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組織スケールの細胞骨格配向が形造る3D形態形成解明のための理論研究

公募研究

研究領域素材によって変わる、『体』の建築工法
研究課題/領域番号 21H05793
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅲ)
研究機関広島大学 (2022)
大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究 (2021)

研究代表者

斉藤 稔  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (20726236)

研究期間 (年度) 2021-09-10 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2022年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2021年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワード形態形成 / 自己組織化 / トポロジカル欠陥 / 液晶 / 数理モデル / ソフトマター
研究開始時の研究の概要

多数の繊維により3次元的な「からだ」を建築する場合、繊維構造を「からだ」の表面全体に張り巡らし三次元的な構造の支えとする必要がある。この際、必ず極となるトポロジカル欠陥(地球の例では南極や北極)が存在してしまう。この様な極に応力の集中が起きることで変形が誘起され、それが三次元的な「からだ」作りの駆動力になりうるのではないか。このコンセプトを理論的に解明するために、ヒドラ切片の再生過程等を題材とし、フェイズフィールド法を用いた3D組織のモデリングと、組織表面上のネマチック液晶の連続体方程式を組み合わせ、線からなる3D形態の建築原理に迫る。

研究実績の概要

繊維を張り合わせて三次元的な構造を構築する際に、トポロジカル欠陥と呼ばれる繊維の方向を定義できない特異点がどのような役割を果たすかを理論的に考察するため以下のような研究をおこなった。まず、液晶の理論と微分幾何学を応用し、曲面上の繊維の向きを記述する理論的枠組みの構築をおこなった。このモデルにおいて、曲面の曲率に応じてトポロジカル欠陥が形成または移動する様子が確認できた。さらに変形する曲面の上でのトポロジカル欠陥が形成、移動や、トポロジカル欠陥に応力集中が起き、結果曲面が座屈する様子のシミュレーションも行った。
また、三次元構造を平面に折れ畳んだ際に、どのような皺が入るのかを記述するシミュレーションの開発などもおこなった。例えばカブトムシのツノは蛹の段階では二次元的に折れ畳まれていて、羽化するとその皺が伸びることでツノが形成される。角のような三次元構造をどのように折れたたむことができるのかが理解できれば、任意の三次元構造を皺のある二次元平面で表現・構築することが可能になり、工学応用などにつながる可能性がある。この研究は井上研究室との共同研究である。また、変形する細胞をシミュレーションする手法を開発した。この手法では従来手法(フェイズフィールド法)に比べ10~100倍の速度でシミュレーションできるため、10000細胞のシミュレーションも容易である。このモデルを用い、密な組織の挙動を調べたところ、トポロジカル欠陥によって現れる新規の集団挙動を発見した。この研究を論文化し現在投稿中である(プレプリント Saito & Ishihara 2023)。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Intercellular exchange of Wnt ligands reduces cell population heterogeneity during embryogenesis2023

    • 著者名/発表者名
      Yudai Hatakeyama, Nen Saito, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Takuma Shinozuka, Tatsuya Takemoto, Naoki Honda & Shinji Takada
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 1-16

    • DOI

      10.1038/s41467-023-37350-x

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 細胞運動動態の機械学習解析と数理モデリング2023

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔
    • 学会等名
      理論免疫ワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Evolutionary mechanism of bow-tie architecture2023

    • 著者名/発表者名
      Thoma Itoh, Kazuhiro Aoki, Yohei Kondo, Nen Saito
    • 学会等名
      winter q-bio meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] マクロピノサイトーシス動態の 3D 数理モデリング2022

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔
    • 学会等名
      数理生物学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 変分オートエンコーダを用いた下顎骨形態の定量化2022

    • 著者名/発表者名
      Masato Tsutsumi, Nen Saito, Daisuke Koyabu, Chikara Furusawa
    • 学会等名
      生物物理学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 接着力を取り入れたアクティブブラウン粒子モデルによる細胞集団運動のモデル化2022

    • 著者名/発表者名
      Sota Shimamura , Nen Saito , Shuji Ishihara
    • 学会等名
      生物物理学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] アクティブ変形細胞モデルに現れる細胞形状転移現象2022

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔
    • 学会等名
      定量生物学の会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2021-10-22   更新日: 2023-12-25  

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