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人工細胞システムを用いた核酸医薬合成に資するポリメレースの人為進化

公募研究

研究領域生物を陵駕する無細胞分子システムのボトムアップ構築学
研究課題/領域番号 22H05402
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
研究機関東京大学

研究代表者

市橋 伯一  東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (20448096)

研究期間 (年度) 2022-06-16 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2023年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードポリメレース / 人為進化 / 進化工学 / 核酸医薬 / 無細胞合成生物学 / 進化実験 / ポリメラーゼ / in vitro evolution / DNA polymerase / 人工細胞
研究開始時の研究の概要

近年、ポリメレースを用いたmRNAワクチンや核酸医薬の合成が注目されている。本研究では、天然の細胞とは異なり代謝物をほとんど含まない“きれいな”人工細胞システム(再構成転写・翻訳系、DNA or RNA複製系、微小油中水滴を組み合わせたシステム)でポリメレースを人為進化させることにより、その活性を維持しながら基質特異性を下げる方法の確立を目指す。本研究により、従来の細胞を使った方法では得られない有用核酸の合成に資するポリメレースの人為進化が可能となる。

研究実績の概要

近年、ポリメレースを用いたmRNAワクチンや核酸医薬の合成が注目されている。ポリメレースを用いた合成では、化学合成よりも効率的に長鎖の核酸を合成できるが、その高い基質特異性が問題となる。mRNA医薬や核酸医薬は体内での分解を抑えるために人工的な修飾塩基を含むが、普通のポリメレースはこのような人工塩基をほとんど使うことができない。ポリメレースが高い基質特異性を持つ理由は、細胞内にある様々な代謝物のなかから正しい基質を使ってRNAやDNAを合成するために進化した結果だと考えられている。そこで本研究では、天然の細胞とは異なり代謝物をほとんど含まない“きれいな”人工細胞システム(再構成転写・翻訳系、DNA or RNA複製系、微小油中水滴を組み合わせたシステム)でポリメレースを人為進化させることにより、その活性を維持しながら基質特異性を下げる方法の確立を目指した。Phi29 DNAポリメレースとQbeta RNAポリメレースについてはこれに成功し、一部の非天然塩基の取り込み活性の向上した変異体を複数取得した。これらの変異体は、将来のポリメレースを使った医薬品開発に資すると期待される。また、当初の予測では、人工細胞システムで進化すれば非天然塩基の取り込み能は連続的に上昇すると考えていたが、実際には上がったり下がったりを繰り返すことが明らかとなった。今後は、どんな場合に上がり、どんな場合に下がるのかを明らかにすることが課題である。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Cell-free expression of RuBisCO for ATP production in the synthetic cells2023

    • 著者名/発表者名
      Sugii Shugo、Hagino Katsumi、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Synthetic Biology

      巻: 8 号: 1

    • DOI

      10.1093/synbio/ysad016

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Emergence of linkage between cooperative RNA replicators encoding replication and metabolic enzymes through experimental evolution2023

    • 著者名/発表者名
      Ueda Kensuke、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      PLOS Genetics

      巻: 19 号: 8 ページ: e1010471-e1010471

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1010471

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Minimal RNA self-reproduction discovered from a random pool of oligomers2023

    • 著者名/発表者名
      Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 14 号: 28 ページ: 7656-7664

    • DOI

      10.1039/d3sc01940c

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Progresses in Cell-Free In Vitro Evolution2023

    • 著者名/発表者名
      Seo Kaito、Hagino Katsumi、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Cell-free Production. Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology

      巻: 186 ページ: 121-140

    • DOI

      10.1007/10_2023_219

    • ISBN
      9783031430244, 9783031430251
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evolutionary transition from a single RNA replicator to a multiple replicator network2022

    • 著者名/発表者名
      Mizuuchi, R., Furubayashi, T., Ichihashi, N
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 1460-1460

    • DOI

      10.1038/s41467-022-29113-x

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transfer RNA Synthesis-Coupled Translation and DNA Replication in a Reconstituted Transcription/Translation System2022

    • 著者名/発表者名
      Miyachi Ryota、Shimizu Yoshihiro、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: 11 号: 8 ページ: 2791-2799

    • DOI

      10.1021/acssynbio.2c00163

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Relaxed Substrate Specificity in Qβ Replicase through Long-Term In Vitro Evolution2021

    • 著者名/発表者名
      Yukawa, K., Mizuuchi, R., Ichihashi, N
    • 雑誌名

      Life

      巻: 12 号: 1 ページ: 32-32

    • DOI

      10.3390/life12010032

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Development of diversity and ecological complexity in the experimental evolution of an RNA-protein replicator2023

    • 著者名/発表者名
      N. Ichihashi
    • 学会等名
      Molecular Origin of Life 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] What we can learn from creating life-like things?2023

    • 著者名/発表者名
      N. Ichihashi
    • 学会等名
      Japanese-Canadian Frontiers of Science Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Synthetic cell research in Asia (Japan): Evolution and regeneration of artificial cells.2023

    • 著者名/発表者名
      N. Ichihashi
    • 学会等名
      Asian Synthetic Biology Association Workshop
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] How does an RNA-protein replicator develop diversity and complexity through Darwinian evolution?2022

    • 著者名/発表者名
      Ichihashi N.
    • 学会等名
      NASA PCE3 workshop
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] How does an RNA-protein replicator develop diversity and complexity through Darwinian evolution?2022

    • 著者名/発表者名
      Ichihashi N.
    • 学会等名
      ELSI minisymposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2022-06-20   更新日: 2024-12-25  

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