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In-cell NMR構造解析技術の開発とER-Golgi膜接触領域構造体の解析

公募研究

研究領域クロススケール新生物学
研究課題/領域番号 22H05536
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅲ)
研究機関横浜国立大学

研究代表者

児嶋 長次郎  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 教授 (50333563)

研究期間 (年度) 2022-06-16 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円)
2023年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2022年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワードNMR / 蛋白質 / 立体構造解析 / 立体構造
研究開始時の研究の概要

NMRは、X線やCryo電顕では困難な溶液条件下での構造解析を得意とし、細胞内の蛋白質を細胞が生きている状態のまま構造解析できる唯一の手法である。しかし、生細胞内での蛋白質の構造解析は再現性や検出感度に問題があり、ヒト細胞での成功例はない。そこで、本研究では独自技術で超高感度化に成功したin-cell NMR法を発展させ、ヒト生細胞内蛋白質の立体構造解析技術を開発する。また、応募者らが独自開発した液-液相分離状態における蛋白質の構造解析技術などと組み合わせ、生細胞内におけるセラミド輸送蛋白質CERTとEP局在足場蛋白質VAPからなるER-Golgi膜接触領域の立体構造解析を目指す。

研究実績の概要

NMRは、X線やCryo電顕では困難な溶液条件下での構造解析を得意とし、細胞内の蛋白質を細胞が生きている状態のまま構造解析できる唯一の手法である。本研究では、「ヒトの細胞内で働いている蛋白質の姿は我々の知る蛋白質構造と同じなのか?」という問いに答えるため、(1)ヒト生細胞内蛋白質の立体構造解析技術の開発、(2)LLPS蛋白質のヒト生細胞内立体構造解析技術の開発、(3)セラミド輸送蛋白質CERTとEP局在足場蛋白質VAPからなるER-Golgi膜接触領域のヒト生細胞内立体構造解析、の3つの課題に取り組んできた。各課題に関する本年度の研究実績は以下の通り。

課題(1):ヒト生細胞内の蛋白質の立体構造変化やリン酸代謝を分単位精度でリアルタイム検出する技術の開発に取り組み、蛋白質間相互作用や蛋白質薬剤相互作用など分子間相互作用についても解析を進め、細胞内小胞内の酸性化プロセスのリアルタイム検出に成功した。
課題(2):LLPS状態のVAP蛋白質の真空紫外円偏光二色性スペクトルを測定・解析し、応募者らが決定した溶液NMR構造や結晶構造と比較した。LLPS状態と溶液状態で立体構造に大きな違いはなかったものの、明確な構造の違いが検出された。
課題(3):Cyo-EMを用いてCERT蛋白質全長にフォーカスを絞って立体構造解析を進めた。クライオでは像が得られなかったが、ネガティブ染色像からCERT蛋白質全長が3量体を形成していることが示唆された。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] UConn Health(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Czech Academy of Sciences/Czech Technical University(チェコ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Korea Basic Science Institute/University of Science and Technology/Chungnam National University(韓国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Hydrogen bonds connecting the N-terminal region and the DE loop stabilize the monomeric structure of transthyretin2023

    • 著者名/発表者名
      Inada Yuki、Ono Yuichiro、Okazaki Kyo、Yamashita Takuma、Kawaguchi Tomoyuki、Kawano Shingo、Kobashigawa Yoshihiro、Shinya Shoko、Kojima Chojiro、Shuto Tsuyoshi、Kai Hirofumi、Morioka Hiroshi、Sato Takashi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 174 号: 4 ページ: 355-370

    • DOI

      10.1093/jb/mvad049

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biological Magnetic Resonance Data Bank2022

    • 著者名/発表者名
      Hoch Jeffrey C、Baskaran Kumaran、Burr Harrison、Chin John、Eghbalnia Hamid?R、Fujiwara Toshimichi、Gryk Michael?R、Iwata Takeshi、Kojima Chojiro、Kurisu Genji、Maziuk Dmitri、Miyanoiri Yohei、Wedell Jonathan?R、Wilburn Colin、Yao Hongyang、Yokochi Masashi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 号: D1 ページ: D368-D376

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1050

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Multifunctional chemical inhibitors of the florigen activation?complex discovered by structure‐based high‐throughput screening2022

    • 著者名/発表者名
      Taoka Ken‐ichiro、Kawahara Ikumi、Shinya Shoko、Harada Ken‐ichi、Yamashita Eiki、Shimatani Zenpei、Furuita Kyoko、Muranaka Tomoaki、Oyama Tokitaka、Terada Rie、Nakagawa Atsushi、Fujiwara Toshimichi、Tsuji Hiroyuki、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      The Plant Journal

      巻: 112 号: 6 ページ: 1337-1349

    • DOI

      10.1111/tpj.16008

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] NMR determination of the 2:1 binding complex of naphthyridine carbamate dimer (NCD) and CGG/CGG triad in double-stranded DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Yamada Takeshi、Furuita Kyoko、Sakurabayashi Shuhei、Nomura Makoto、Kojima Chojiro、Nakatani Kazuhiko
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 50 号: 17 ページ: 9621-9631

    • DOI

      10.1093/nar/gkac740

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Physicochemical characterization of the catalytic unit of hammerhead ribozyme and its relationship with the catalytic activity.2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Tanaka, Daichi Yamanaka, Saori Morioka, Taishi Yamaguchi, Masayuki Morikawa, Takashi S. Kodama, Vladimir Sychrovsky, Chojiro Kojima and Yoshikazu Hattori
    • 雑誌名

      Biophysica

      巻: 127 号: 3 ページ: 221-239

    • DOI

      10.3390/biophysica2030022

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] <sup>19</sup>F chemical library and <sup>19</sup>F-NMR for a weakly bound complex structure2022

    • 著者名/発表者名
      Shinya Shoko、Katahira Ritsuko、Furuita Kyoko、Sugiki Toshihiko、Lee Young-Ho、Hattori Yoshikazu、Takeshita Kohei、Nakagawa Atsushi、Kokago Aoi、Akagi Ken-ichi、Oouchi Muneki、Hayashi Fumiaki、Kigawa Takanori、Takimoto-Kamimura Midori、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      RSC Medicinal Chemistry

      巻: 13 号: 9 ページ: 1100-1111

    • DOI

      10.1039/d2md00170e

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Crystal structure of potato 14-3-3 protein St14f revealed the importance of helix I in StFDL1 recognition2022

    • 著者名/発表者名
      Harada Ken-ichi、Furuita Kyoko、Yamashita Eiki、Taoka Ken-ichiro、Tsuji Hiroyuki、Fujiwara Toshimichi、Nakagawa Atsushi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 11596-11596

    • DOI

      10.1038/s41598-022-15505-y

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] NMR study of redox reaction of GPx4 and its regulation2023

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      10th Asia Pacific NMR Symposium (APNMR) 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] NMR tools developed for drug discovery and its application to DNA targeting small molecules2022

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      The 7th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 19F-STD NMR for 3D structure modeling of a weakly bound protein-drug complex2022

    • 著者名/発表者名
      Chojiro Kojima
    • 学会等名
      The 4th International Symposium of Structure-Based Drug Discovery & 2022 Annual Conference of the Korean Society for Structural Biology Joint Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例2023

    • 著者名/発表者名
      古板恭子、猪俣光稀、児嶋長次郎
    • 総ページ数
      530
    • 出版者
      技術情報協会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

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公開日: 2022-06-20   更新日: 2024-12-25  

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