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In-cell NMRによる生細胞内蛋白質分子動態の解析

公募研究

研究領域分子高次系機能解明のための分子科学―先端計測法の開拓による素過程的理解
研究課題/領域番号 22018022
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関首都大学東京

研究代表者

伊藤 隆  首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (80261147)

研究分担者 三島 正規  首都大学東京, 大学院・理工学研究科, 准教授 (70346310)
研究期間 (年度) 2010 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
4,000千円 (直接経費: 4,000千円)
2011年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
2010年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
キーワードin-cell NMR / 蛋白質 / 高次構造 / ダイナミクス / 大腸菌 / NMR / 緩和速度解析 / 細胞内環境
研究概要

本研究は,細胞内環境が蛋白質分子の物性や動態に及ぼす影響を調べるための,in-cell NMR法を用いた新しい解析手法の開発と応用に関する研究を行うことを目的とする.細胞内は試験管内の環境とは著しく異なっているため,蛋白質のメカニズムの理解のためには,細胞内環境における立体構造や分子動態を解析する必要がある.In-cell NMRは,生細胞内の蛋白質の物性や動態を原子分解能で解析できる現在唯一の手法であるが,手法として不十分な点も多い.
H22年度は,「生細胞中の蛋白質の高次構造解析法」の研究として,NMR測定法,データ処理法などの要素技術にさらなる改良を加えて,大腸菌内濃度が前例の1110程度(~0.5mM)の連鎖球菌protein G B1ドメインを用いて立体構造解析を行った.その結果,最終構造の主鎖原子位置のRMSDが0.5Aと,前例よりもさらに高分解能な立体構造の決定に成功した.
また,真核細胞中でのin-cell NMRを用いた蛋白質の立体構造解析を目指して,昆虫培養細胞sf9中でGB1蛋白質を発現させ,測定を行うことで非常に良好なin-cell NMRスペクトルを得ることにも成功した.
さらに,「生細胞中の蛋白質のダイナミクスの解析」として,高度好熱菌TTHA1718について,大腸菌細胞内試料の^<15>N核のrelaxation dispersion実験とTROSY selected spin-echo実験によるダイナミクス解析を試みた.その結果,大腸菌細胞内のTTHA1718の回転相関時間は約20nsであるが,Rex(線幅に対する化学交換の寄与)は予想に反して非常に小さいことがわかった.

報告書

(1件)
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Exclusively NOESY-based automated NMR assignment and structure determination of proteins2011

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya, (他7名)
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: (in press)

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] NMR protein structure determination in living E.coli cells using nonlinear sampling2010

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya, (他15名)
    • 雑誌名

      Nature Protocols

      巻: 5 ページ: 1051-1060

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cellular structural biology2010

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito, (他1名)
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 20 ページ: 640-648

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] In-cell NMR studies of protein structure and dynamics inside living cells2010

    • 著者名/発表者名
      伊藤隆
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2010-09-30
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Structure and dynamics of proteins at work inside cells2010

    • 著者名/発表者名
      伊藤隆
    • 学会等名
      XXIVth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • 発表場所
      ケアンズ,オーストラリア
    • 年月日
      2010-08-24
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 広がるNMRの世界-40人の研究者からの熱いメッセージ-2010

    • 著者名/発表者名
      伊藤隆(分担執筆)
    • 総ページ数
      192
    • 出版者
      コロナ社
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2018-03-28  

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