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立体配座に着目した反応性制御因子推定法の確立とその応用

公募研究

研究領域デジタル化による高度精密有機合成の新展開
研究課題/領域番号 22H05375
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
研究機関富山県立大学

研究代表者

深谷 圭介  富山県立大学, 工学部, 助教 (40821575)

研究期間 (年度) 2022-06-16 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
7,020千円 (直接経費: 5,400千円、間接経費: 1,620千円)
2023年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2022年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワード立体配座 / 遷移状態 / 天然物合成 / 計算化学 / 反応選択性
研究開始時の研究の概要

複雑分子合成では、高度な基質設計を必要とする反応がしばしば利用される。このような反応基質の設計には遷移状態に対する計算解析が有用であるが、分子が複雑になるにつれて、合成化学的に有益な情報を計算結果から導き出すことが困難となる。本研究では、機械学習を利用することで複雑化合物の反応性制御因子を定量的かつ客観的に推定する手法の確立を試みる。さらに、その推定手法を応用し、望みの反応選択性を実現する実践的AI開発に展開する。

研究実績の概要

本研究では反応性制御因子として分子の立体配座多様性に着目し、計算化学による高度な反応基質設計を実現することを目的としている。本年度は、実際の天然物合成で利用された反応について、独自に開発した多配座解析処理プログラムライブラリーACCeL(https://accel.kfchem.dev/)を用いることで、立体配座網羅的な計算解析を実施し、2報の論文を報告した。1報目の論文では、アリルシランとイミニウムイオンによるアザスピロ環構築反応について、その立体選択性の起源について解析した。本反応基質は比較的配座自由度の高い構造を有していたものの、結合形成時における遷移状態について、合計300以上の立体および配座異性体を取得することで、実験結果と良い一致を示す計算結果が得られた。また、得られた遷移状態群の解析には、Cremer-Popleパラメーターと配座安定性に注目した解析手法を利用することで、本反応における立体選択性と基質構造の関係性について詳細に解析することができた。2報目の論文では、金触媒によるエーテル環構築における位置選択性について解析した。同様に、立体配座の多様性を十分に考慮した計算プロトコルにて、多数の遷移状態群を取得し、反応の選択性について考察した。本考察では、基質中の重要な構造成分のみを別に配座網羅的に解析する手法を用いた。いずれの研究でも、反応性制御因子として、遷移状態における立体配座の重要性を示すことができ、今後より高度な反応基質設計が達成できるものと考えている。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (44件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (31件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Synthesis of Macrolactone Core of <i>ent</i>-Formosalide A via Regioselective Ether Cyclization2024

    • 著者名/発表者名
      Mozumi Risa、Fukaya Keisuke、Ito Hina、Komatsu Tomomi、Urabe Daisuke
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: - 号: 11 ページ: 7991-8004

    • DOI

      10.1021/acs.joc.4c00633

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational Study Focusing on a Comprehensive Conformational Analysis of Transition States for Aza-Spiro Ring Formations with <i>N</i>-Alkoxyamides2023

    • 著者名/発表者名
      Fukaya Keisuke、Sato Takaaki、Chida Noritaka、Urabe Daisuke
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: 88 号: 19 ページ: 13655-13665

    • DOI

      10.1021/acs.joc.3c01343

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation and structure determination of allopteridic acids A?C and allokutzmicin from an unexplored actinomycete of the genus Allokutzneria2023

    • 著者名/発表者名
      Liu Chang、Zhang Zhiwei、Fukaya Keisuke、Oku Naoya、Harunari Enjuro、Urabe Daisuke、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: 76 号: 6 ページ: 305-315

    • DOI

      10.1038/s41429-023-00611-4

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Species-specific secondary metabolism by actinomycetes of the genus Phytohabitans and discovery of new pyranonaphthoquinones and isatin derivatives2023

    • 著者名/発表者名
      Triningsih Desy W.、Harunari Enjuro、Fukaya Keisuke、Oku Naoya、Urabe Daisuke、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: 76 号: 5 ページ: 249-259

    • DOI

      10.1038/s41429-023-00605-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Total Synthesis and Anti-inflammatory Activity of Stemoamide-Type Alkaloids Including Totally Substituted Butenolides and Pyrroles2022

    • 著者名/発表者名
      Soda Yasuki、Sugiyama Yasukazu、Sato Shunsei、Shibuya Kana、Saegusa Junya、Matagawa Tomoe、Kawano Sayaka、Yoritate Makoto、Fukaya Keisuke、Urabe Daisuke、Oishi Takeshi、Mori Kento、Simizu Siro、Chida Noritaka、Sato Takaaki
    • 雑誌名

      Synthesis

      巻: 55 号: 04 ページ: 617-636

    • DOI

      10.1055/a-1941-8680

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Krasilnikolides A and B and Detalosylkrasilnikolide A, Cytotoxic 20-Membered Macrolides from the Genus <i>Krasilnikovia</i>: Assignment of Anomeric Configuration by <i>J</i>-Based Configuration Analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Lu Shiyang、Zhou Tao、Fukaya Keisuke、Harunari Enjuro、Oku Naoya、Urabe Daisuke、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 85 号: 12 ページ: 2796-2803

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.2c00781

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cyclic enaminones and a?4-quinazolinone from an unidentified actinomycete of the family Micromonosporaceae2022

    • 著者名/発表者名
      Triningsih Desy W.、Zhou Tao、Fukaya Keisuke、Harunari Enjuro、Oku Naoya、Urabe Daisuke、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: 75 号: 11 ページ: 610-618

    • DOI

      10.1038/s41429-022-00558-y

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Catellatolactams A?C, Plant Growth-Promoting Ansamacrolactams from a Rare Actinomycete of the Genus <i>Catellatospora</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Liu Chang、Zhang Zhiwei、Fukaya Keisuke、Urabe Daisuke、Harunari Enjuro、Oku Naoya、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 85 号: 8 ページ: 1993-1999

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.2c00331

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stereocontrolled Synthesis of C20<i>S</i>-C26 and C20<i>R</i>-C26 Fragments of Amphidinolide L2022

    • 著者名/発表者名
      Koizumi Jun、Tanaka Kaoru、Fukaya Keisuke、Urabe Daisuke
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: 87 号: 16 ページ: 11185-11195

    • DOI

      10.1021/acs.joc.2c01497

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Marinoquinolones and Marinobactoic Acid: Antimicrobial and Cytotoxic <i>ortho</i>-Dialkylbenzene-Class Metabolites Produced by a Marine Obligate Gammaproteobacterium of the Genus <i>Marinobacterium</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Ul Karim Md. Rokon、Fukaya Keisuke、In Yasuko、Sharma Amit Raj、Harunari Enjuro、Oku Naoya、Urabe Daisuke、Trianto Agus、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 85 号: 7 ページ: 1763-1770

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.2c00281

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RCM approach to the CDE-tricyclic structure of nakiterpiosin2022

    • 著者名/発表者名
      Matsuyuki Yoe、Fukaya Keisuke、Urabe Daisuke
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 86 ページ: 832-836

    • DOI

      10.1093/bbb/zbac061

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 日本薬学会144 年会2024

    • 著者名/発表者名
      藤野雄大、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      ent-Ageliferinの合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 日本薬学会144 年会2024

    • 著者名/発表者名
      田中芳、片山祐菜、小泉潤、倉田浩二、古賀萌子、名越航、小嶺敬太、福田隼、石原淳、深谷 圭介、占部 大介
    • 学会等名
      アンフィジノリドL C7-C26 フラグメントの合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 日本農芸化学会2024年度大会2024

    • 著者名/発表者名
      菊田依乃、桂川美咲、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      Pseudosporamide類の合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 日本農芸化学会2024年度大会2024

    • 著者名/発表者名
      伊藤陽奈、茂住梨沙、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      ホルモサリドA C1-C21フラグメントの合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 日本農芸化学会2024年度大会2024

    • 著者名/発表者名
      阪野奨太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      Birch還元-アルキル化を用いたent -カウレンの合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] International Joint Symposium 2023 on Synthetic Organic Chemistry2023

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Fukaya、Takaaki Sato、Noritaka Chida、Daisuke Urabe
    • 学会等名
      A Comprehensive Conformational Analysis of Transition States for Aza-Spiro Ring Formations with N-Alkoxyamides
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 理研シンポジウム 第21回分析・解析技術と化学の最先端2023

    • 著者名/発表者名
      深谷圭介
    • 学会等名
      NMR計算を利?した新規天然物の構造解析
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 第68回リグニン討論会2023

    • 著者名/発表者名
      山口愛由、岸本崇生、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      グアイアシル―シリンギルリグニンの初期形成機構の解析
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 2023年度有機合成化学北陸セミナー2023

    • 著者名/発表者名
      田中芳、小泉潤、片山祐菜、古賀萌子、名越航、小嶺敬太、福田隼、石原淳、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      アンフィジノリドL C7-C26フラグメントの合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 2023年度有機合成化学北陸セミナー2023

    • 著者名/発表者名
      菊田依乃、桂川美咲、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      Pseudosporamideの全合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 2023年度有機合成化学北陸セミナー2023

    • 著者名/発表者名
      藤野雄大、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      ent-Ageliferinの合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 2023年度有機合成化学北陸セミナー2023

    • 著者名/発表者名
      伊藤陽奈、茂住梨沙、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      ホルモサリドA C1-C21フラグメントの合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 2023年度有機合成化学北陸セミナー2023

    • 著者名/発表者名
      天野綾美、塩野啓太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      ベラトリジンAB環部のスケールアップ合成
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 2023年度有機合成化学北陸セミナー2023

    • 著者名/発表者名
      佐藤愛美、甲斐瑛歩、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      固相合成法を利用したバルビフェラミドの合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 2023年度有機合成化学北陸セミナー2023

    • 著者名/発表者名
      西川日葵、松雪洋恵、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      Diels-Alder反応を鍵としたナキテルピオシンDE環部の合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 日本化学会中国四国支部広島地区化学講演会2023

    • 著者名/発表者名
      深谷圭介
    • 学会等名
      計算化学と天然物合成:立体選択的な付加環化を鍵とするピロールイミダゾールアルカロイド類の合成研究
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ピロールイミダゾールアルカロイド類の合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      藤野雄大、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本薬学会第143回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ent-カウレンの合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      阪野奨太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] イノールを用いた脱芳香族的転位反応の開発2023

    • 著者名/発表者名
      田中芳、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ベラトリジンABC環部の合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      塩野啓太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 計算化学を利用した天然物の合成研究:多配座計算解析プログラムACCeLとピロールイミダゾールアルカロイド類の合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      深谷圭介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ピロールイミダゾールアルカロイド類の合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      藤野雄大、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      第48回反応と合成の進歩シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 多配座解析処理プログラムの開発とNMR計算による天然物の構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      深谷圭介
    • 学会等名
      第31回ケムステVシンポ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 固相合成法を利用した環状ペプチド触媒の開発2022

    • 著者名/発表者名
      甲斐瑛歩、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ベラトリジンABC環部の合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      塩野啓太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ピロールイミダゾールアルカロイド類の合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      藤野雄大、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ent-カウレンジテルペノイド類の合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      阪野奨太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ホルモサリド類の立体選択的合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      伊藤陽奈、茂住梨紗、駒津友美、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] イノールを用いた脱芳香族的転位反応の開発2022

    • 著者名/発表者名
      田中芳、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 分子内鈴木カップリングを鍵としたPseudosporamideの合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      菊田依乃、桂川美咲、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 多配座計算プログラムACCeLの開発と新規天然物の構造解析への応用2022

    • 著者名/発表者名
      深谷圭介、張智偉、劉暢、五十嵐康弘、占部大介
    • 学会等名
      第64回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 生物有機化学講座

    • URL

      https://www.pu-toyama.ac.jp/BR/urabe/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
  • [備考] ACCeL

    • URL

      https://accel.kfchem.dev/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2022-06-20   更新日: 2024-12-25  

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