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薬物とGPCRの弱い相互作用が滞在時間に応じて生体応答を制御する機構の解明

公募研究

研究領域マテリアルシンバイオシスための生命物理化学
研究課題/領域番号 21H05509
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
研究機関東京大学

研究代表者

上田 卓見  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 准教授 (20451859)

研究期間 (年度) 2021-09-10 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
2022年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2021年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
キーワードNMR / 膜タンパク質 / GPCR / アデノシンA2A受容体 / 滞在時間
研究開始時の研究の概要

ヒトの体内では、数百種類のGPCR (Gタンパク質共役型受容体) と呼ばれる膜タンパク質が、様々なホルモンや神経伝達物質の受容体として機能しています。GPCRに作用する薬物は、GPCRと非共有結合により弱く相互作用して、結合・解離を繰り返しており、薬物がGPCRに滞在する時間(滞在時間)は、薬効を規定する重要なパラメータです。 この研究では、溶液中におけるタンパク質の動的な構造を解析できるNMR法を用いて、GPCRの薬物結合部位近傍の構造が、滞在時間に応じてどのように変調するかを明らかにすることで、GPCRと薬物の滞在時間の制御機構を解明することを目的とします。

研究実績の概要

昨年度までに、アデノシンA2A受容体(A2AAR)のリガンド結合部位に位置するA165, A265のメチル基に由来するNMRシグナルを観測・帰属した上で、A265の1H化学シフトが、E169-H264の塩橋の構造を反映することを示した。今年度は、滞在時間が野生型の1/10程度まで低下することが報告されているT256A変異を導入したA2AARにおける、アラニン残基およびメチオニン残基のメチル基のNMRシグナルを、滞在時間が比較的長いZM241385が結合した状態で観測した。その結果、A265に由来するシグナルの1H化学シフトが、滞在時間が1/60程度に減少するE169Q変異体と野生型の中間的な値となり、滞在時間と相関することが判明した。また、滞在時間がZM241385の1/8程度であることが知られている、LUF5834が結合した状態においても、A265の1H化学シフトがE169Q変異体と野生型の中間的な値となり、滞在時間との相関がみられた。T256A変異体におけるA265の化学シフトが、野生型とE169Q変異体の中間的な値となる現象は、完全作動薬NECAが結合した状態においても、またA265に近接するM270に由来するNMRシグナルにおいても観測されたことから、A2AARの活性化状態にかかわらずA265の化学シフトが滞在時間と相関すること、これらの化学シフトが構造変化を反映することが示唆された。以上の結果から、T256A変異導入時やLUF5834結合時には、E169Q-H264の塩橋が部分的に崩れた構造となることで、中間的な滞在時間を示すと考えた。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 3件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Amide-to-ester substitution as a stable alternative to N-methylation for increasing membrane permeability in cyclic peptides.2023

    • 著者名/発表者名
      Hosono Y, Uchida S, Shinkai M, Townsend CE, Kelly CN, Naylor MR, Lee HW, Kanamitsu K, Ishii M, Ueki R, Ueda T, Takeuchi K, Sugita M, Akiyama Y, Lokey SR, Morimoto J, Sando S.
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 14 号: 1 ページ: 1416-1416

    • DOI

      10.1038/s41467-023-36978-z

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 溶液NMR法によるGPCRの活性と直結する動的構造平衡の解明2022

    • 著者名/発表者名
      UEDA Takumi、KOFUKU Yutaka、TAKEUCHI Koh、IMAI Shunsuke、SHIRAISHI Yutaro、SHIMADA Ichio
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌

      巻: 64 号: 4 ページ: 279-284

    • DOI

      10.5940/jcrsj.64.279

    • ISSN
      0369-4585, 1884-5576
    • 年月日
      2022-12-15
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Residue-based program of a β-peptoid twisted strand shape via a cyclopentane constraint2022

    • 著者名/発表者名
      Kim J, Kobayashi H, Yokomine M, Shiratori Y, Ueda T, Takeuchi K, Umezawa K, Kuroda D, Tsumoto K, Morimoto J, Sando S.
    • 雑誌名

      Org. Biomol. Chem.

      巻: 20 号: 35 ページ: 6994-7000

    • DOI

      10.1039/d2ob01300b

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activation mechanism of the μ-opioid receptor by an allosteric modulator.2022

    • 著者名/発表者名
      Kaneko S, Imai S, Asao N, Kofuku Y, Ueda T, Shimada I.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.

      巻: 119 号: 16

    • DOI

      10.1073/pnas.2121918119

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ultrafast water permeation through nanochannels with a densely fluorous interior surface.2022

    • 著者名/発表者名
      Itoh Y, Chen S, Hirahara R, Konda T, Aoki T, Ueda T, Shimada I, Cannon JJ, Shao C, Shiomi J, Tabata KV, Noji H, Sato K, Aida T.
    • 雑誌名

      Science

      巻: 376 号: 6594 ページ: 738-743

    • DOI

      10.1126/science.abd0966

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Function-related dynamics of GPCRs2022

    • 著者名/発表者名
      Ueda Takumi、Imai Shunsuke、Shimada Ichio
    • 雑誌名

      Journal of Magnetic Resonance

      巻: 336 ページ: 107164-107164

    • DOI

      10.1016/j.jmr.2022.107164

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Oligo(N‐methylalanine) as a Peptide‐Based Molecular Scaffold with a Minimal Structure and High Density of Functionalizable Sites2022

    • 著者名/発表者名
      Yokomine Marin、Morimoto Jumpei、Fukuda Yasuhiro、Shiratori Yota、Kuroda Daisuke、Ueda Takumi、Takeuchi Koh、Tsumoto Kouhei、Sando Shinsuke
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 61 号: 14 ページ: 6994-7000

    • DOI

      10.1002/anie.202200119

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biphasic activation of β-arrestin 1 upon interaction with a GPCR revealed by methyl-TROSY NMR2021

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi Yutaro、Kofuku Yutaka、Ueda Takumi、Pandey Shubhi、Dwivedi-Agnihotri Hemlata、Shukla Arun K.、Shimada Ichio
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 7158-7158

    • DOI

      10.1038/s41467-021-27482-3

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Function-Related Dynamics in Multi-Spanning Helical Membrane Proteins Revealed by Solution NMR2021

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi Koh、Kofuku Yutaka、Imai Shunsuke、Ueda Takumi、Tokunaga Yuji、Toyama Yuki、Shiraishi Yutaro、Shimada Ichio
    • 雑誌名

      Membranes

      巻: 11 号: 8 ページ: 604-604

    • DOI

      10.3390/membranes11080604

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] アデノシンA2A受容体とリガンドの滞在時間を規定する構造基盤の解明2023

    • 著者名/発表者名
      上田 卓見
    • 学会等名
      第61回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Clarification of the GPCR signaling mechanism based on the function-related conformational dynamics2023

    • 著者名/発表者名
      上田 卓見
    • 学会等名
      第61回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考]

    • URL

      https://biophys.f.u-tokyo.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      https://biophys.f.u-tokyo.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2021-10-22   更新日: 2023-12-25  

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