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姉妹染色分体間の非ゲノム情報複製と転写動態の連関性解明

公募研究

研究領域多様かつ堅牢な細胞形質を支える非ゲノム情報複製機構
研究課題/領域番号 22H04694
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関九州大学

研究代表者

落合 博  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (60640753)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
2023年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
キーワード転写 / エピゲノム / 姉妹染色分体 / 細胞分裂 / ゲノムDNA / DNA複製 / ライブイメージング / 多能性幹細胞
研究開始時の研究の概要

DNA-FISH等から、姉妹染色分体上の特定遺伝子ペアはS/G2期において、明確に離れて存在することが観察されるが、空間的に分離している間期の姉妹染色分体間で非ゲノム情報がゲノムDNAと共に正確に複製・維持されるのか、ゲノムDNA複製後に情報が変化し得るのかについては、不明な点が多い。本研究では、ゲノムDNA複製後の姉妹染色分体間での転写動態を単一遺伝子イメージングにより定量的に解析し、非ゲノム情報複製と姉妹染色分体間の転写動態の連関性の解明を目指す。

研究実績の概要

細胞は細胞分裂前にゲノムDNAを複製し、姉妹染色分体を生じる。DNA-FISH等から、姉妹染色分体上の特定遺伝子ペアはS/G2期において、明確に離れて存在することが観察される。一方、修飾ヒストンがほぼ対称的に両方の姉妹染色分体に受け渡されることから、姉妹染色分体間では非ゲノム情報が同等に分配・維持され、娘細胞において同様の遺伝子発現プログラムが実行されると考えられる。しかし、間期姉妹染色分体における1アレルレベルの非ゲノム情報複製・維持機構は技術的な課題により、不明なままである。まず、姉妹染色分体はDNA配列が同一なため、次世代シーケンサーなどを利用した解析では区別できない。また、DNAや転写活性はDNA/RNA-FISHで観察可能だが、細胞の固定が必要なため、同一細胞における細胞分裂前後の関係性の確認など、動的な変化を調べることはできない。
本研究では、ゲノムDNA複製後の姉妹染色分体間での転写動態を単一遺伝子イメージングにより定量的に解析し、姉妹染色分体間での遺伝子発現動態の同期率を定量的に調べ、その同期率と非ゲノム情報関連因子の細胞核内局在を調べた。また、姉妹染色分体間での転写同期率や非ゲノム情報関連因子の細胞核内局在が細胞分裂前後でどの程度相関があるのかを調べた。また、分化誘導条件下において、姉妹染色分体間での転写同期率がどの程度影響を受けるのか、定量的に調べた。この結果、非ゲノム情報複製と姉妹染色分体間の転写動態の連関性に関する知見を得た。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 オープンアクセス 3件、 査読あり 2件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 10件、 招待講演 20件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Transcription-coupled changes in higher-order genomic structure and transcription hub viscosity prolong enhancer-promoter connectivity2023

    • 著者名/発表者名
      Ohishi Hiroaki、Shinkai Soya、Owada Hitoshi、Fujii Takeru、Hosoda Kazufumi、Onami Shuichi、Yamamoto Takashi、Ohkawa Yasuyuki、Ochiai Hiroshi
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: - ページ: 568629-568629

    • DOI

      10.1101/2023.11.27.568629

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging capturing specific cell state2023

    • 著者名/発表者名
      Tomimatsu Kosuke、Fujii Takeru、Bise Ryoma、Hosoda Kazufumi、Taniguchi Yosuke、Ochiai Hiroshi、Ohishi Hiroaki、Ando Kanta、Minami Ryoma、Tanaka Kaori、Tachibana Taro、Mori Seiichi、Harada Akihito、Maehara Kazumitsu、Nagasaki Masao、Uchida Seiichi、Kimura Hiroshi、Narita Masashi、Ohkawa Yasuyuki
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2023.10.17.561810

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity2022

    • 著者名/発表者名
      Ohishi Hiroaki、Shimada Seiru、Uchino Satoshi、Li Jieru、Sato Yuko、Shintani Manabu、Owada Hitoshi、Ohkawa Yasuyuki、Pertsinidis Alexandros、Yamamoto Takashi、Kimura Hiroshi、Ochiai Hiroshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 7672-7672

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35286-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 空間オミクス技術で切り開く生命現象の高深度理解2024

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      2024医療・健康ユニットシンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子発現における転写バースト ~細胞レベルでの影響と制御機構~2024

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      第1回WS「未踏探索における個性と集団の役割」
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Unveiling transcriptional dynamics in pluripotent stem cells through imaging analysis2024

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ochiai
    • 学会等名
      RIKEN IMS Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Regulation of gene expression dynamics in pluripotent stem cells revealed by imaging analysis2024

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ochiai
    • 学会等名
      RIKEN BDR Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Multimodal chromatin tracing法による転写動態に伴う高次ゲノム構造変化の解明2023

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      第46回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 転写バーストサイクル過程で変化する高次ゲノム構造2023

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Unveiling the dynamics of transcriptional regulation through spatial multimodal molecular imaging2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ochiai
    • 学会等名
      第18回生命医科学研究所ネットワーク国際シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 高次ゲノム構造とタンパク質凝集体形成による転写動態制御2023

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      令和5年遺伝研究会 クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 単一遺伝子イメージングによって明らかにする転写動態制御2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ochiai
    • 学会等名
      第82回日本癌学会学術総会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Chromatin structure and transcriptional dynamics: insights from chromatin tracing2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ochiai
    • 学会等名
      UBC Genomics and Genome Engineering Workshop
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生細胞単一遺伝子イメージングによる転写動態のエピジェネティック制御機構の解明2023

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      第16回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Higher-order genomic structure changes during the transcriptional bursting2023

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      第3回 Hi-C 研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マウス多能性幹細胞における転写動態制御機構の解明2023

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      第4回ゲノム生物物理学セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Localization of transcriptional regulator condensates in transcriptional bursting revealed by STREAMING-tag system2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ochiai
    • 学会等名
      Cretan RNA Salon Seminar Series
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子発現動態の定量的理解2022

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      定量生物学の会 第十回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Transcriptional dynamics regulated by non-genomic codes2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ochiai
    • 学会等名
      The 1st International Symposium on REPLICATION of NON GENOME
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 単一遺伝子イメージングから解き明かす転写活性依存的な転写制御因子凝集体の形成2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ochiai
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Revealing regulatory mechanisms of transcriptional dynamics by single-gene imaging system2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ochiai
    • 学会等名
      Single Molecule & Chromatin meeting 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 高次ゲノム構造と転写の動態2022

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      令和4年遺伝研究会 クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高次ゲノム構造と転写ダイナミクス2022

    • 著者名/発表者名
      落合 博
    • 学会等名
      一般財団法人 染色体学会 第73 回(2022 年度)年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] 九州大学・生医研・高深度オミクス・遺伝子発現動態学

    • URL

      https://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/labo/ged/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
  • [備考] Researchmap

    • URL

      https://researchmap.jp/HiroshiOchiai

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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