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日本列島への人類の渡来に伴って形成された日本犬ゲノムの多重構成

公募研究

研究領域ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明
研究課題/領域番号 21H00341
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関総合研究大学院大学

研究代表者

寺井 洋平  総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 准教授 (30432016)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
2022年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2021年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
キーワード古代犬 / 縄文犬 / 弥生犬 / 古代DNA / 古代ゲノム解析 / 日本犬 / 古代ゲノム / 日本列島への渡来
研究開始時の研究の概要

イヌは2万年程前にハイイロオオカミから家畜化され、人類の移動に伴って世界中に広がったと考えられている。私たちのゲノム解析の結果、日本犬は独自性の高い犬種であることが明らかになった。その独自性の要因は、縄文人と一緒に日本列島へ渡来した縄文犬、渡来系弥生人と一緒に渡来した弥生犬、戦国時代以降に大陸から持ち込まれた大陸のイヌなどの犬種のゲノムが寄与していると予想している。そのため現在の日本犬のゲノムの構成には人類の日本列島への渡来の歴史が反映され、本研究では日本列島への人類の渡来が、一緒に渡来したイヌを祖先とする日本犬のゲノム構成に影響を与えてきたかを明らかにする。

研究実績の概要

イヌは人類の移動に伴って世界中に広がったと考えられ、そのためイヌの移動の歴史は人類の移動の歴史を反映していると予想される。私たちの研究グループにより日本犬は遺伝的に独自性の高い犬種であることが明らかになった。日本犬のゲノムには、縄文人と一緒に日本列島へ渡来した縄文犬、渡来系弥生人と一緒に渡来した弥生犬が大きな影響を及ぼし、戦国時代以降に大陸から持ち込まれたその他犬種や、過去の交雑が明らかになったニホンオオカミのゲノムも小規模ではあるが日本犬ゲノムの構成に寄与していると考えられる。そのため現在の日本犬のゲノム構成は縄文犬、弥生犬のゲノムが主となり形成され、その構成には人類の日本列島への渡来の歴史が反映されていると予想できる。本研究では縄文時代、弥生時代に起きた人類の日本列島への渡来が、一緒に渡来したイヌを祖先とする日本犬のゲノム構成に影響を与えてきたかを明らかにすることを目的としている。
本年度は、鳥取県の青谷上寺地遺跡(弥生時代)出土のイヌ2個体の全ゲノム解析を行い、これらのイヌが稲作文化を伴って渡来した渡来系弥生人の環境に適応していたことを明らかにした。また、礼文島の浜中2遺跡から出土した属縄文時代とオホーツク文化期のイヌからDNAの抽出を行い、全ゲノム配列決定、全ゲノム解析を行なった。その結果、これらのイヌはこの遺跡で生活していた海洋民族の食事に適応していたことが明らかになった。また、縄文時代のイヌの全ゲノム解析から、縄文犬の系統は現存のイヌの主要なゲノム成分の1つを供給していることを明らかにした。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 3件、 招待講演 11件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] IPB University(インドネシア)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] 日本犬とニホンオオカミの関係をゲノムから知る2023

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 雑誌名

      BIOSTORY

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] 全ゲノム情報から知るニホンオオカミ2022

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 雑誌名

      Mammal Study

      巻: 63 ページ: 5-13

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ゲノムから探るニホンオオカミと日本犬の歴史2022

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 雑誌名

      生物の科学「遺伝」

      巻: 76

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] ゲノムから探るニホンオオカミと日本犬の歴史の紹介: ニホンオオカミと日本犬2022

    • 著者名/発表者名
      寺井洋平
    • 雑誌名

      Yaponesia あき号

      巻: -

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional divergence of pigmentation gene melanocortin-1 receptor (MC1R) in six endemic Macaca species in Sulawesi island2022

    • 著者名/発表者名
      Yan X, Terai Y, Widayati KA, Itoigawa A, Purba LHPS, Badjeber F, Suryobroto B, Imai H
    • 雑誌名

      Scientific Report

      巻: In press

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Adaptation of the eyes of grass puffer (<i>Takifugu niphobles</i>) to the riverine and marine environments2022

    • 著者名/発表者名
      Osada Misa、Terai Yohey
    • 雑誌名

      bioRvix

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2022.04.28.489969

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Two divergent haplogroups of a sacsin-like gene in Acropora corals2021

    • 著者名/発表者名
      Takahashi-Kariyazono Shiho、Terai Yohey
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-021-02386-w

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] De novo assembly and annotation of the mangrove cricket genome2021

    • 著者名/発表者名
      Satoh Aya、Takasu Miwako、Yano Kentaro、Terai Yohey
    • 雑誌名

      BMC Research Notes

      巻: 14 号: 1

    • DOI

      10.1186/s13104-021-05798-z

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Japanese wolf is most closely related to modern dogs and its ancestral genome has been widely inherited by dogs throughout East Eurasia2021

    • 著者名/発表者名
      Gojobori Jun、Arakawa Nami、Xiayire Xiaokaiti、Matsumoto Yuki、Matsumura Shuichi、Hongo Hitomi、Ishiguro Naotaka、Terai Yohey
    • 雑誌名

      bioRvix

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2021.10.10.463851

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] イヌの起源と日本列島でのイヌの変遷2022

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      第3回コンパニオンアニマルのゲノム医療研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ニホンオオカミゲノムから明らかになったイヌの起源と変遷2022

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      遺伝学若手の会 第二回研究交流会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヤポネシアは古い系統の貯蔵庫: ニホンオオカミと古代犬から探るイヌの起源2022

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      日本進化学会第21回大会 沼津 公開講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム解析から明らかになったヤポネシアでのイヌの変遷とニホンオオカミとの関わり2022

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      日本遺伝学会 シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ニホンオオカミゲノムから見えてきたイヌの初期の進化2022

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      日本遺伝学会 ワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ニホンオオカミと古代犬から探るイヌの起源2022

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      ニホンオオカミと古代犬から探るイヌの起源、日本哺乳類学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Japanese wolf genome and the origin of dogs2022

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      国立遺伝学研究所集団遺伝研究室 斎藤成也教授 退職記念シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] スラウェシマカク種間のgene flow2022

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      第50回ホミニゼーション研究会 「人類進化と遺伝子」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The evolutionary process of dogs domesticated from gray wolves2021

    • 著者名/発表者名
      Terai Y
    • 学会等名
      AA研2021年度第1回研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ニホンオオカミゲノムから明らかになったイヌの初期の進化2021

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      第2回コンパニオンアニマルのゲノム医療研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ニホンオオカミゲノムから見たイヌの初期の進化2021

    • 著者名/発表者名
      寺井 洋平
    • 学会等名
      行動遺伝学研究会「家畜化機構の解明」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] 種分化と適応の研究紹介

    • URL

      http://adaptive-speciation.com/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 種分化と適応の機構の研究の紹介

    • URL

      http://adaptive-speciation.com

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2023-12-25  

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