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過硫化による機能調節メカニズムを解明するタンパク質NMR構造解析技術の開発

公募研究

研究領域新興硫黄生物学が拓く生命原理変革
研究課題/領域番号 22H05558
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅲ)
研究機関東京大学

研究代表者

徳永 裕二  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (80713354)

研究期間 (年度) 2022-06-16 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2023年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2022年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワードタンパク質 / システイン残基 / 過硫化/パーサルファイド化 / 核磁気共鳴(NMR) / 立体構造 / tRNA硫黄修飾 / 硫黄運搬 / 過硫化・多硫化 / 立体構造変化 / 核磁気共鳴法
研究開始時の研究の概要

硫化システイン残基を安定に保持したタンパク質試料を調製し、核磁気共鳴法によりその立体構造情報をありのままに解析する方法論を構築する。この方法論を、大腸菌におけるtRNA硫黄修飾を担うTus経路を構成するタンパク質群に適用する。このことにより、Tusタンパク質が硫黄運搬に際して積荷硫黄をシステイン残基に付加することで形成される硫化状態の立体構造を解析し、硫化に伴い誘起される構造変化を介した硫黄運搬効率の制御機構を明らかとする。

研究実績の概要

本研究課題では、タンパク質中のシステイン残基の側鎖チオールSH基に硫黄原子が付加されSSH基となる「過硫化」状態が、生体内に幅広く存在し、様々な生命現象に関与するとの近年の知見の蓄積を受けて、このようなタンパク質の過硫化が、タンパク質の立体構造にどのような影響を与えることで、その機能制御を行うのかを明らかとしようとしてきた。この目的の元、既に過硫化状態をその生理機能に利用することが分かっている、大腸菌のtRNAのU34の2位の硫黄修飾に必要とされるTusタンパク質群のひとつ、TusEを対象として、溶液NMR法による構造生物学的研究を実施した。TusEは、運動の自由度が高いC末端領域のC108に、積荷硫黄原子を過硫化状態として保持することが知られている。NMR解析の結果、TusEはC108を過硫化されると、C末端領域と構造形成領域の間に相互作用を形成することが明らかとなった。網羅的な変異体解析より、C末端領域との相互作用が減弱する変異体を取得し、その生化学的なアッセイを行ったところ、TusE遺伝子を欠損した大腸菌株に当該TusE変異体の遺伝子をプラスミドとして導入した時の、tRNA硫黄修飾量およびこれに依拠した大腸菌の生育速度は、野生型のTusEを導入した時と比較して有意に小さいことが確認された。したがって、過硫化状態におけるTusEのC末端領域の相互作用形成は、積荷硫黄原子を周囲の酸化性物質等から保護し、tRNAへの硫黄運搬を高効率化する役割を担うと結論した。同成果は、査読付き論文として国際誌に発表を予定している。
また、領域内で複数の共同研究に着手し、うち1件は現時点で論文発表を行った。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] The oxidative folding of nascent polypeptides provides electrons for reductive reactions in the ER2023

    • 著者名/発表者名
      Uegaki Kaiku、Tokunaga Yuji、Inoue Michio、Takashima Seiji、Inaba Kenji、Takeuchi Koh、Ushioda Ryo、Nagata Kazuhiro
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 42 号: 7 ページ: 112742-112742

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2023.112742

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 核磁気共鳴法によるタンパク質の機能制御機構の解析とレドックス系への応用2023

    • 著者名/発表者名
      徳永 裕二
    • 学会等名
      レドックス R&D 戦略研究会 夏のシンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌由来tRNA硫黄修飾関連タンパク質TusEによる硫黄運搬の構造機構の溶液NMR解析2023

    • 著者名/発表者名
      徳永 裕二, 鴫 直樹, 竹内 恒
    • 学会等名
      第96回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌由来tRNA硫黄修飾関連タンパク質TusEによる硫黄運搬の構造機構の溶液NMR解析2022

    • 著者名/発表者名
      徳永 裕二, 鴫 直樹, 嶋田 一夫, 竹内 恒
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] An NMR approach for elucidating the mechanism of functional regulation of proteins by persulfidation2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Tokunaga, Naoki Shigi, Ichio Shimada, and Koh Takeuchi
    • 学会等名
      Redox Week in Sendai 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2022-06-20   更新日: 2024-12-25  

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