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高速ロバストランダムウォークの設計に基づく物質デザイン

公募研究

研究領域コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス
研究課題/領域番号 23104511
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関九州大学

研究代表者

小野 廣隆  九州大学, 経済学研究科(研究院), 准教授 (00346826)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2012年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2011年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード物質デザイン / シミュレーション / ランダムウォーク / ギブス分布 / グラフ / 到達時間 / 全訪問時間 / 結合モデル
研究概要

本研究では,「物質デザイン」のコンピューティクスに適した物質生成・加工のダイナミクスに対するランダムウォークモデルを提案する.物質生成・加工において,対象となる分子の集合の状態とそれらの結合関係がなす遷移関係は,前者を頂点,後者を辺とした有
限グラフとして記述できる.化学反応はマルコフ的(無記憶的),つまり現在分子集合がどの状態にあるかのみに依存し,過去にどの反応経路を経由してその状態に到達したかによらない形で起こる.以上を考えると,物質生成・加工のプロセスにおける分子反応は,
有限状態マルコフ連鎖,すなわち有限グラフ上のランダムウォークとしてモデル化できる.すなわち物質デザインは化学反応設計でありランダムウォーク設計となる.よってこれに望ましいランダムウォークの設計論が加われば,望ましい物質の生成プロセス自体を設計することが可能となる.本研究では,実際にコンピューティクスにおいて利用可能な「モデル」として,十分大きい複数の状態を1頂点として代表させた,いわば近似モデルとしての物質生成ダイナミクス・ランダムウォークモデルの提案を目指す.すなわち,本研究は1)物質生成ダイナミクスに対するランダムウォークモデルの提案と,2)そのモデルに適した望ましいランダムウォークの設計論,の提供を目指すものである.
平成24年度研究では,1) 前年度に提案した複数のDNA配列が結合する様子のシミュレーションモデルに基づく計算実験を行った.また,2)複数粒子の結合系のランダムウォークの到達時間,全訪問時間の関係式の導出に成功した.さらに粒子結合モデルにおける,結合時間の非自明な上界値の導出に成功した 1)の結果は今後,高速・低速なDNA結合系のデザインへ結びつくと考えられる.

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2014 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Coalescing Random Walks and Voting on Connected Graphs2013

    • 著者名/発表者名
      Colin Cooper, Robert Elsaesser, Hirotaka Ono, Tomasz Radzik
    • 雑誌名

      SIAM J. Discrete Math.

      巻: 27(4) 号: 4 ページ: 1748-1758

    • DOI

      10.1137/120900368

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coalescing random walks and voting on graphs2012

    • 著者名/発表者名
      Colin Cooper, Robert Elsässer, Hirotaka Ono, Tomasz Radzik
    • 雑誌名

      Proceeding PODC '12 Proceedings of the 2012 ACM symposium on Principles of distributed computing

      巻: - ページ: 47-56

    • DOI

      10.1145/2332432.2332440

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Extension of Matthews' Bound to Multiplex Random Walks2012

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Hosaka, Yukiko Yamauchi, Shuji Kijima, Hirotaka Ono, Masafumi Yamashita
    • 雑誌名

      2012 IEEE 26th International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops & PhD Forum

      巻: - ページ: 872-877

    • DOI

      10.1109/ipdpsw.2012.107

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fast Random Walks on Finite Graphs and Graph Topological Information2011

    • 著者名/発表者名
      Hirotaka Ono
    • 雑誌名

      Second International Conference on Networking and Computing, ICNC 2011

      巻: - ページ: 360-363

    • DOI

      10.1109/icnc.2011.70

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [雑誌論文] Approximability of the path-distance-width for AT-free graphs2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Otachi
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 6986 ページ: 271-282

    • DOI

      10.1007/978-3-642-25870-1_25

    • ISBN
      9783642258695, 9783642258701
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Robustness Criteria of Hybridization of double-stranded DNA Sequences2014

    • 著者名/発表者名
      Hirotaka Ono
    • 学会等名
      EURO Mini conference on Optimization in Natural Sciences
    • 発表場所
      Aveiro, Portugal
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Robustness Criteria of Hybridization of double-stranded DNA Sequences2013

    • 著者名/発表者名
      Hirotaka Ono
    • 学会等名
      CBI学会2013年大会
    • 発表場所
      東京都江戸川区
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Coalescing random walks and voting on graphs2012

    • 著者名/発表者名
      Colin Cooper
    • 学会等名
      2012 ACM symposium on Principles of distributed computing
    • 発表場所
      Funchal, Madeira, Portugal
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
  • [学会発表] An Extension of Matthews' Bound to Multiplex Random Walks2012

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Hosaka
    • 学会等名
      26th IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops & PhD Forum
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Robustness Criteria of Hybridization of double-stranded DNA Sequences2012

    • 著者名/発表者名
      Hirotaka Ono
    • 学会等名
      nternational Symposium on Computics: Quantum Simulation and Design (ISC-QSD)
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] An Extension of Matthews' Bound to Multiplex Random Walks2012

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Hosaka, Yukiko Yamauchi, Shuji Kijima, Hirotaka Ono, Masafumi Yamashita
    • 学会等名
      26th IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops & PhD Forum, IPDPS 2012
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Fast Random Walks on Finite Graphs and Graph Topological Information2011

    • 著者名/発表者名
      Hirotaka Ono
    • 学会等名
      2011 Second International Conference on Networking and Computing, 2011
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Approximability of the Path-Distance-Width for AT-free Graphs2011

    • 著者名/発表者名
      Yota Otachi, Toshiki Saitoh, Katsuhisa Yamanaka, Shuji Kijima, Yoshio Okamoto, Hirotaka Ono, Yushi Uno, Koichi Yamazaki
    • 学会等名
      7th International Workshop, WG 2011, Teplá Monastery, Czech Republic,
    • 発表場所
      Teplá Monastery, Czech Republic
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考] 九州大学 研究者情報

    • URL

      http://hyoka.ofc.kyushu-u.ac.jp/search/details/K000224/research.html

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

URL: 

公開日: 2011-04-06   更新日: 2019-07-29  

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