| 研究領域 | 細胞システムの自律周期とその変調が駆動する植物の発生 |
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| 研究課題/領域番号 |
22H04727
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 九州大学 |
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研究代表者 |
野下 浩司 九州大学, 理学研究院, 助教 (10758494)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
2023年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2022年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
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| キーワード | 形態測定学 / 植物フェノタイピング / 機械学習 / 画像解析 / 数理モデル |
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| 研究開始時の研究の概要 |
植物の３次元的な形態は機能や適応度に結びつく重要な形質であるため，植物体の３次元形態の定量化や機能性評価は幅広い分野において重要な課題の一つといえる．植物個体の３次元形態は複数の器官が空間的周期性をもちつつ階層的に組み合わさった複雑な形質であり，そのフェノーム（表現型の総体）を過不足なく得ることは難しい．本研究では，器官形態計測手法の開発と階層性をつなぐ数理モデルの提案を通し，植物器官の３次元空間における植物個体の「かたち」の多様性の統合的理解を目指す．
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| 研究実績の概要 |
植物器官の3次元空間における周期的出現パタンとその変調が生み出す植物個体の「かたち」の多様性の統合的理解を目指し，３次元的な器官の配置，サイズ，形状の定量化と，その統合による「かたち」の評価方法の開発に取り組んだ．
植物個体の３次元的「かたち」の例として，昨年度に引き続きダイズを対象に３次元データの蓄積を進めた．簡易的な写真測量スタジオを用いた多視点画像の取得，得られた多視点画像に対するアノテーション，アノテーションデータを利用したマスク画像生成とそのための機械学習モデルの作成をおこない，Structure from Motion（SfM）とmulti-view stereo（MVS）による点ベースの３次元再構築により点群データを取得した．これら多視点画像データ，アノテーションデータ，点群データを合わせて蓄積している．現在これらのデータの公開準備をおこなっている．
また，複数器官からなる構造の定量化のために三次元空間中に植物の解剖学的な情報をマッピングする手法の開発を進めた．具体的には，二次元画像の解析と三次元再構築を組み合わせた葉縁再構築手法の開発，マスク画像を利用したSfM/MVSパイプラインの最適化，に取り組んだ．マスク画像を利用したSfM/MVSパイプラインの最適化では，深層学習によるマスク画像の作成，SfM/MVSの際のマスク画像の設定タイミング，特定の形質値を推定するための形態モデルの種類についての定量的な比較をおこない，ダイズ個体を対象とした計測における最適なシナリオを提案した．
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| 現在までの達成度 (段落) |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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