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幹細胞培養系に出現するシンギュラリティ細胞の検出および解析技術の開発

公募研究

研究領域シンギュラリティ生物学
研究課題/領域番号 21H00418
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関東京大学

研究代表者

難波 大輔  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (10380255)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2022年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2021年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
キーワード表皮幹細胞 / 深層学習 / 表皮角化幹細胞 / 機械学習
研究開始時の研究の概要

患者自身の表皮幹細胞を用いた培養表皮シートの作製と移植は、多く患者の命を救ってきた再生医療の先駆けとして知られている。本研究計画は、培養表皮シートの製造プロセスにおける予測不能な要因の一つである異質細胞=シンギュラリティ細胞の出現を検出する手法と、その出現機構を明らかにするものであり、本研究の成果は、幹細胞の自己複製能の維持機構という幹細胞生物学における主要テーマの解明という学術的な領域のみに留まらず、幹細胞を用いた再生医療の基盤技術として、広く社会に貢献するものである。

研究実績の概要

重度熱傷などへの再生医療に用いられている培養ヒト表皮幹細胞は、自己複製を繰り返しながら、幹細胞コロニーを形成する。しかしながら、突如として幹細胞コロニー内に自己複製能を消失した異質な細胞が生まれる。このような異質細胞が出現した幹細胞コロニーでは、連鎖的に他の多くの幹細胞が分裂停止し、分化した分裂停止コロニーへと形質転換する。すなわち、均一な幹細胞集団内に生まれた一つの異質な細胞=シンギュラリティ細胞が、幹細胞集団そのものを消失させる。この異質細胞の出現は、再生医療の大きなリスクとなっている。異質細胞出現の機構は不明であるが、申請者らは、前回の本領域公募研究の支援を受け、機械学習と物体追跡の手法を組み合わせ独自に開発した自動細胞追跡システムDeepACTによって、細胞運動能を指標にヒト表皮幹細胞コロニーに出現するシンギュラリティ細胞を非侵襲的に同定することに成功した。本研究では、ヒト表皮幹細胞コロニーに突如現れるシンギュラリティ細胞をDeepACTによって探知追跡しつつ、その出現機構や周辺細胞への影響を、新規に開発する細胞系譜解析システムと単一コロニーを構成する100個以下の細胞群からのシングルセル解析を組み合わせることによって明らかにする。シンギュラリティ細胞の出現機構と幹細胞コロニー全体への影響の解明は、幹細胞を用いた再生医療の進展に大きく貢献する。本研究では、我々の開発したDeepACTを超広視野イメージングシステムであるAMATERASで得られた画像に応用する研究を行い、細胞の輸送方法や、現地での培養、実際にデータを取得するところまでを行うことができた。今後、解析を行う予定である。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Low temperature and mTOR inhibition favor stem cell maintenance in human keratinocyte cultures.2023

    • 著者名/発表者名
      Nanba D, Sakabe J, Mosig J, Brouard M, Toki F, Shimokawa M, Kamiya M, Braschler T, Azzabi F, Droz-Georget Lathion S, Johnsson K, Roy K, Schmid CD, Bureau JB, Rochat A, Barrandon Y.
    • 雑誌名

      EMBO Reports

      巻: - 号: 6

    • DOI

      10.15252/embr.202255439

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Label-free quality control and identification of human keratinocyte stem cells by deep learning-based automated cell tracking2021

    • 著者名/発表者名
      Hirose T, Kotoku J, Toki F, Nishimura EK, Nanba D
    • 雑誌名

      Stem Cells

      巻: 39 号: 8 ページ: 1091

    • DOI

      10.1002/stem.3371

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] EGFR-mediated epidermal stem cell motility drives skin regeneration through COL17A1 proteolysis2021

    • 著者名/発表者名
      Nanba D, Toki F, Asakawa K, Matsumura H, Shiraishi K, Sayama K, Matsuzaki K, Toki H, Nishumura EK.
    • 雑誌名

      J Cell Biol

      巻: 220 号: 11

    • DOI

      10.1083/jcb.202012073

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] XVII型コラーゲン分解制御と創傷治癒における表皮角化幹細胞動態制御2023

    • 著者名/発表者名
      難波大輔、土岐富士緒、浅川杏佑、松村寛行、白石研、佐山浩二、松崎恭一、土岐博、西村栄美
    • 学会等名
      第22回日本再生医療学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] EGFR-mediated epidermal stem cell motility drives skin regeneration through COL17A1 proteolysis2022

    • 著者名/発表者名
      難波大輔
    • 学会等名
      第19回幹細胞シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Alteration of human epidermal stem cell behavior in temperature fluctuations2022

    • 著者名/発表者名
      難波大輔
    • 学会等名
      第55回日本発生生物学
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Epidermal stem cell dynamics during skin regeneration2022

    • 著者名/発表者名
      難波大輔
    • 学会等名
      第74回日本細胞生物学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 皮膚の再生・老化とXVII型コラーゲン分解制御2022

    • 著者名/発表者名
      難波大輔
    • 学会等名
      第27回日本病態プロテアーゼ学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] EGFR-madiated epidermal stem cell mortility drives skin regeneration through COL17A1 ptoteolysis2022

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Nanba, Fujio Toki, Kyosuke Asakawa, Hiroyuki Matsumra, Ken Shiraishi, Koji Sayama, Kyoichi Matsuzaki, Hiroshi Toki, Emi K. Nishimura
    • 学会等名
      日本研究皮膚科学会 第47回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Label-free quality control and identification of human keratinocyte stem cells by deep learning-based automated cell tracking2021

    • 著者名/発表者名
      Hirose T, Kotoku J, Toki F, NIshimura EK, Nanba D
    • 学会等名
      日本研究皮膚科学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2023-12-25  

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