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クライオ電顕単粒子解析による終止コドンのリードスルーの活写

公募研究

研究領域マルチファセット・プロテインズ:拡大し変容するタンパク質の世界
研究課題/領域番号 21H05712
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅲ)
研究機関東北大学

研究代表者

田中 良和  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (20374225)

研究期間 (年度) 2021-09-10 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
10,400千円 (直接経費: 8,000千円、間接経費: 2,400千円)
2022年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2021年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
キーワードストップコドンリードスルー / クライオ電顕 / リボソーム / リードスルー / ストップコドン
研究開始時の研究の概要

タンパク質の翻訳はmRNAの開始コドンから終止コドンまでの遺伝情報に基づき正確にアミノ酸を繋いでタンパク質を合成する生命現象である。しかし、種々の先行研究により、必ずしも終止コドンでタンパク質合成が終結していないことがわかってきた(これをリードスルーとよぶ)。終止コドンのリードスルーは目的の長さよりも長いポリペプチド鎖を生じる翻訳エラーの一つといえるが、生体内ではこれを巧妙に利用している。本研究では、最新のクライオ電顕単粒子解析の手法を用いて終止コドンのリードスルーの瞬間を原子分解能で捉え、その分子機構の詳細を明らかにすることを目的とする。

研究実績の概要

タンパク質の翻訳はmRNAの開始コドンから終止コドンまでの遺伝情報に基づき正確にアミノ酸を繋いでタンパク質を合成する生命現象であるが、必ずしも終止コドンでタンパク質合成が終結していないことがわかってきた(これをリードスルーとよぶ)。本研究では、最新のクライオ電顕単粒子解析の手法を用いて終止コドンのリードスルーの瞬間を原子分解能で捉え、その分子機構の詳細を明らかにすることを目的とする。
前年度までにGFPをモデルに3種類の終止コドンのリードスルーについての知見を得てきたが、当該年度はGFP以外の可溶性タンパク質を用いてリードスルーの頻度についての知見を得た。その結果、GFPにおけるリードスルーと同様の特性が確認され、リードスルーという現象はタンパク質によらず、普遍的な現象であることが示された。また、終止コドンの位置とリードスルー活性についても、2つのタンパク質で共通の特性が確認され、OFR中での位置がリードスルー活性に強く影響することがわかった。リボソームのクライオ電顕単粒子解析については、Aサイトに終止コドンが結合した状態のリボソーム-mRNA-tRNA複合体の高分解能構造を決定することができ、Aサイトの終止コドンにコドン-アンチコドン対合を行うtRNAの密度を確認することができた。リードスルー産物の構造解析については、初期結晶を得ることができ、大型放射光施設でのX線回折実験により結晶学的パラメータを決定することができた。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 3件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] ベイラー大学(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] リヴィウ大学(ウクライナ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] マヒドン大学(タイ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] ベイラー大学(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] リヴィウ大学(ウクライナ)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] マヒドン大学(タイ)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Quick and Spontaneous Transformation between [3Fe_4S] and [4Fe_4S] Iron_Sulfur Clusters in the tRNA-Thiolation Enzyme TtuA.2023

    • 著者名/発表者名
      Ishizaka M, Chen M, Narai S, Tanaka Y, Ose T, Horitani M, Yao M.
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 号: 1 ページ: 833-833

    • DOI

      10.3390/ijms24010833

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A marine sponge-derived lectin reveals hidden pathway for thrombopoietin receptor activation2022

    • 著者名/発表者名
      Watari Hiromi、Kageyama Hiromu、Masubuchi Nami、Nakajima Hiroya、Onodera Kako、Focia Pamela J.、Oshiro Takumi、Matsui Takashi、Kodera Yoshio、Ogawa Tomohisa、Yokoyama Takeshi、Hirayama Makoto、Hori Kanji、Freymann Douglas M.、Imai Misa、Komatsu Norio、Araki Marito、Tanaka Yoshikazu、Sakai Ryuichi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 7262-7262

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34921-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The carbohydrate tail of landomycin A is responsible for its interaction with the repressor protein LanK2022

    • 著者名/発表者名
      Tsugita Atsushi、Uehara Shiro、Matsui Takashi、Yokoyama Takeshi、Ostash Iryna、Deneka Maksym、Yalamanchili Subbarao、Bennett Clay S.、Tanaka Yoshikazu、Ostash Bohdan
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: - 号: 19 ページ: 6038-6057

    • DOI

      10.1111/febs.16460

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] ストップコドンリードスルーの分子機構解明2022

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質立体構造解析と質量分析の融合研究2022

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヘモリシンの立体構造解析と構造情報を生かしたデザイン2022

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      分子ロボティクス研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] tRNA thiolation by TtuA-TtuB using [4Fe-4S] cluster2022

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      the 12th International Conference on the Biology, Chemistry and Therapeutic Applications of Nitric Oxide
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡単粒子解析を用いた、非結核性抗酸菌の薬剤耐性因子によるリボソーム解離機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      千足啄馬、高田希美、橋本翼、深野華子、山本健太郎、鈴木仁人、星野仁彦、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡単粒子解析による、リボソームを標的とするアミノ配糖体抗菌薬の微細構造差が生み出す阻害活性増強機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      浅野航佑、伴野詢太、鈴木仁人、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [学会発表] Crystal structure analysis of LanK complexed with landomycinA, a potent antitumor antibiotic2022

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Tsugita, Shiro Uehara, Takashi Matsui, Takeshi Yokoyama, Iryna Ostash, Maksym Deneka, Subbarao Yalamanchili, Clay S. Bennett, Bohdan Ostash, and YoshikazuTanaka
    • 学会等名
      e-Asia Joint Symposium on “Marine Biodiversity as a Source of New Chemotypes”
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] クライオ電子顕微鏡ハンドブック第4章14節 クライオ電子顕微鏡で見る、リボソームの「かたち」と「動き」2023

    • 著者名/発表者名
      伴野 詢太,田中 良和,横山 武司
    • 総ページ数
      460
    • 出版者
      NTS
    • ISBN
      9784860438043
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書

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公開日: 2021-10-22   更新日: 2023-12-25  

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