辺信元、石川公輔、仙波憲太郎、長田裕之
    • 学会等名
      がん分子標的治療学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ドーパミン拮抗薬ドンペリドンは需要対比依存的にがん細胞の拡大を抑制する2022

    • 著者名/発表者名
      青山愛、渡辺信元、長田裕之、仙波憲太郎
    • 学会等名
      がん分子標的治療学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 正常―がん細胞間相互作用を制御する化合物のスクリーニングとその機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      青山愛、平野弘之、渡辺信元、長田裕之、仙波憲太郎
    • 学会等名
      第81回日本癌学会学術総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] High-throughput screening system for ligands of β-TrCP and analyses of hit compounds2022

    • 著者名/発表者名
      Liu, X., Osada, H., Watanabe, N
    • 学会等名
      第81回日本癌学会学術総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] High-throughput screening system for ligands of β-TrCP and analyses of hit compounds.2022

    • 著者名/発表者名
      Liu, X., Sanada, E., Osada, H., Watanabe, N.
    • 学会等名
      The International Symposium in Tokyo 2022, “Ubiquitin New Frontier from Neo-Biology to Targeted Protein Degradation”
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] High-throughput screening identified antimycin A as an accelerator of ubiquitin-proteasome dependent degradation of c-Myc protein.2022

    • 著者名/発表者名
      Liu, Z., Sanada, E., Ishikawa, K., Semba, K., Osada, H., Watanabe, N.
    • 学会等名
      The International Symposium in Tokyo 2022, “Ubiquitin New Frontier from Neo-Biology to Targeted Protein Degradation”
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [備考]

    • URL

      http://www.riken.jp/research/labs/csrs/riken_max_planck/bioprobe_app/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.npd.riken.jp/crdu/jp/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2023-12-25  

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