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光エネルギーで駆動される物質回収・放出カプセルのボトムアップ構築

公募研究

研究領域生物を陵駕する無細胞分子システムのボトムアップ構築学
研究課題/領域番号 22H05389
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
研究機関北海道大学

研究代表者

菊川 峰志  北海道大学, 先端生命科学研究院, 准教授 (20281842)

研究期間 (年度) 2022-06-16 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
9,620千円 (直接経費: 7,400千円、間接経費: 2,220千円)
2023年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2022年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
キーワード膜輸送 / イオンポンプ / 微生物ロドプシン / 多剤排出蛋白質
研究開始時の研究の概要

リポソームの脂質膜上に「光で駆動されるタンパク質」と「有害な溶質を膜輸送するタンパク質」を、通常の細胞膜中とは逆向きに組み込む。前者には、細胞内からH+やNa+を外向きに輸送する微生物ロドプシンを用いる。後者には、H+やNa+の濃度勾配を消費して、毒物を排出する多剤排出タンパク質を用いる。これらをエネルギー共役させ、太陽光をネルギー源としながら、環境中の毒物をリポソーム内へ効率良く回収する自己完結的な分子システムの構築を目指す。

研究実績の概要

リポソームの脂質膜上に、「光で駆動されるタンパク質」と「有害な溶質を膜輸送するタンパク質」の共役系構築を試みた。前者には、細胞内からH+やNa+を外向きに輸送する微生物ロドプシンを、後者には、H+やNa+の濃度勾配を消費して、有機毒物を排出する多剤排出タンパク質を用いた。これらを細胞膜中とは逆向きにリポソームに組込むことで、太陽光をネルギー源としながら、環境中の有機毒物をリポソーム内へ効率良く回収する自己完結的なシステムの構築を目指した。
本年度は、複数の多剤排出蛋白質の大腸菌での発現系を構築し、大腸菌における有機物質輸送活性と、大腸菌細胞膜からの精製収量を指標に、V. choleraeのNorM_VCを微生物ロドプシンと共役させる蛋白質として決定した。微生物ロドプシンには、H+ポンプ型のバクテリオロドプシン(BR)を採用し、リポソームのプロトタイプを作製した。NorMの基質には、Tetraphenyl phosphonium(TPP+)を用いて、その輸送をTPP+選択膜を用いて検出した。TPP+選択膜は、TPP+を透過させる薄膜である。この膜で二つの溶液を仕切ると、それぞれのTPP+濃度の比に応じたネルンスト電位が溶液間に発生する。一方の溶液を、BRとNorMを同時に再構成したリポソーム懸濁液とし、光照射によってBRを活性化させたところ、TPP+濃度の減少に対応する膜電位の上昇が観測された。BRのみを再構成したリポソームでは膜電位変化が観測されなかった。よって、両者を再構成した場合には、光をエネルギー源として、TPP+のリポソーム内への濃縮を起こせることがわかった。膜電位の変化量から、リポソーム内部には、外部溶液に比べて、TPP+を2.4倍濃縮できることがわかった。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (39件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 2件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (28件) (うち国際学会 7件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Configurational Changes of Retinal Schiff Base during Membrane Na<sup>+</sup> Transport by a Sodium Pumping Rhodopsin2024

    • 著者名/発表者名
      Fujisawa Tomotsumi、Kinoue Kouta、Seike Ryouhei、Kikukawa Takashi、Unno Masashi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 15 号: 7 ページ: 1993-1998

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.3c03435

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multistep conformational changes leading to the gate opening of light-driven sodium pump rhodopsin2023

    • 著者名/発表者名
      Sato Yukino、Hashimoto Tsubasa、Kato Koji、Okamura Akiko、Hasegawa Kaito、Shinone Tsukasa、Tanaka Yoshikazu、Tanaka Yoshiki、Tsukazaki Tomoya、Tsukamoto Takashi、Demura Makoto、Yao Min、Kikukawa Takashi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 12 ページ: 105393-105393

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105393

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The preferential transport of NO3- by full-length Guillardia theta anion channelrhodopsin 1 is enhanced by its extended cytoplasmic domain2023

    • 著者名/発表者名
      Ohki Yuya、Shinone Tsukasa、Inoko Sayo、Sudo Miu、Demura Makoto、Kikukawa Takashi、Tsukamoto Takashi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 11 ページ: 105305-105305

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105305

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Key determinants for signaling in the sensory rhodopsin <scp>II</scp>/transducer complex are different between <i>Halobacterium salinarum</i> and <i>Natronomonas pharaonis</i>2023

    • 著者名/発表者名
      Matsunami‐Nakamura Risa、Tamogami Jun、Takeguchi Miki、Ishikawa Junya、Kikukawa Takashi、Kamo Naoki、Nara Toshifumi
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 597 号: 18 ページ: 2334-2344

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14711

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and Heterogeneity of Retinal Chromophore in Chloride Pump Rhodopsins Revealed by Raman Optical Activity2023

    • 著者名/発表者名
      Ohya Masaiku、Kikukawa Takashi、Matsuo Junpei、Tsukamoto Takashi、Nagaura Ryota、Fujisawa Tomotsumi、Unno Masashi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 21 ページ: 4775-4782

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c01801

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Elucidation of a Thermodynamical Feature Attributed to Substrate Binding to the Prokaryotic H+/Oligopeptide Cotransporter YdgR with Calorimetric Analysis: The Substrate Binding Driven by the Change in Entropy Implies the Release of Bound Water Molecules from the Binding Pocket2023

    • 著者名/発表者名
      Akiko Omori, Shotaro Sasaki, Takashi Kikukawa, Kazumi Shimono, and Seiji Miyauchi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: - 号: 11 ページ: 1608-1618

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.2c00673

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Efficient recombinant production of mouse-derived cryptdin family peptides by a novel facilitation strategy for inclusion body formation2023

    • 著者名/発表者名
      Song Yuchi、Wang Yi、Yan Shaonan、Nakamura Kiminori、Kikukawa Takashi、Ayabe Tokiyoshi、Aizawa Tomoyasu
    • 雑誌名

      Microbial Cell Factories

      巻: 22 号: 1 ページ: 9-9

    • DOI

      10.1186/s12934-023-02016-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phenylazothiazoles as Visible-Light Photoswitches2023

    • 著者名/発表者名
      Runze Lin, P. K. Hashim, Saugata Sahu, Ammathnadu S. Amrutha, Nusaiba Madappuram Cheruthu, Shakkeeb Thazhathethil, Kiyonori Takahashi, Takayoshi Nakamura, Takashi Kikukawa, Nobuyuki Tamaoki
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: - 号: 16 ページ: 9072-9080

    • DOI

      10.1021/jacs.3c00609

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mutations conferring SO42- pumping ability on the cyanobacterial anion pump rhodopsin and the resultant unique features of the mutant2022

    • 著者名/発表者名
      Yuhei Doi, Jo Watanabe, Rytota Nii, Takashi Tsukamoto, Makoto Demura, Yuki Sudo, Takashi Kikukawa
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 16422-16422

    • DOI

      10.1038/s41598-022-20784-6

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Reisomerization of retinal represents a molecular switch mediating Na+ uptake and release by a bacterial sodium-pumping rhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Fujisawa, T., Kinoue, K. Seike, R., Kikukawa, T., Unno, M.
    • 雑誌名

      Journal of biological chemistry

      巻: 298 号: 9 ページ: 102366-102366

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102366

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Three-Dimensional Structure of the Antimicrobial Peptide Cecropin P1 in Dodecylphosphocholine Micelles and the Role of the C-Terminal Residues2022

    • 著者名/発表者名
      Hao Gu, Takasumi Kato, Hiroyuki Kumeta, Yasuhiro Kumaki, Takashi Tsukamoto, Takashi Kikukawa, Makoto Demura, Hiroaki Ishida, Hans J. Vogel, Tomoyasu Aizawa
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 7 号: 36 ページ: 31924-31934

    • DOI

      10.1021/acsomega.2c02778

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Unknown role of the extended cytoplasmic domain of anion channelrhodopsin2023

    • 著者名/発表者名
      Yuya Ohki, Tsukasa Shinone, Sayo Inoko, Miu Sudo, Makoto Demura, Takashi Kikukawa, Takashi Tsukamoto
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural and functional properties of bacteriorhodopsin reconstituted in highly fluorinated dipalmitoylphosphatidylcholine membranes2023

    • 著者名/発表者名
      Daiki Kojima, Ai Nakagawara, Takafumi Shimoaka, Takashi Kikukawa, Toshiyuki Takagi, Hiroshi Takahashi, Hideki Amii, Masashi Sonoyama
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Synchronicity of gate closing and transient proton release from Asp234 in Guillardia theta anion channelrhodopsin 12023

    • 著者名/発表者名
      Miu Sudo, Sayo Inoko, Takuma Watanabe, Makoto Demura, Takashi Kikukawa, Takashi Tsukamoto
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Structure and Heterogeneity of Retinal Chromophore in Chloride Pump Rhodopsins Revealed by Raman Optical Activity2023

    • 著者名/発表者名
      Masashi Unno, Masaiku Ohya, Takashi Kikukawa, Junpei Matsuo, Takashi Tsukamoto, Ryota Nagaura, Tomotsumi Fujisawa
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Configurational change of retinal Schiff base chromophore in a sodium pump rhodopsin2023

    • 著者名/発表者名
      Tomotsumi Fujisawa, Kouta Kinoue, Ryouhei Seike, Takashi Kikukawa, Masashi Unno
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Attempts to strategic functional modifications of ion pump rhodopsins2023

    • 著者名/発表者名
      Kaito Hasegawa, Tomoya Maeda, Satoru Fukiya, Takashi Tsukamoto, Makoto Demura, Takashi Kikukawa
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Effect of the phytanyl groups and membrane-spanning cross-linkage on structure and photocycle of bR in ether-linked phospholipid membrane2023

    • 著者名/発表者名
      Ami Harasawa, Ai Nakagawara, Takafumi Shimoaka, Toshiyuki Takagi, Takashi Kikukawa, Hiroshi Takahashi, Masashi Sonoyama
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Actinobacteria-derived novel outward proton-pumping rhodopsins having long photocycle2023

    • 著者名/発表者名
      Shota Takahashi, Mako Ueno, Fumio Hayashi, Takashi Kikukawa, Ichiro Kasano, Yusuke Inoue, Masashi Sonoyama
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] The cytoplasmic domain regulates the photocurrent lifetime of anion channelrhodopsin GtACR12023

    • 著者名/発表者名
      Hana Maruyama, Shoko Hososhima, Satoshi Tsunoda, Yuya Ohki, Takashi Kikukawa, Takashi Tsukamoto, Hideki Kandori
    • 学会等名
      第61回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 光駆動Cl-ポンプ蛋白質が起こす過渡的な基質放出・取込み過程の直接観測2023

    • 著者名/発表者名
      濱田 知快, 村部 圭祐, 塚本 卓, 出村 誠, 菊川 峰志
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 光駆動型Cl-ポンプ蛋白質の疎水性チャネルにおける高速Cl-輸送メカニズム2023

    • 著者名/発表者名
      ザイ 郁博, 下坂 杏奈, 塚本 卓, 出村誠, 菊川峰志
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Structure and Heterogeneity of Retinal Chromophore in Chloride Pump Rhodopsins Revealed by Raman Optical Activity2023

    • 著者名/発表者名
      Masaiku Ohya, Junpei Matsuo, Takashi Kikukawa, Takashi Tsukamoto, Tomotsumi Fujisawa, Masashi Unno
    • 学会等名
      19th International Conference on Chiroptical Spectroscopy
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] クライオ時間分解ラマン分光法によるナトリウムポンプロドプシンの研究:O中間体における発色団構造変化2023

    • 著者名/発表者名
      藤澤 知績, 木ノ上 晃汰, 清家 陵平, 菊川 峰志, 海野 雅司
    • 学会等名
      第17回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 好冷性細菌由来の新規微生物ロドプシンにおける特徴的な光物性2023

    • 著者名/発表者名
      高橋 渉太, 上野 真琴, 林 史夫, 菊川 峰志, 園山 正史
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 一方の疎水鎖末端をフッ素化した新規リン脂質F4-Hybridに再構成した膜タンパク質バクテロリオロドプシンの特徴2023

    • 著者名/発表者名
      中川原 亜依, 高木 俊之, 菊川 峰志, 高橋 浩, 網井 秀樹, 下赤卓史, 園山 正史
    • 学会等名
      第49回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] A possible gate-opening mechanism of Indibacter alkaliphilus sodium pump rhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Takashi Kikukawa
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Retinal conformations in microbial rhodopsins probed by Raman optical activity2022

    • 著者名/発表者名
      Masashi Unno, Tomotsumi Fujisawa, Takashi Kikukawa
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Essential residues for fast chloride ion transport of Natronomonas pharaonis halorhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Zhai Yubo, Anna Shimosaka, Takashi Tsukamoto, Makoto Demura, Takashi Kikukawa
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Biological role and molecular mechanism of preferential NO3- transport by full-length Guillardia theta anion channelrhodopsin 12022

    • 著者名/発表者名
      Yuya Ohki, Ryouhei Ohtake, Yukino Sato, Takuma Watanabe, Jo Watanabe, Makoto Demura, Takashi Kikukawa, Takashi Tsukamoto
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Comparative study in thermodynamics of microbial proton-pumping rhodopsins identified in various temperature environments2022

    • 著者名/発表者名
      Ryouhei Ohtake, Kaori Kondo, Makoto Demura, Takashi Kikukawa, Takashi Tsukamoto
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Gate closing mechanism of anion channelrhodopsin synchronized with transient proton release2022

    • 著者名/発表者名
      Sayo Inoko, Takuma Watanabe, Tsukasa Shinone, Makoto Demura, Takashi Kikukawa, Takashi Tsukamoto
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 多様な温度環境に分布するプロトンポンプ型ロドプシンの熱力学的性質の網羅的解析2022

    • 著者名/発表者名
      Ryouhei Ohtake, Kaori Kondo, Makoto Demura, Takashi Kikukawa, Takashi Tsukamoto
    • 学会等名
      第60回 日本物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Time-resolved cryo-Raman study of Na+ uptake and release by a sodium pumping rhodopsin from Indibacter alkaliphilus2022

    • 著者名/発表者名
      Tomotsumi Fujisawa, Kouta Kinoue, Ryouhei Seike, Takashi Kikukawa, Masashi Unno
    • 学会等名
      第60回 日本物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 多孔質ハイドロゲル固体試料中における紫膜積層に適した孔サイズ分布2022

    • 著者名/発表者名
      Yasunori Yokoyama, Morise Karasawa, Kingo Takiguchi, Hiroshi Takahashi, Takashi Kikukawa, Masashi Sonoyama, Koshi Takenaka
    • 学会等名
      第60回 日本物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 光駆動型Cl-ポンプ・ハロロドプシンの細胞質型ハーフチャンネルにおける高速Cl-輸送のメカニズム解明2022

    • 著者名/発表者名
      Zhai Yubo, Anna Shimosaka, Takashi Tsukamoto, Makoto Demura, Takashi Kikukawa
    • 学会等名
      第60回 日本物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 光駆動Cl-ポンプhalorhodopsin の基質放出・取込み中間体の同定2022

    • 著者名/発表者名
      Chihaya Hamada, Keisuke Murabe, Takashi Tukamoto, Makoto Demura, Takashi Kikukawa
    • 学会等名
      第60回 日本物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 低温ラマン分光法による光駆動Cl-ポンプNMR3 の発色団構造変化の研究2022

    • 著者名/発表者名
      Natsuki Ejima, Tomotsumi Fujisawa, Takashi Kikukawa, Masashi Unno
    • 学会等名
      第60回 日本物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 陸生アクチノバクテリア由来の新規微生物ロドプシン群2022

    • 著者名/発表者名
      Mako Ueno, Fumio Hayashi, Takashi Kikukawa, Masashi Sonoyama
    • 学会等名
      第60回 日本物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-06-20   更新日: 2024-12-25  

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