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非天然アミノ酸を用いた汎用かつ簡便なタンパク質光感受化法

公募研究

研究領域高速分子動画法によるタンパク質非平衡状態構造解析と分子制御への応用
研究課題/領域番号 22H04758
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関生理学研究所

研究代表者

下村 拓史  生理学研究所, 分子細胞生理研究領域, 助教 (50635464)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
2023年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードイオンチャネル / 非天然アミノ酸 / 高速分子動画 / 構造生物学 / ケミカルバイオロジー / 電気生理学 / 時分割構造解析
研究開始時の研究の概要

本研究では、非天然アミノ酸(UAA)を多様な標的タンパク質に導入することで、“狙って”“簡単に”光反応性を付与できるかどうかを検証する。また、得られた光反応性タンパク質を、刺激となる光とX線自由電子レーザーの照射とを精密に組み合わせた結晶構造解析法に適用する。これにより、本来光反応性を有しないタンパク質においても光をトリガーとする高速分子動画撮像が可能になり、その機能を実現するタンパク質の構造変化が原子レベルで解明できると期待される。

研究実績の概要

本研究では、非天然アミノ酸(UAA)を多様な標的タンパク質に導入することで、“狙って”“簡単に”光反応性を付与できるかどうかを検証する。また特にこれらのうち、光異性化非天然アミノ酸(PSAA)を導入することにより、光によりその活性を制御できるイオンチャネルを創出し、得られた光反応性タンパク質を刺激となる光とX線自由電子レーザーの照射とを精密に組み合わせた結晶構造解析法に適用する。前年度には、本来pH感受性のイオンチャネルであるKcsAにPSAAを導入し、卵母細胞を用いた電流測定系を用いてその活性を確認することで、本来非光感受性であるKcsAを光制御できることを確認した。また、大腸菌発現系によりPSAA導入KcsAタンパク質を大量発現・精製し、ゲルろ過クロマトグラフィーにより結晶構造解析に供することができる品質であることを確認した。
結晶構造解析に向けた確認として、得られた精製KcsAタンパク質が光感受性を有するかどうかを検証した。精製KcsAタンパク質を人工脂質膜に再構成したプロテオリポソームを作製し、微小ガラス電極を用いたパッチクランプ法により電流測定を行った。野生型KcsA精製タンパク質を再構成して電流測定を行ったところ、典型的なpH依存的KcsA電流を測定することができた。これにより、再構成と電流測定の手技は正しく実施できていることが確認できた。同様にPSAA導入KcsAタンパク質を用いてもpH依存性を確認できたが、今のところ光反応性を明確に観測できていない。理由として、特定の種類の脂質分子などといった、人工再構成系では欠落してしまっている因子の存在が考えらえれるため、用いる脂質の検討や、より効率のよい測定系の検討などを行っている。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Conformational rearrangements in the second voltage sensor domain switch PIP2- and voltage-gating modes in two-pore channels2023

    • 著者名/発表者名
      Shimomura T, Hirazawa K, Kubo Y
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA

      巻: 120(6) 号: 6

    • DOI

      10.1073/pnas.2209569120

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dopamine drives neuronal excitability via KCNQ channel phosphorylation for reward behavior2022

    • 著者名/発表者名
      Tsuboi Daisuke、Otsuka Takeshi、Shimomura Takushi、Faruk Md Omar、Yamahashi Yukie、Amano Mutsuki、Funahashi Yasuhiro、Kuroda Keisuke、Nishioka Tomoki、Kobayashi Kenta、Sano Hiromi、Nagai Taku、Yamada Kiyofumi、Tzingounis Anastasios V.、Nambu Atsushi、Kubo Yoshihiro、Kawaguchi Yasuo、Kaibuchi Kozo
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 40 号: 10 ページ: 111309-111309

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2022.111309

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Closed-state inactivation of cardiac, skeletal, and neuronal sodium channels is isoform specific2022

    • 著者名/発表者名
      Brake N, Mancino AS, Yan Y, Shimomura T, Kubo Y, Khadra A, Bowie D
    • 雑誌名

      J Gen Physiol

      巻: 154(7) 号: 7

    • DOI

      10.1085/jgp.202112921

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Voltage clamp fluorometry of two-pore channels reveals a unique movement of 2nd S4 helix2024

    • 著者名/発表者名
      Takushi Shimomura
    • 学会等名
      IINS Bordeaux - NIPS joint symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A switching mechanism between PIP2- and voltage-dependence in two-pore channels2024

    • 著者名/発表者名
      下村 拓史
    • 学会等名
      第101回 日本生理学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Contribution of the 2nd S4 helix for switching PIP2- and voltage-gating modes in two-pore channels2023

    • 著者名/発表者名
      Takushi Shimomura
    • 学会等名
      ION CHANNEL MODULATION SYMPOSIUM 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] An intermediate state in the 2nd voltage sensor domain is related to the PIP2-gating mode in two-pore channels2023

    • 著者名/発表者名
      Takushi Shimomura
    • 学会等名
      The 10th Federation of the Asian and Oceanian Physiological Societies Congress
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Two-pore channelにおける2番目のS4ヘリックスの状態に依存したPIP2および電位依存性ゲーティングの切り替え機構2023

    • 著者名/発表者名
      下村拓史、平澤輝一、久保義弘
    • 学会等名
      第100回日本生理学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 遷移金属イオン蛍光共鳴エネルギー移動を利用した電位依存性カチオンチャネルの動的構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      平澤輝一、下村拓史、久保義弘
    • 学会等名
      第100回日本生理学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 膜電位下蛍光電流同時測定法により明らかになった、Two-pore Channelにおけるリガンド依存性と電位依存性ゲーティングの切り替え・統合の分子基盤2022

    • 著者名/発表者名
      下村拓史
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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