• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

データ駆動的な位相図の再構成によるゲノム様式変化の理解

公募研究

研究領域DNAの物性から理解するゲノムモダリティ
研究課題/領域番号 21H05755
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅲ)
研究機関九州大学

研究代表者

前原 一満  九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (90726431)

研究期間 (年度) 2021-09-10 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
10,400千円 (直接経費: 8,000千円、間接経費: 2,400千円)
2022年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2021年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
キーワードクロマチン / 位相図 / ヒストンバリアント / ホッジ分解
研究開始時の研究の概要

本計画は、クロマチンの位相図再構成理論の構築と実データによる検証を主軸として遂行する。とりわけ、クロマチン・フローと名付けた、時間情報の計測指標の開発に注力する。フローを産み出す背後のダイナミクスの定性的情報を代表するような「要点」を取り出し、パッチワークで繋ぎ合わせ、データ点上の流れとして擬似的モデルを作成する。さらに、クロマチンへの摂動が与える細胞・組織レベルの表現型を仮想的に評価できる位相図の構築を行う。解析対象は、マウス骨格筋組織の分化・再生モデルや、がん組織を計画している。

研究実績の概要

生命現象としての生や死、増殖、細胞分化、がん化といった質的変化は、多種多数の分子が働く真核細胞の核内に存在するクロマチンの緻密な遺伝子発現制御システムにより実現される。本計画では、ゲノムモダリティ変化を定性的に理解するための情報解析手法開発を目的とする。クロマチンの状態変化を示すクロマチン・フロー計測法を樹立し、離散的ホッジ分解を応用した複雑ダイナミクスの要約法と組み合わせることで、クロマチン状態変化の位相図を構成し、複雑なクロマチン動態の定性的理解を試みる。本年度は、クロマチンの時間変化ダイナミクスを計測するため、独自技術であるChIL-seqを発展させた単一細胞内でゲノムワイドに複数のタンパク質の局在を同時検出したデータ取得を行った。さらに、本計画の目標としていた位相図再構成のために必要な情報解析技術を確立できたため、公開データおよび独自データのデモンストレーションを加えた論文投稿を準備している。また、空間トランスクリプトーム解析技術の共同研究では論文発表を行った。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (6件) (うち招待講演 6件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with mouse tissue sections2022

    • 著者名/発表者名
      Honda Mizuki、Kimura Ryuichi、Harada Akihito、Maehara Kazumitsu、Tanaka Kaori、Ohkawa Yasuyuki、Oki Shinya
    • 雑誌名

      STAR Protocols

      巻: 3 号: 2 ページ: 101346-101346

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2022.101346

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Relayed signaling between mesenchymal progenitors and muscle stem cells ensures adaptive stem cell response to increased mechanical load.2021

    • 著者名/発表者名
      Kaneshige A, Kaji T, Zhang L, Saito H, Nakamura A, Kurosawa T, Ikemoto-Uezumi M, Tsujikawa K, Seno S, Hori M, Saito Y, Matozaki T, Maehara K, Ohkawa Y, Potente M, Watanabe S, Braun T, Uezumi A, Fukada SI.
    • 雑誌名

      Cell Stem Cell.

      巻: 29 号: 2 ページ: 265-280

    • DOI

      10.1016/j.stem.2021.11.003

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Discriminative feature of cells characterizes cell populations of interest by a small subset of genes.2021

    • 著者名/発表者名
      Fujii T, Maehara K, Fujita M, Ohkawa Y.
    • 雑誌名

      PLoS Comput Biol.

      巻: 17 号: 11 ページ: e1009579-e1009579

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009579

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Modeling population size independent tissue epigenomes by ChIL-seq with single thin sections.2021

    • 著者名/発表者名
      Maehara K, Tomimatsu K, Harada A, Tanaka K, Sato S, Fukuoka M, Okada S, Handa T, Kurumizaka H, Saitoh N, Kimura H, Ohkawa Y.
    • 雑誌名

      Mol Syst Biol.

      巻: 17

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] クロマチンのダイナミクスを明かすオミクス解析技術の開発2023

    • 著者名/発表者名
      前原一満
    • 学会等名
      千葉大学エピゲノム解析セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] データ駆動的な位相図の再構成によるゲノム様式変化の理解2022

    • 著者名/発表者名
      前原一満, 原田哲仁, 藤井健, 大川恭行
    • 学会等名
      第45回分子生物学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高感度組織エピゲノム解析手法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      前原一満, 原田哲仁, 藤井健, 大川恭行
    • 学会等名
      第81回日本癌学会学術総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 単一細胞データとホッジ分解による細胞分化を規定するベクトル場の再構築2022

    • 著者名/発表者名
      前原一満
    • 学会等名
      日本数理生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 単一細胞オミクスデータの性能評価から利活用まで2022

    • 著者名/発表者名
      前原一満
    • 学会等名
      マルチNGSオミクス解析研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 筋組織維持システムの理解に向けたオミクスデータ解析技術の開発2021

    • 著者名/発表者名
      前原一満、原田哲仁、藤井健、大川恭行
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] 九州大学 トランスクリプトミクス分野ホームページ

    • URL

      https://tx.bioreg.kyushu-u.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [備考] 単一細胞データ解析ソフトウェア - ddhodge

    • URL

      https://github.com/kazumits/ddhodge

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2021-10-22   更新日: 2023-12-25  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi