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1分子計測技術を用いたシャペロニンおよびリボソームの機能・相互作用解析

公募研究

研究領域タンパク質社会の研究の総合的推進
研究課題/領域番号 22020006
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

飯塚 怜  東京大学, 大学院・薬学系研究科, 助教 (90541954)

研究期間 (年度) 2010 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
4,800千円 (直接経費: 4,800千円)
2011年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2010年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
キーワードシャペロニン / リボソーム / 1分子蛍光イメージング / 光ピンセット / 翻訳アレスト
研究概要

1.シャペロニンGroELの機能・相互作用解析
当初の計画を変更し,フットボール型GroEL-GroES複合体の両側のリングでGFPがフォールディングする様子をリアルタイムにイメージングすることを試みた.変性GFPを捕捉したGroEL D398A変異体をガラス基板上に固定し,GroESおよびcaged ArPを添加した.紫外光照射によりArPを生成させたところ,両側のリングにGFPの蛍光が出現する様子が観察された.紫外光照射からGFPの蛍光が出現するまでの時間を解析したところ,GFPのフォールディングは2段階の反応を経て進行し,そのキネティクスは弾丸型複合体内で起こる反応と全く同じであることが分かった.
2.リボソームの機能・相互作用解析
(1)翻訳開始段階の1分子力学測定
昨年度までに1分子破断力測定により,30Sサブユニット-mRNA-開始tRNA複合体に開始因子2(IF2)および50Sサブユニットを共存させると,30Sサブユニット-mRNA間相互作用が安定化することを見出した.本年度はこの分子基盤を探り,IF2が開始tRNAおよび50Sサブユニットと協同で30Sサブユニット-mRNA間相互作用を安定化することを突き止めた.以上の成果をまとめ,米国科学アカデミー紀要に発表した.
(2)翻訳アレスト段階の1分子力学測定
無細胞タンパク質翻訳系でC末端にSecMのアレスト配列を有するHaloTagタンパク質を合成し,リボソーム-SecMアレスト配列間の相互作用の破断力測定を行った,その結果破断力は,平均20pNであった.またアレスト配列・終止コドンを持たないコンストラクトについて同様の実験を行ったところ,破断力は平均22pNとなった.以上の結果から,SecMの翻訳アレストは20pNよりも弱い力で解除されることが示唆された.現在,新たな実験系での測定を試みている.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

「シャペロニンGroELの機能・相互作用解析」および「翻訳開始段階の1分子力学測定」については,ほぼ計画通りに研究を遂行することができ,当初の目標を達成することができた.その成果は,米国生化学分子生物学会誌および米国科学アカデミー紀要に掲載された.「翻訳アレスト段階の1分子力学測定」については,当初想定していた実験系では測定が難しいことが判明し,現在新たな実験系での測定を試みている.

今後の研究の推進方策

当初計画に盛り込んでいなかったが,「シャペロニンGroELの機能・相互作用解析」において,フットボール型複合体の両側のリングで起こる基質タンパク質のフォールディングをリアルタイムに観察することに成功した.今後は,この研究成果をさらに発展させていきたい.また,ポリマー製ナノホールアレイデバイスを用いた新たな1分子イメージング法を開発した.加えて,フェムトリットル体積の溶液チャンバー内で酵素1分子の活性を測定することに成功した.これらの手法を,GroELの機能・相互作用解析に応用していきたいと考えている.
「翻訳アレスト段階の1分子力学測定」については,リボソーム複合体に一定の負荷を与えながら翻訳アレストの解除に要する時間の測定を試みている.今後も引き続き,この研究に取り組んでいきたい.

報告書

(2件)
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (29件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Initiation factor 2 and 50S cooperate to lock mRNAs on the ribosomeduring initiation2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Masuda, Alexyey N. Petrov, Ryo Iizuka, Takashi Funatsu, Joseph D. Puglisi, and Sotaro Uemura
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 109(13) 号: 13 ページ: 4881-4885

    • DOI

      10.1073/pnas.1118452109

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Kinetic study of denovo chromophore maturation offluorescent proteins2011

    • 著者名/発表者名
      Ryo Iizuka, Mai Yamagishi-Shirasaki, and Takashi Funatsu
    • 雑誌名

      Anal. Biochem

      巻: 414 号: 2 ページ: 73-178

    • DOI

      10.1016/j.ab.2011.03.036

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-moleculefluorescence polarization study ofconformational change in archaeal group II chaperonin2011

    • 著者名/発表者名
      Ryo Iizuka, Taro Ueno, Nobuhiro Morone, and Takashi Funatsu
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 6 号: 7 ページ: e22253-e22253

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0022253

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Microfluidic active sorting of DNA molecules labeled with single quantum dots using flow switching by a hydrogel sol-gel transition2011

    • 著者名/発表者名
      Mai Haneoka
    • 雑誌名

      Sensors and Actuators B : Chemical

      巻: 159 号: 1 ページ: 314-320

    • DOI

      10.1016/j.snb.2011.06.043

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Damage-free fabrication of perfluoropolymer microaperture array device for single-molecule imaging2011

    • 著者名/発表者名
      Takao Ono
    • 雑誌名

      Transactions of the Materials Research Society of Japan

      巻: 36 ページ: 553-556

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-molecule study on the decay process of the football-shaped GroEL-GroES complex using zero-mode waveguides2010

    • 著者名/発表者名
      Sameshima, T., Iizuka, R., et al.
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 285 ページ: 23159-23164

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ポリマー製ナノホールアレイデバイスを用いた光の回折限界を越えた1分子イメージング2012

    • 著者名/発表者名
      小野尭生
    • 学会等名
      2012年春季第59回応用物理学関係連合講演会
    • 発表場所
      早稲田大学早稲田キャンパス
    • 年月日
      2012-03-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ポリマー製ナノホールアレイデバイスを用いた局所照明による1分子イメージング2012

    • 著者名/発表者名
      小野尭生
    • 学会等名
      バイオ・マイクロシステム研究会
    • 発表場所
      東京医科歯科大学駿河台キャンパス
    • 年月日
      2012-03-14
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] DEVELOPMENT OF MICROCHAMBER ARRAY CHIP-BASED ASSAY SYSTEM FOR β-GLUCOSIDASE ACTIVITY2012

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Tahara
    • 学会等名
      Biophysical Society 56^<th> Annual Meeting
    • 発表場所
      San Diego Convention Center, San Diego, USA
    • 年月日
      2012-02-26
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 1分子イメージングのためのポリマー製ナノホールを用いた局所照明デバイス2011

    • 著者名/発表者名
      小野尭生
    • 学会等名
      第21回日本MRS学術シンポジウム
    • 発表場所
      横浜市開港記念会館
    • 年月日
      2011-12-20
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] マイクロ流路デバイスを用いて作製した油中水滴型エマルジョン内でのタンパク質合成2011

    • 著者名/発表者名
      谷垣保幸
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2011-12-13
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] リボソーム30Sサブユニット-mRNA間相互作用の1分子顕微解析2011

    • 著者名/発表者名
      飯塚怜
    • 学会等名
      2011年度特定領域「タンパク質の社会」全体班会議
    • 発表場所
      別府湾ロイヤルホテル
    • 年月日
      2011-11-21
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 新生蛍光タンパク質の発色団形成反応の速度論解析2011

    • 著者名/発表者名
      飯塚怜
    • 学会等名
      第三回「光塾」
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス
    • 年月日
      2011-10-21
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] CONTROLLABLE THREE-DIMENSIONAL SHEATH FLOW WITH A WIDE RANGE REYNOLDS NUMBER AND ITS APPLICATION FOR EFFICIENT CELL SORTING2011

    • 著者名/発表者名
      Rui Sekine
    • 学会等名
      The 15^<th> International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (μTAS 2011)
    • 発表場所
      Washington State Convention Center, Seattle, USA
    • 年月日
      2011-10-05
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] MICROFLUIDIC ACTIVE SORTING OF DNA MOLECULES LABELED WITH SINGLE QUANTUM DOTS USING FLOW SWITCHING BY A HYDROGEL SOL-GEL TRANSITION2011

    • 著者名/発表者名
      Mai Haneoka
    • 学会等名
      The 15^<th> International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (μTAS 2011)
    • 発表場所
      Washington State Convention Center, Seattle, USA
    • 年月日
      2011-10-05
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] NANOFABRICATION OF POLYMERIC APERTURE ARRAY FOR LOCALIZED ILLUMINATION BEYOND DIFFRACTION LIMIT2011

    • 著者名/発表者名
      Takao Ono
    • 学会等名
      The 15^<th> International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (μTAS 2011)
    • 発表場所
      Washington State Convention Center, Seattle, USA
    • 年月日
      2011-10-05
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Development and Evaluation of Local Illumination Device beyond Diffraction Limit using Polymeric Nanohole Array2011

    • 著者名/発表者名
      Takao Ono
    • 学会等名
      2011 International Conference on Solid State Devices and Materials (SSDM 2011)
    • 発表場所
      愛知県産業労働セシター
    • 年月日
      2011-09-28
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Development of effective on-chip cell sorting system for mammalian G-protein coupled receptor ligand screening2011

    • 著者名/発表者名
      Takashi Sakurai
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学姫路書写キャンパス
    • 年月日
      2011-09-18
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Development of microchamber chip-based assay system for β-glucosidase activity2011

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Tahara
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学姫路書写キャンパス
    • 年月日
      2011-09-18
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Kinetic analysis of the de novo chromophore maturation of fluorescent proteins2011

    • 著者名/発表者名
      Ryo Iizuka
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学姫路書写キャンパス
    • 年月日
      2011-09-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 高機能β-グルコシダーゼをスクリーニングするための高感度酵素活性定量法の開発2011

    • 著者名/発表者名
      田原健太朗
    • 学会等名
      第9回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム(PPF2011)
    • 発表場所
      ホテル箱根アカデミー神奈川県
    • 年月日
      2011-09-13
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Gタンパク質共役受容体に対するペプチドリガンド探索を目指した高感度オンチップセルソーターの開発2011

    • 著者名/発表者名
      櫻井貴志
    • 学会等名
      第9回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム(PPF2011)
    • 発表場所
      ホテル箱根アカデミー神奈川県
    • 年月日
      2011-09-12
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] リボソーム30Sサブユニット-mRNA間相互作用の1分子顕微解析2011

    • 著者名/発表者名
      飯塚怜
    • 学会等名
      特定領域研究「タンパク質の社会」第4回若手ワークショップ
    • 発表場所
      アクティプラザ琵琶、滋賀県
    • 年月日
      2011-09-01
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 透明フッ素ポリマーのナノ加工による回折限界を越えた局所照明デバイスの開発2011

    • 著者名/発表者名
      小野尭生
    • 学会等名
      2011年秋季第72回応用物理学会学術講演会
    • 発表場所
      山形大学小白川キャンパス
    • 年月日
      2011-09-01
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 新生蛍光タンパク質の発色団形成反応の速度論的解析2011

    • 著者名/発表者名
      飯塚怜
    • 学会等名
      第11回東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス
    • 年月日
      2011-06-04
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] KINETIC STUDY OF DE NOVO CHROMOPHORE MATURATION OF FLUORESCENT PROTEINS2011

    • 著者名/発表者名
      Iizuka, R., et al.
    • 学会等名
      Biophysical Society 55^<th> Annual Meeting
    • 発表場所
      Baltimore, USA
    • 年月日
      2011-03-08
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 透明フッ素ポリマーを用いたナノ開口アレイと全反射照明による1分子イメージングデバイスの開発2011

    • 著者名/発表者名
      小野尭生
    • 学会等名
      第三回「光塾」
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] シャペロニン機能およびタンパク質誕生の可視化2010

    • 著者名/発表者名
      飯塚怜
    • 学会等名
      第二回「光塾」
    • 発表場所
      大阪大学吹田キャンパス(大阪)
    • 年月日
      2010-12-12
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Kinetic study on the de novo chromophore formation of fluorescent proteins2010

    • 著者名/発表者名
      Iizuka, R., Funatsu, T.
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学川内キャンパス(仙台)
    • 年月日
      2010-09-21
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Asymmetric interaction between 30S ribosomal subunit and mRNA in translation initiation2010

    • 著者名/発表者名
      Tachibana, M., Masuda, T., Iizuka, R., et al.
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学川内キャンパス(仙台)
    • 年月日
      2010-09-21
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Analysis of the dissociation process of chaperonin GroEL/ES complex using a single ring mutant2010

    • 著者名/発表者名
      Ueno, T., Abe, T., Sameshima, T, Iizuka, R., et al.
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学川内キャンパス(仙台)
    • 年月日
      2010-09-21
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] A single-molecule study of the decay process of the football-shaped GroEL-GroES complex2010

    • 著者名/発表者名
      Iizuka, R., et al.
    • 学会等名
      The 3^<rd> International Symposium on Protein Community
    • 発表場所
      ホテル日航奈良(奈良)
    • 年月日
      2010-09-13
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] DENATURED PROTEINS FACILITATE THE FOOTBALL-SHAPED GROEL-GROES COMPLEX2010

    • 著者名/発表者名
      Sameshima, T., Iizuka, R., et al.
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Molecular chaperones and the Heat Shock Response
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor, USA
    • 年月日
      2010-05-05
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] SINGLE-MOLECULE CHARACTERIZATION OF THE FOOTBALL-SHAPED GROEL-GROES COMPLEX USING ZERO-MODE WAVEGUIDES2010

    • 著者名/発表者名
      Iizuka, R., et al.
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Molecular chaperones and the Heat Shock Response
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor, USA
    • 年月日
      2010-05-05
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 新生蛍光タンパク質の発色団形成反応の速度論的解析2010

    • 著者名/発表者名
      飯塚怜, 船津高志
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(神戸)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] Single Molecule Enzymology : Methods and Protocols2011

    • 著者名/発表者名
      Ryo Iizuka
    • 出版者
      Humana Press
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] 医薬理工の異分野融合研究から見えた ナノバイオの未来2010

    • 著者名/発表者名
      飯塚怜
    • 総ページ数
      152
    • 出版者
      X-Knowledge
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.f.u-tokyo.ac.jp/~funatsu/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

URL: 

公開日: 2010-08-23   更新日: 2018-03-28  

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