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蛋白質の選択的な相互作用に必要な蛋白質構造揺らぎの検出

公募研究

研究領域揺らぎが機能を決める生命分子の科学
研究課題/領域番号 23107715
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関京都大学

研究代表者

今元 泰  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (80263200)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
7,020千円 (直接経費: 5,400千円、間接経費: 1,620千円)
2012年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2011年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワードシステイン / HD交換反応 / 構造変化 / ロドプシン / 赤外分光
研究実績の概要

代表的なG蛋白質共役型受容体であるロドプシン(網膜の光センサー蛋白質)の任意の部位にシステイン残基を導入し、その側鎖のH/D交換反応から構造揺らぎを検出することを試みた。システイン側鎖のH/D交換は、フーリエ変換赤外分光法(FTIR)で検出した。システイン残基のSH基に由来する振動モードは2525-2585cm-1という比較的狭い領域に見られるが、この領域では蛋白質の他の振動モードの寄与が小さいため、低いバックグラウンドで高精度の測定が可能であると期待された。そこで、発色団近傍のAla117、およびThr118をCysに置換したロドプシン変異体を作成した。これらを組み込んだリポソームを乾燥させ、H2Oの水蒸気で水和後、FTIR測定に用いた。80Kで光照射することにより、バソ中間体と暗状態の差FTIRスペクトルを測定した。発色団の異性化にともなってCys117とCys118の周辺には環境変化が起こるため、Cysに由来するSHモードの変化が観測された。
次に、D2Oで一定時間水和した試料を用いて同様の測定を行った。SH基の振動バンドはH/D交換によって大きく変化するため、2525cm-1から2585cm-1までの波数領域から消失する。A117Cでは、ほぼ完全にシグナルが消失したのに対して、T118では45%程度が残存していた。これらの実験では、暗状態ロドプシンを重水和したため、これらの違いは暗状態のH/D交換速度の違いを反映していると考えられる。しかしながら、暗状態の結晶構造(1U19)から予測される溶媒露出表面積は、117位よりも118位の方が大きいので、この差は単に露出面積だけではなく、構造揺らぎを反映していることが示唆された。

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Photochemical nature of parietopsin.2012

    • 著者名/発表者名
      K. Sakai, Y. Imamoto, C.Y. Su, H. Tsukamoto, T. Yamashita, A. Terakita, K.W. Yau and Y. Shichida
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 51 号: 9 ページ: 1933-41

    • DOI

      10.1021/bi2018283

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The C-Terminus of the G Protein α Subunit Controls the Affinity of Nucleotides2012

    • 著者名/発表者名
      Naoki Kimata, Takahiro Yamashita, Take Matsuyama, Yasushi Imamoto, Yoshinori Shichida
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 51 号: 13 ページ: 2768-2774

    • DOI

      10.1021/bi201702d

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparative studies on the late bleaching processes of four kinds of cone visual pigments and rod visual pigment2012

    • 著者名/発表者名
      K. Sato, T. Yamashita, Y. Imamoto and Y. Shichida
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 51 号: 21 ページ: 4300-8

    • DOI

      10.1021/bi3000885

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photochemical properties of mammalian melanopsin.2012

    • 著者名/発表者名
      T. Matsuyama, T. Yamashita, Y. Imamoto and Y. Shichida
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 51 号: 27 ページ: 5454-62

    • DOI

      10.1021/bi3004999

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Vertebrate ancient-long opsin has molecular properties intermediate between those of vertebrate and invertebrate visual pigments2011

    • 著者名/発表者名
      Keita Sato, Takahiro Yamashita, Hideyo Ohuchi, Yoshinori
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 50 号: 48 ページ: 10484-10490

    • DOI

      10.1021/bi201212z

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Light-induced structural changes of rhodopsin probed by cysteine S-H stretching vibrations2012

    • 著者名/発表者名
      Imamoto, Y.
    • 学会等名
      15th International Conference on Retinal Proteins
    • 発表場所
      Ascona, Switzerland
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ロドプシン活性化の一分子計測2011

    • 著者名/発表者名
      今元泰
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学姫路書写キャンパス(兵庫県)(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Activation mechanism of visual transduction studied by fluorescence spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Imamoto, Y.
    • 学会等名
      5th Asia and Oceania Conference for Photobiology
    • 発表場所
      Nara Prefectural New Public Hall(奈良県)(招待講演)
    • 年月日
      2011-07-30
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://photol.biophys.kyoto-u.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

URL: 

公開日: 2011-04-06   更新日: 2018-03-28  

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