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生命金属動態の解明に向けた光照射EPR技術による新しい酵素反応機構解析法の開発

公募研究

研究領域「生命金属科学」分野の創成による生体内金属動態の統合的研究
研究課題/領域番号 22H04816
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関佐賀大学

研究代表者

堀谷 正樹  佐賀大学, 農学部, 准教授 (80532134)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2023年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2022年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
キーワード金属酵素 / 電子常磁性共鳴 / ケージド化合物 / アニーリング / 反応中間体 / 電子電子二重共鳴法 / スピンラベル
研究開始時の研究の概要

電子常磁性共鳴法(EPR法)は、ラジカルや遷移金属を選択的に検出する磁気共鳴法のひとつである。これまでEPR法による金属タンパク質・金属酵素における研究では、他の分光法では得られない活性中心の金属イオン周辺の微細構造を解き明かし、さらに反応中間体を捕捉する手段である高速混合凍結法(RFQ)と組み合わせることで、さまざまな金属酵素の反応機構を解明してきた。本研究では、新規反応中間体捕捉法の開発とEPR-紫外可視吸収分光同時計測系の開発を行う。これにより、これまで反応機構が不明であった呼吸酵素関連酵素の反応機構の解明とABCトランスポーターの膜輸送機構の解明を行う。

研究実績の概要

ケージド化合物を利用したタンパク質・酵素反応中間体捕捉法の開発を行った。グルコキナーゼ(GK)はスモールドメイン、ラージドメイン、それらをつなぐヒンジ領域から成る酵素であり、グルコースとATPからグルコース6リン酸とADPを産出する化学反応を触媒するTCAサイクルの初発酵素である。これまでの結晶構造解析からGKにまずグルコースが結合することで両ドメインが開いたOPEN構造からsemi-CLOSED構造へ変化し、次にATPが結合することでCLOSED構造へと変化することを明らかにしている。そこでラージドメインおよびスモールドメインに2か所システイン変異を導入したGKを複数精製した。この試料とケージドATP、グルコースアナログであるキシロースを混合し、電子電子二重共鳴法(DEER)によってラベル間距離の測定を行った。距離測定の結果、GKにキシロースが結合し、semi-CLOSED構造へと変化していることが明らかになった。次にこの試料について77K下で光照射を30分間行い、ケージド化合物からATPを完全に放出させた。この試料のDEER測定では、光照射前後で構造変化が起きていないことが明らかになった。続いてこの試料に対しアニーリング実験を行った。77Kでは何も構造変化が起きていなかったが、200Kまで昇温するとsemi-CLOSED構造からCLOSED構造へと変化することが明らかになった。つまり、ケージドATPと酵素を混合し、液体窒素での凍結下で光照射してもATPは拡散せず酵素反応は始まらないが、200Kなどの凍結状態を維持したまま昇温することで、ATPが凍結下でも拡散し、酵素に結合することで構造変化が起きることを明らかにすることに成功した。つまりケージド基質を利用することで液体窒素凍結下で反応始状態を作ることができ、昇温によって反応が追跡できることが明らかになった。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (34件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (27件) (うち国際学会 2件、 招待講演 6件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Identification of Genes Responsible for the Synthesis of Glycitein Isoflavones in Soybean Seeds2024

    • 著者名/発表者名
      Horitani Masaki、Yamada Risa、Taroura Kanami、Maeda Akari、Anai Toyoaki、Watanabe Satoshi
    • 雑誌名

      Plants

      巻: 13 号: 2 ページ: 156-156

    • DOI

      10.3390/plants13020156

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Intramolecular electron transfer from biopterin to FeII-O2 complex in nitric oxide synthases occurs at very different rates between bacterial and mammalian enzymes: Direct observation of a catalytically active intermediate2023

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Kazuo、Ito Yuko Tsutsui、Kasu Yuri、Horitani Masaki、Kozawa Takahiro
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry

      巻: 238 ページ: 112035-112035

    • DOI

      10.1016/j.jinorgbio.2022.112035

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Trapping of a Mononitrosyl Nonheme Intermediate of Nitric Oxide Reductase by Cryo-Photolysis of Caged Nitric Oxide2023

    • 著者名/発表者名
      Takeda Hanae、Shimba Kanji、Horitani Masaki、Kimura Tetsunari、Nomura Takashi、Kubo Minoru、Shiro Yoshitsugu、Tosha Takehiko
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 4 ページ: 846-854

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c05852

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quick and Spontaneous Transformation between [3Fe_4S] and [4Fe_4S] Iron_Sulfur Clusters in the tRNA-Thiolation Enzyme TtuA.2023

    • 著者名/発表者名
      Ishizaka M, Chen M, Narai S, Tanaka Y, Ose T, Horitani M, Yao M.
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 号: 1 ページ: 833-833

    • DOI

      10.3390/ijms24010833

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Heme protein identified from scaly-foot gastropod can synthesize pyrite (FeS<sub>2</sub>) nanoparticles2023

    • 著者名/発表者名
      Yamashita Tatsuya、Matsuda Hiroki、Koizumi Kyohei、Thirumalaisamy Logu、Kim Myeongok、Negishi Lumi、Kurumizaka Hitoshi、Tominaga Yoriko、Takagi Yoshihiro、Takai Ken、Okumura Taiga、Katayama Hidekazu、Horitani Masaki、Ahsan Nazmul、Okada Yoshitaka、Nagata Koji、Suzuki Yohey、Suzuki Michio
    • 雑誌名

      Acta Biomaterialia

      巻: 162 ページ: 110

    • DOI

      10.1016/j.actbio.2023.03.005

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] X線・電子常磁性共鳴法で観る複核Mn中心金属酵素の構造柔軟性と活性相関2023

    • 著者名/発表者名
      嘉数 百合,?坂本 貫太朗, 杉本 宏,?堀谷 正樹
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 高速混合凍結-EPR法で観る金属酵素活性中心構造変化と酵素活性の相関~低温適応複核Mn2+酵素~2023

    • 著者名/発表者名
      堀谷 正樹
    • 学会等名
      第26回ESRフォーラム研究会2023京都
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 酵素は熱安定性を下げずに低温適応できるか?~X線結晶構造解析・EPR法で観る南極産好冷細菌由来金属酵素~2023

    • 著者名/発表者名
      堀谷 正樹,?嘉数 百合, 杉本 宏
    • 学会等名
      極限環境生物学会第24回年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ESRで何が見える?~立体構造解析への羨望とその先へ~2023

    • 著者名/発表者名
      堀谷 正樹
    • 学会等名
      第35回生物無機化学夏季セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 深海産細菌由来無機ピロホスファターゼの生化学的解析への挑戦2023

    • 著者名/発表者名
      菅原 連,?溝口 ゆりか,?堀谷 正樹
    • 学会等名
      第35回生物無機化学夏季セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] EPR法で観るヘムプローブ反応機構とマルチヘム酵素の解析2023

    • 著者名/発表者名
      堀谷 正樹, 平山 祐, 三原 久明
    • 学会等名
      令和5年度生命金属科学夏の合宿
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 先端電子スピン共鳴法を用いた酵素ダイナミクスの実測2023

    • 著者名/発表者名
      矢垰 紅音,?堀谷 正樹
    • 学会等名
      令和5年度生命金属科学夏の合宿
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] The combination of EPR spectroscopy and X-ray crystallography revealed that the active site rearrangement of the di-metal center by substrate binding is temperature dependent2023

    • 著者名/発表者名
      Masaki Horitani
    • 学会等名
      2023 International Joint Meeting of the 23rd International Conference on Cytochrome P450 and the 38th Annual Meeting of the Japanese Society for the Study of Xenobiotics (2023 ICCP450/JSSX)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ヘム駆動型フェロミクスプローブの反応機構解明2023

    • 著者名/発表者名
      黒岩 もね, 垣内 亮, 平山 祐,?堀谷 正樹
    • 学会等名
      第62回電子スピンサイエンス学会年会(SEST2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 急速凍結-電子常磁性共鳴(EPR)法を用いた金属酵素活性中心における構造変化の温度依存性2023

    • 著者名/発表者名
      嘉数 百合,?堀谷 正樹
    • 学会等名
      第62回電子スピンサイエンス学会年会(SEST2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Electron Spin Resonance Spectroscopy Reveals the Reaction Mechanism of a Heme-Driven Ferromics Probe with Heme2023

    • 著者名/発表者名
      Mone Kuroiwa, Ryo Kakiuchi, Tasuku Hirayama,?Masaki Horitani
    • 学会等名
      日本農芸化学会西日本支部第6回学生フォーラム(JSBBA WEST 6th Studendt Forum)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] How the Proteins Work - Development of a New Methodology for the Capturing of Short-Lived Intermediates ?2023

    • 著者名/発表者名
      Yuna Koga,?Masaki Horitani
    • 学会等名
      日本農芸化学会西日本支部第6回学生フォーラム(JSBBA WEST 6th Studendt Forum)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Temperature dependence of structural changes in active center of Inorganic Pyrophosphatase using electron paramagnetic resonance (EPR) with rapid freeze quench method2023

    • 著者名/発表者名
      Yuri Kasu,?Masaki Horitani
    • 学会等名
      2nd Japan-India Science & Technology Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Electron Spin Resonance Spectroscopy Reveals the Reaction Mechanism of a Heme-Driven Ferromics Probe with Heme2023

    • 著者名/発表者名
      Mone Kuroiwa, Ryo Kakiuchi, Tasuku Hirayama,?Masaki Horitani
    • 学会等名
      2nd Japan-India Science & Technology Seminar
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 電子スピン共鳴法で”観る”金属酵素活性部位の温度による微細構造変化2022

    • 著者名/発表者名
      嘉数 百合, 堀谷 正樹
    • 学会等名
      第25回ESRフォーラム研究会(2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] スピンラベル-ESR法を利用した酵素の構造柔軟性の実測2022

    • 著者名/発表者名
      矢垰 紅音, 浅香 里緒, 渡邉 啓一, 堀谷 正樹
    • 学会等名
      第25回ESRフォーラム研究会(2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 南極海由来金属酵素の酵素反応・低温適応機構2022

    • 著者名/発表者名
      堀谷 正樹
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度西日本支部大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 先端X線回折法によるグルコキナーゼの動的構造-機能相関の解明2022

    • 著者名/発表者名
      藤井 和輝, 奥村 英夫、馬場 清喜、杉本 宏, 堀谷 正樹
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度西日本支部大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 反応中間体捕捉から解き明かすミモシン合成酵素の2機能性獲得機構2022

    • 著者名/発表者名
      辻 さやか, 大貝 茂希、福田 雅一、屋 宏典、杉本 宏, 堀谷 正樹
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度西日本支部大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] EPR Spectroscopy Reveals Active Site Rearrangements of Di-Mn Center in Inorganic Pyrophosphatase2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Horitani
    • 学会等名
      錯体化学会第72回討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] EPR Spectroscopy Reveals the Differences of Active Site Structure for Di-Mn Enzymes from Mesophillic and Psychrophillic Bacteria2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Horitani
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] X-ray Crystallography and Spin-Labeling ESR Reveal Cold Adaptation and High Thermal Stability Mechanism of Cold-Adapted Glucokinase2022

    • 著者名/発表者名
      Akane Yato, Rio Asaka, Hiroshi Sugimoto, Keiichi Watanabe, Masaki Horitani
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] EPR Spectroscopy and X-ray Crystallography Revealed Rearrangements of Di-Mn Active Site by Substrate Binding in Inorganic Pyrophosphatase2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Horitani
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ヘム駆動型フェロミクスプローブの反応機構解明2022

    • 著者名/発表者名
      黒岩もね、垣内亮、平山祐、堀谷正樹
    • 学会等名
      第61回電子スピンサイエンス学会年会(SEST2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 急速凍結-電子常磁性共鳴(EPR)法を用いた金属酵素活性中心における構造変化の温度依存性2022

    • 著者名/発表者名
      嘉数百合、堀谷正樹
    • 学会等名
      第61回電子スピンサイエンス学会年会(SEST2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ヘムトランスポーターの輸送機構解明へ向けた新たな反応中間体捕捉法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      古賀優菜、堀谷正樹
    • 学会等名
      第61回電子スピンサイエンス学会年会(SEST2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] スピンラベル-ESR法を利用した酵素の構造柔軟性の実測2022

    • 著者名/発表者名
      矢垰紅音、浅香里緒、渡邉啓一、堀谷正樹
    • 学会等名
      第61回電子スピンサイエンス学会年会(SEST2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] ヘムタンパク質の科学、第5章 測定解析技術・第3節 "磁気共鳴EPRでヘムタンパク質の何をみるか?―活性中心の電子状態とミクロ分子環境―"2022

    • 著者名/発表者名
      堀谷 正樹、堀 洋
    • 総ページ数
      472
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス、監修:城 宜嗣、青野 重利、齋藤 正男
    • ISBN
      9784860437787
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 佐賀大学農学部生命機能科学科分子生命科学分野堀谷研究室

    • URL

      http://horitani.ag.saga-u.ac.jp/horitanilab/index.html

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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