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ハイブリッド自由エネルギー最適化法によるタンパク質機能活性化の理論的解明

公募研究

研究領域高速分子動画法によるタンパク質非平衡状態構造解析と分子制御への応用
研究課題/領域番号 22H04748
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関京都大学

研究代表者

林 重彦  京都大学, 理学研究科, 教授 (70402758)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
2023年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワード分子シミュレーション / ハイブリッド法 / イクオリン / 発光タンパク質 / 光受容体輸送体 / 光受容イオン輸送体
研究開始時の研究の概要

多くのタンパク質では、化学反応活性部位における精緻な酵素反応や光化学反応が、遠位のリガンド・タンパク質結合部位と大規模なタンパク質構造変化を通して相関することにより、顕著な分子機能が発現する。本研究では、それらの化学反応とタンパク質ダイナミクスの相関の記述を可能にするハイブリッド自由エネルギー構造最適化法を用いて、TR-SFX 実験と共同でイクオリン発光タンパク質の発光制御機構の理論的解明を行う。また、光遺伝学で用いられている光駆動アニオンポンプであるハロロドプシンの光活性化過程の構造変化に関しても、イオン移動の自由エネルギープロファイル解析を行い、イオン能動輸送の分子機構を解明する。

研究実績の概要

多くのタンパク質では、化学反応活性部位における精緻な酵素反応や光化学反応が、遠位のリガンド・タンパク質結合部位と大規模なタンパク質構造変化を通して相関することにより、顕著な分子機能が発現する。
本研究では、まずQM/MM RWFE-SCF 法を用いて、本研究領域の中津らによりTR-SFX 実験が進められている、イクオリン発光タンパク質の発光制御機構の解明を行った。これまでの計算で得られているイクオリンの resting 状態の自由エネルギー最適化構造と、中津らにより得られたカルシウムイオン結合構造に基づき、カルシウムイオン結合に伴う構造変化を MD シミュレーションにより明らかにした。その結果、タンパク質の大きな構造変化と、それに伴うイクオリン結合部位への水分子の侵入を観測した。また、その水分子の侵入により推定されるイクオリン分子内プロトン移動後の中間状態に対して、QM/MM RWFE-SCF 自由エネルギー構造最適化計算を行ったところ、化学発光前駆体であるジオキセタノン中間状態の自発的な生成を観測した。このジオキセタノン中間体の線形応答自由エネルギーは、非常に低く、エネルギー的に生成が可能であることを見出した。
また、NpHR のアニオンポンプ光活性化状態における、光活性化状態の構造モデリングを QM/MM RWFE-SCF 法を用いて行った。その結果、チャネル内のアルギニン側鎖が顕著に動き、C ヘリックスが屈曲し細胞内領域へのチャネルが開いた中間状態が得られた。その構造に対して、塩素イオン透過の自由エネルギープロファイルをアンブレラサンプリング法により計算した。その結果、その中間状態では、細胞内側のイオン結合部位へのイオン透過が可能となる自由エネルギープロファイルとなっていることを明らかにした。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 5件、 招待講演 3件)

  • [国際共同研究] Northwestern University(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Unique Vibrational Characteristics and Structures of the Photoexcited Retinal Chromophore in Ion-Pumping Rhodopsins2023

    • 著者名/発表者名
      Li Zixuan、Mizuno Misao、Ejiri Tomo、Hayashi Shigehiko、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 46 ページ: 9873-9886

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c02146

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Liquid Structures and Diffusion Dynamics of Alkyl?Pyrene Liquids Studied by Molecular Dynamics Simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Yuki、Lu Fengniu、Nakanishi Takashi、Hayashi Shigehiko
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 21 ページ: 4870-4885

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c08385

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cryo-EM structures of thermostabilized prestin provide mechanistic insights underlying outer hair cell electromotility2022

    • 著者名/発表者名
      Futamata Haon、Fukuda Masahiro、Umeda Rie、Yamashita Keitaro、Tomita Atsuhiro、Takahashi Satoe、Shikakura Takafumi、Hayashi Shigehiko、Kusakizako Tsukasa、Nishizawa Tomohiro、Homma Kazuaki、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 6208-6208

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34017-x

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Atomistically deciphering functional processes of transporter proteins with molecular simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      Telluride Science Research Center Workshop on “Protein Dynamics”
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Atomistically deciphering functional activation processes of photoreceptor proteins with hybrid molecular simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Theoretical study on free energy profile of chloride ion and ion conducting pathway of natural anion channelrhodopsin GtACR12023

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Shikakura, Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on the luminescent reaction process of bioluminescent protein Aequorin2023

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Ando, Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on an enzymatic reaction of the hammerhead ribozyme2023

    • 著者名/発表者名
      Ayaka Matsuyama, Masahiko Taguchi, Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on ion transport process of anion pump rhodopsin NpHR using QM/MM RWFE-SCF method2023

    • 著者名/発表者名
      Tomo Ejiri, Ryo Oyama, Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] QM/MM RWFE-SCF 法を用いたアニオンチャネルロドプシン GtACR1 の変異体モデリングおよび光励起エネルギー計算2023

    • 著者名/発表者名
      鹿倉啓史、成せい、林重彦
    • 学会等名
      第18回京都大学福井謙一記念研究センターシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] アニオンポンプロドプシン NpHR のイオン輸送過程に関する理論的研究2023

    • 著者名/発表者名
      江尻智森、小山糧、林重彦
    • 学会等名
      第18回京都大学福井謙一記念研究センターシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] イクオリンの生物発光過程についての理論的研究2023

    • 著者名/発表者名
      安東 智大、林 重彦
    • 学会等名
      第 18 回京都大学福井謙一記念研究センターシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Atomistically deciphering photo-activation processes of ion-transport microbial rhodopsins with hybrid molecular simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] アニオンチャネルロドプシン GtACR1 に対する QM/MM RWFE-SCF 法を用いた変異体モデリングおよび光励起エネルギー計算2022

    • 著者名/発表者名
      鹿倉啓史、成せい、林重彦
    • 学会等名
      東京大学物性研究所短期研究会:理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on absorption wavelengths of anion channelrhodopsin GtACR1 in different protonation states and their mutants.2022

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Shikakura, Cheng Cheng, and Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on molecular mechanism of a light-driven ion transport of Halorhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Tomo Ejiri, Ryo Oyama and Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on molecular mechanics of natural anion channelrhodopsin GtACR12022

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Shikakura and Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical study on molecular mechanism of a light-driven ion transport of Halorhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Tomo Ejiri, Ryo Oyama, and Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 光駆動イオントランスポーターハロロドプシンの理論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      江尻智森、小山糧、林重彦
    • 学会等名
      令和4年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] QM/MM RWFE-SCF法によるイクオリンのアロステリックな発光反応制御機構の理論解析2022

    • 著者名/発表者名
      安東 智大、林 重彦
    • 学会等名
      東大 物性研短期研究会 「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on allosteric control mechanism of a luminescent reaction of bioluminescent protein aequorin2022

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Ando and Shigehiko Hayashi
    • 学会等名
      第 60 回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 生物発光タンパク質イクオリンのアロステリックな反応制御機構についての理論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      安東 智大、林 重彦
    • 学会等名
      日本化学会 近畿支部・2022 年度北陸地区講演会と研究発表会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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