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社会で実用可能な超越分子システムとしての人工細胞発酵法の確立

公募研究

研究領域生物を陵駕する無細胞分子システムのボトムアップ構築学
研究課題/領域番号 22H05432
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

藤原 慶  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 准教授 (20580989)

研究期間 (年度) 2022-06-16 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
9,620千円 (直接経費: 7,400千円、間接経費: 2,220千円)
2023年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2022年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
キーワード合成生物学 / 人工細胞 / 醗酵生産 / C1代謝 / 無細胞転写翻訳系 / 生合成 / 高分子混雑
研究開始時の研究の概要

これまで報告されている高度化された酵素法、合成生物学と酵素法を融合した手法(全細胞触媒法)、人工細胞工学の研究などを加味すると、人工細胞を用いた発酵生産を社会での活用可能なレベルに押し上げるためには少なくとも作製コスト、複雑な酵素反応の実現、機能モジュール化による組み合わせ手法の確立、という3つの課題を克服する必要がある。そこで本研究では、この3つの課題を足掛かりに、社会活用レベルでの人工細胞醗酵法の確立を実現するボトムアップ構築原理は何か?という学術的な問いをボトムアップ構築原理の学理へと転換し、微生物による発酵生産を超越した応用可能・社会実装に資する分子システムをボトムアップ構築する。

研究実績の概要

これまで報告されている高度化された酵素法、合成生物学と酵素法を融合した手法(全細胞触媒法)、人工細胞工学の研究などを加味すると、人工細胞を用いた発酵生産を社会での活用可能なレベルに押し上げるためには少なくとも(1)作製コスト、(2)複雑な酵素反応の実現、(3)機能モジュール化による組み合わせ手法の確立、という3つの課題を克服する必要がある。そこで本研究では、この3つの課題を足掛かりに、社会活用レベルでの人工細胞醗酵法の確立を実現するボトムアップ構築原理は何か?という学術的な問いをボトムアップ構築原理の学理へと転換し、微生物による発酵生産を超越した応用可能・社会実装に資する分子システムをボトムアップ構築することを目的とした。
2023年度は(3)を重点的に行った。具体的には、多糖の分解、人工細胞への糖の取り込み、糖の代謝のモジュールを検討した。多糖の分解については、αとγの2種のアミラーゼを利用することで、マルトデキストリンや片栗粉から生化学システムで利用可能な糖が形成できることを確認した。人工細胞への糖の取り込みについては、蛍光タンパク質によるグルコース濃度センサーを用いてリポソームにおけるグルコース取り込み能を確認したところ、予想に反しトランスポーターの導入なしにグルコースが自発的に取り込まれることを確認した。しかし、再構成された解糖系をリポソーム中に封入したところ、なんらかの理由によりATP分解が促進され、解糖系による物質生産が回らないという問題が明らかになった。そこで、糖の代謝に関し、解糖系と転写翻訳系の共役系を再構成し、その動態を解析した。結果、解糖系上流のATP利用反応と、下流のATP合成、これらと共役したATPase反応の速度バランスが綱引きのように作用し、ネットバランスではなく動態として系の運命が変動することが示された。この点において2報の論文を投稿中である。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Multimolecular Competition Effect as a Modulator of Protein Localization and Biochemical Networks in Cell‐Size Space2023

    • 著者名/発表者名
      Nishikawa Saki、Sato Gaku、Takada Sakura、Kohyama Shunshi、Honda Gen、Yanagisawa Miho、Hori Yutaka、Doi Nobuhide、Yoshinaga Natsuhiko、Fujiwara Kei
    • 雑誌名

      Advanced Science

      巻: 11 号: 6 ページ: 2308030-2308030

    • DOI

      10.1002/advs.202308030

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Controlling the Periodicity of a Reaction-Diffusion Wave in Artificial Cells by a Two-Way Energy Supplier2022

    • 著者名/発表者名
      Takada Sakura、Yoshinaga Natsuhiko、Doi Nobuhide、Fujiwara Kei
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 16 号: 10 ページ: 16853-16861

    • DOI

      10.1021/acsnano.2c06756

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 並行複醗酵をモデルとした人工細胞モジュール群の開発2024

    • 著者名/発表者名
      宮沢真太朗、佐藤岳、土居信英、藤原慶
    • 学会等名
      第18回無細胞生命科学研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 人工細胞を用いた並行複醗酵の実現へ2023

    • 著者名/発表者名
      宮沢真太朗、佐藤岳、土居信英、藤原慶
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会16.0
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 創る立場で補う遺伝学:細胞分裂面決定とゲノム転写翻訳2023

    • 著者名/発表者名
      藤原慶
    • 学会等名
      日本遺伝学会第95回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] In vitro reconstitution of glycolysis as the core metabolism of synthetic cell2023

    • 著者名/発表者名
      Gaku Sato, Nobuhide Doi, Kei Fujiwara
    • 学会等名
      SynCell2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 反応拡散波による人工細胞の時空間秩序制御2023

    • 著者名/発表者名
      髙田咲良、義永那津人、土居信英、藤原慶
    • 学会等名
      学術変革領域研究(A)「生物を凌駕する無細胞分子システムのボトムアップ構築学」2023年度領域会議
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 細胞の再構成に潜む落とし穴:共通要素効果と dATP 問題2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤岳、髙田咲良、土居信英、藤原慶
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会15.0
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 精製因子で創るトランスクリプトーム2022

    • 著者名/発表者名
      岡村奏知、齋藤圭佑、松井ゆきの、土居信英、藤原慶
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会15.0
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] C1化合物を代謝する人工細胞の構築2022

    • 著者名/発表者名
      狩行成、佐藤岳、髙田咲良、土居信英、藤原慶
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会15.0
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] サトウのPUREシステム2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤岳、土居信英、藤原慶
    • 学会等名
      第17回無細胞科学研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 果たして生物はATPとdATPの違いを認識しているのだろうか?2022

    • 著者名/発表者名
      藤原慶, 髙田咲良, 佐藤岳
    • 学会等名
      第17回無細胞科学研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 細胞を創る研究:ボトムアップ合成生物学への誘い2022

    • 著者名/発表者名
      藤原慶
    • 学会等名
      TARA Seminar理論合成インシリコ生物学セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 再構成研究:Min 波や解糖系はdATP でも動く2022

    • 著者名/発表者名
      髙田咲良、義永那津人、土居信英、藤原慶
    • 学会等名
      第18回大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-06-20   更新日: 2024-12-25  

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