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全能性消失時における新規エンハンサー作用機序の統合的理解

公募研究

研究領域全能性プログラム:デコーディングからデザインへ
研究課題/領域番号 22H04665
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

深谷 雄志  東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授 (00786163)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
8,840千円 (直接経費: 6,800千円、間接経費: 2,040千円)
2023年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2022年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
キーワードエンハンサー / 転写因子 / 初期胚発生 / 転写 / ショウジョウバエ / 初期発生 / ゲノム構造
研究開始時の研究の概要

受精卵の全能性消失過程では母性因子に依存した遺伝子発現プログラムから、胚性ゲノムによって駆動される遺伝子発現プログラムへの大規模転換が起こる。全能性消失時の転写制御において中心的な役割を果たすのは、エンハンサーと呼ばれるゲノム中の調節領域である。しかし、エンハンサーがどのように標的遺伝子を転写活性化しているのかという問いは未解明である。本研究では、転写ライブイメージングやゲノム編集に加え、Micro-Cなどのオミクス解析や、新規デグロンシステムを用いたゲノム制御技術を組み合わせることにより、転写制御における高次ゲノム機能の全体像を解明し、全能性デザインに向けた基盤的知見を創出することを目指す。

研究実績の概要

ショウジョウバエ初期胚の全能性消失過程における、エンハンサー作用メカニズムについて、転写ライブイメージングや定量画像解析、ゲノム編集を駆使した解析を行った。人工的に設計したレポーター遺伝子を用いた解析をより詳細に行った結果、転写活性化時にエンハンサー上において、転写因子の濃度が局所的かつ一過的に上昇する新たな現象を明らかにすることに成功した。転写因子が形成する分子集合体は200-300nm程の直径であった。このことから、遠位に存在するエンハンサーが、標的遺伝子のプロモーターと物理的な直接相互を介さずに、転写を活性化できるという新たな可能性が示唆された。また、転写因子の持つ天然変性領域は、転写因子の濃度の上昇に寄与し、転写バースト誘導効率を正に制御していることが明らかとなった。次に今回明らかとなったメカニズムの生理的機能を解析するために、ゲノム編集を用いて内在の転写因子Bicoidのもつ天然変性領域に対して人為的な改変を導入した変異ショウジョウバエ系統を新たに作出した。Bicoidの標的遺伝子であるhunchback遺伝子の活性を転写ライブイメージングにより解析したところ、天然変性領域の異常伸長にともなって、hunchback遺伝子からの転写バースト誘導効率が異常に亢進していることが明らかとなった。さらに、詳細な表現型解析を行ったところ、天然変性領域の異常伸長に伴う転写プログラムの異常は、ショウジョウバエの体節構造の形成に顕著な異常を引き起こすことが明らかとなった。以上の成果は、全能性消失過程における転写制御の基本原理を理解する上で、重要な知見となるものである。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 6件、 招待講演 8件)

  • [雑誌論文] Regulatory landscape of enhancer-mediated transcriptional activation2024

    • 著者名/発表者名
      Kawasaki Koji、Fukaya Takashi
    • 雑誌名

      Trends in Cell Biology

      巻: - 号: 10 ページ: 826-837

    • DOI

      10.1016/j.tcb.2024.01.008

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enhancer dynamics: Unraveling the mechanism of transcriptional bursting2023

    • 著者名/発表者名
      Fukaya Takashi
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 9 号: 31

    • DOI

      10.1126/sciadv.adj3366

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Functional coordination between transcription factor clustering and gene activity2023

    • 著者名/発表者名
      Kawasaki Koji、Fukaya Takashi
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 83 号: 10 ページ: 1605-1622.e9

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2023.04.018

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic interplay between non-coding enhancer transcription and gene activity in development2023

    • 著者名/発表者名
      Hamamoto Kota、Umemura Yusuke、Makino Shiho、Fukaya Takashi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 826-826

    • DOI

      10.1038/s41467-023-36485-1

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mod(mdg4) variants repress telomeric retrotransposon HeT-A by blocking subtelomeric enhancers2022

    • 著者名/発表者名
      Chikara Takeuchi, Moe Yokoshi, Shu Kondo, Aoi Shibuya, Kuniaki Saito, Takashi Fukaya, Haruhiko Siomi, Yuka W Iwasaki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 50 号: 20 ページ: 11580-11599

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1034

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ハブの形成を介した転写バースト制御2024

    • 著者名/発表者名
      深谷雄志
    • 学会等名
      ABiSシンポジウム「イメージングデータ解析が拓く生命科学の新時代」
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Enhancer dynamics in living embryos2023

    • 著者名/発表者名
      深谷雄志
    • 学会等名
      Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Enhancer dynamics in living embryos2023

    • 著者名/発表者名
      深谷雄志
    • 学会等名
      RIKEN Symposium "Architecture and Function of Biological Assemblies"
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Visualization of transcription hubs in living Drosophila embryos2023

    • 著者名/発表者名
      深谷雄志
    • 学会等名
      CSHL meeting Mechanisms of Eukaryotic Transcription
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Visualization of transcription hubs in living Drosophila embryos2023

    • 著者名/発表者名
      深谷雄志
    • 学会等名
      International conference on biological physics
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 相分離した生体分子が織りなす巧みな遺伝子発現制御2023

    • 著者名/発表者名
      深谷雄志
    • 学会等名
      CSJ化学フェスタ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Enhancer dynamics in living embryos2023

    • 著者名/発表者名
      深谷雄志
    • 学会等名
      UTokyo-KI LINK Kick Off Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Visualization of transcription hubs in living Drosophila embryos2023

    • 著者名/発表者名
      深谷雄志
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on REPLICATION of Non-Genome
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamics of transcription hubs in living Drosophila embryos2023

    • 著者名/発表者名
      深谷雄志
    • 学会等名
      The 3rd NINS-Princeton Joint Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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