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高エネルギー構造の解明による蛋白質構造揺らぎの可視化

公募研究

研究領域揺らぎが機能を決める生命分子の科学
研究課題/領域番号 23107729
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関立命館大学

研究代表者

北原 亮  立命館大学, 薬学部, 准教授 (70512284)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
7,280千円 (直接経費: 5,600千円、間接経費: 1,680千円)
2012年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2011年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
キーワード高圧力 / 蛋白質 / 揺らぎ / 変性 / 準安定構造 / NMR / 構造揺らぎ / ユビキチン
研究実績の概要

蛋白質構造において、天然状態を逸脱した高エネルギー状態の存在が溶液NMR法で確認されているが、構造やダイナミクス、安定性の解析、機能的意義の解明は天然状態ほど進んでいない。蛋白質の高エネルギー状態を圧力下で安定化させ、NMRによる立体構造を行い、最安定状態から変性状態までの一連の構造変化を可視化する事ができる。これまでに高圧力NMR法によりユビキチンには、最安定状態N1の他に準安定状態N2や局所変性状態I、完全変性状態Dが存在することを明らかにしてきた。また3000気圧下でN2構造を78%まで分布させ、立体構造解析に成功している。N2構造の精密構造解析や、機能的意義の研究のために1気圧下でN2構造が安定化された変異体を合理的に設計することを試みた。
1気圧下でのN1構造と3000気圧下でのN2構造の立体構造比較から、I36-Q41間の水素結合長とK11-E34間の塩橋が大きく変化していることが明らかになった。そこで、水素結合と塩橋の相互作用を減弱させるためにQ41A, Q41N, K11A, E34A変異体を作成し、高圧力NMR測定を含む各種NMR測定に基づいて、立体構造、ダイナミクス、熱力学的安定性の解析を行った。
圧力(3000-30 bar)による化学シフト変化と変異による化学シフト変化に相関がみられたことから、加圧時と同様に変異によってもN2構造の安定化が示唆された。最も化学シフト変化量が大きいQ41Nについて、高圧力NMR法によりN2構造の分布率が70%程度と分かった。距離情報(NOE)と角度情報(RDC, TALOS+)からQ41Nの精密な立体構造に成功した。Q41Nは、8-44-70からなる疎水性パッチの構造は保持しつつも、高圧下で決定されたWTのN2構造と同様に、α-helix, loop, β3-strand, β5-strandの配向が変化していた。

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (37件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (27件) 図書 (2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Exploring the folding energy landscape with pressure2013

    • 著者名/発表者名
      K. Akasaka, R. Kitahara, Y. O. Kamatari
    • 雑誌名

      Arch. biochem. biophys

      巻: 531 号: 1-2 ページ: 110-115

    • DOI

      10.1016/j.abb.2012.11.016

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solution structure of the Q41N variant of ubiquitin as a model for the alternatively folded N2 state of ubiquitin2013

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Kitazawa, Tomoshi Kameda, Maho Yagi-Utsumi, Kenji Sugase, Nicola J. Baxter, Koichi Kato, Michael P. Williamson, Ryo Kitahara.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 52 号: 11 ページ: 1874-1885

    • DOI

      10.1021/bi301420m

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pressure-induced chemical shifts as probes for conformational fluctuations in proteins2013

    • 著者名/発表者名
      Kitahara R, Hata K, Li H, Williamson MP, Akasaka K.
    • 雑誌名

      Prog Nucl Magn Reson Spectrosc.

      巻: 71 ページ: 35-58

    • DOI

      10.1016/j.pnmrs.2012.12.001

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 高圧力NMR法で観る蛋白質の高エネルギー構造2012

    • 著者名/発表者名
      北原亮
    • 雑誌名

      Bulltin of the nuclear magnetic resonance society of Japan

      巻: 3 ページ: 46-50

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A delicate interplay of structure, dynamics and thermodynamics for function. A high pressure NMR and fluorescence study of Outer surface protein A2012

    • 著者名/発表者名
      Kitahara R., Simorellis A.K., Hata K., Maeno A., Yokoyama, S., Koide S., Akasaka K.
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 102 号: 4 ページ: 916-926

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2011.12.010

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural plasticity of staphylococcal nuclease probed by perturbation with pressure and pH2011

    • 著者名/発表者名
      Kitahara R., Hata K.Maeno A., Akasaka K., Chimenti M.S., Garcia-Moreno B.E., Schroer M.A., Jeworrek C., Tolan M., Winter R., Roche J., Roumestand C., de Guillen K.M., Royer C.
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 79 号: 4 ページ: 1293-1305

    • DOI

      10.1002/prot.22966

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Pressure induced chemical shifts as probes for conformational fluctuations in proteins2012

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kitahara, Kazumi Hata, Hua Li, M. P. Williamson, Kazuyuki Akasaka
    • 学会等名
      The 6th international symposium Molecular Science of fluctuations toward biological functions
    • 発表場所
      京都テルサ、京都府
    • 年月日
      2012-12-05
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Solution structure of the alternatively folded state of ubiquitin2012

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Kitazawa, TOmoshi Kameda, Maho Yagi-Utsumi, Kenji Sugase, Nicola Baxter, Koichi Kato, M. P. Williamson, Ryo Kitahara
    • 学会等名
      The 6th international symposium Molecular science of fluctuations toward biological functions
    • 発表場所
      京都テルサ、京都府
    • 年月日
      2012-12-05
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Pressure induced chemical shifts as probes for conformational fluctuations in proteins2012

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kitahara, Kazumi Hata, Hua Li, Michael P. Williamson, Kazuyuki Akasaka
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 発表場所
      ウインクあいち、愛知県
    • 年月日
      2012-11-08
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ユビキチンの高エネルギー状態N2の立体構造解明2012

    • 著者名/発表者名
      北沢創一郎、亀田倫史、矢木真穂、菅瀬謙治、Nicola Baxter, 加藤晃一、Michael P. Williamson、北原亮
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 発表場所
      ウインクあいち、愛知県
    • 年月日
      2012-11-08
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] キャビティーが決める蛋白質構造の揺らぎ:T4リゾチームの13C, 15N, 1H高圧NMR2012

    • 著者名/発表者名
      前野覚大、北原亮、横山茂之、F. W. Dahlquist, F. F. A. Mulder, 赤坂一之
    • 学会等名
      第51回NMR討論会
    • 発表場所
      ウインクあいち、愛知県
    • 年月日
      2012-11-08
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Pressure induced chemical shifts as probes for conformational fluctuations in proteins2012

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kitahara, Kazumi Hata, Hua Li, MIke Williamson, Kazuyuki Akasaka
    • 学会等名
      7th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology
    • 発表場所
      ピアザ淡海、滋賀県
    • 年月日
      2012-10-29
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Solution structure of high Gibbs free energy state of ubiquitin2012

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Kitazawa, Tomoshi Kameda, Maho Yagi, Kenji Sugase, Nicky Baxter, Koichi Kato, Mike Williamson, Kazuyuki Akasaka
    • 学会等名
      7th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology
    • 発表場所
      ピアザ淡海、滋賀県
    • 年月日
      2012-10-29
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Solution structure of the alternatively folded state of ubiquitin2012

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Kitazawa, TOmoshi Kameda, Maho Yagi, Kenji SUgase, Nicola Baxter, Koichi Kato, Michael P. Williamson, Ryo Kitahara
    • 学会等名
      第50回生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス、愛知県
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Conformational fluctuation of ubiquitin probed by perturbation with pressure and mutation2012

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kitahara, Soichiro Kitazawa, Maho Yagi-Utsumi, Nicky Baxter, Mike Williamson, and Koichi Kato
    • 学会等名
      XXVth ICMRBS
    • 発表場所
      リヨン、フランス
    • 年月日
      2012-08-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] NOE-derived solution structure of the high-energy open conformer N2 of ubiquitin2012

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Kitazawa, Tomoshi Kameda, Maho Yagi-Utsumi, Kenji Sugase, Koichi Kato, Ryo Kitahara
    • 学会等名
      XXVth ICMRBS
    • 発表場所
      リヨン、フランス
    • 年月日
      2012-08-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 準安定構造に着目した構造-機能相関:ユビキチン、ジユビキチン2012

    • 著者名/発表者名
      北原亮
    • 学会等名
      第3回バイオ単分子研究会
    • 発表場所
      新世代研究所会議室(東京都)(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] DESIGN STRATEGY FOR HIGH FREE-ENERGY STATES OF PROTEINS BASED ON HIGH-PRESSURE NMR STUDY : ALTERNATIVELY FOLDED CONFORMATION OF UBIQUITIN2012

    • 著者名/発表者名
      Kitahara R., Kitazawa S., Yagi-Utsumi M., Ido A., Urushitani M., Sugase K., Kato K.
    • 学会等名
      Biophysical Society 56th Annual Meeting
    • 発表場所
      サンディエゴUSA
    • 年月日
      2012-02-26
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Structure and Function of NMR "invisible" states of proteins2012

    • 著者名/発表者名
      北原亮
    • 学会等名
      よこはま構造生物学研究会第43回ワークショップ
    • 発表場所
      理化学研究所横浜研究所交流棟ホール(神奈川県)(招待講演)
    • 年月日
      2012-02-06
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] High pressure NMR reveals a delicate interplay of protein's structure, dynamics, and thermodynamics for function2012

    • 著者名/発表者名
      北原亮
    • 学会等名
      RRR国際シンポジウム
    • 発表場所
      首都大学東京秋葉原サテライトキャンパス(東京都)
    • 年月日
      2012-01-25
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Structure, dynamics and function of high-energy state mutant of ubiquitin : Structure, dynamics and function of high-energy state mutant of ubiquitin2012

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Kitazawa, Maho Yagi-Utsumi, Kenji Sugase, Koichi Kato, Ryo Kitahara
    • 学会等名
      The 5th International Symposium for Molecular Science of Fluctuations to ward Biological Functions
    • 発表場所
      東大寺総合文化センター(奈良県)
    • 年月日
      2012-01-07
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Two natively folded conformations of folate-bound forms of E.coli DHFR-D27E mutant2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoko Kunihara, Soichiro Kitazawa, Naohiro Kobayashi, Eiji Ohmae, Ryo Kitahara
    • 学会等名
      The 5th International Symposium for Molecular Science of Fluctuations to ward Biological Functions
    • 発表場所
      東大寺総合文化センター(奈良県)
    • 年月日
      2012-01-07
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Two natively folded conformations of folate-bound form of E.Coli DHFR-D27E mutant2011

    • 著者名/発表者名
      Tomoko Kunihara, Soichiro Kitazawa, Naohiro Kobayashi, Eiji Ohmae, Ryo Kitahara
    • 学会等名
      ISNMR
    • 発表場所
      大さん橋ホール(神奈川県)
    • 年月日
      2011-11-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Conformational fluctuation of Lys48-linked diubiquitin studied by high pressure NMR spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kitahara, Takashi Hirano, Maho Yagi, Kazumi Hata, Kazuyuki Akasaka, Koichi Kato
    • 学会等名
      ISNMR
    • 発表場所
      大さん橋ホール(神奈川県)
    • 年月日
      2011-11-15
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 高圧力NMRによる構造生物学の新展開2011

    • 著者名/発表者名
      北原亮
    • 学会等名
      NEDO特別講演会
    • 発表場所
      東京大学薬学部講堂(東京都)(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-13
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Cavity hydration and the dynamics of a protein2011

    • 著者名/発表者名
      前野覚大、北原亮、鎌足雄司、Sunilkumar PN、赤坂一之
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] High pressure NMR discloses a rich world of high-energy structures of proteins2011

    • 著者名/発表者名
      北原亮
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • 年月日
      2011-09-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Cavity hydration as a gatewayto internal movility : A high pressure 13C and 15N NMR study of T4 lysozyme2011

    • 著者名/発表者名
      Akihiro Maeno, Ryo Kitahara, Fredelrick Dahlquist, Shegeyuki Yokoyama, Frans Mulder, Kazuyuki Akasaka
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • 年月日
      2011-09-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] A design strategy of high-energy states of proteins based on high pressure NMR study2011

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Kitazawa, Maho Yagi, Kenji Sugase, Koichi Kato, Ryo Kitahara
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • 年月日
      2011-09-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 蛋白質の準安定状態に着目した新しい構造生物学の展開2011

    • 著者名/発表者名
      北原亮
    • 学会等名
      蛋白質研究所セミナー
    • 発表場所
      大阪大学蛋白研究所(大阪府)(招待講演)
    • 年月日
      2011-07-29
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 高圧力NMRで観る蛋白質の高エネルギー構造と水和2011

    • 著者名/発表者名
      北原亮、前野覚大、赤坂一之
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
    • 年月日
      2011-06-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ユビキチンの高エネルギー構造安定化変異体2011

    • 著者名/発表者名
      北沢創一郎、矢木真穂、菅瀬謙治、加藤晃一
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
    • 年月日
      2011-06-08
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質の高エネルギー構造に注目した新しい構造生物学の展開2011

    • 著者名/発表者名
      北原亮
    • 学会等名
      第2回若手育成講習会
    • 発表場所
      大阪大学蛋白研究所(大阪府)(招待講演)
    • 年月日
      2011-04-26
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] 生体分子の動きを探る2013

    • 著者名/発表者名
      寺嶋正秀 編
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] 広がるNMRの世界2011

    • 著者名/発表者名
      朝倉哲郎編著
    • 出版者
      コロナ社
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考] 立命館大学薬学部 生体分子構造学研究室

    • URL

      http://www.ritsumei.ac.jp/pharmacy/kitahara/kitahara_lab.html

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.ritsumei.ac.jp/phamacy/kitahara/kitahara_lab.html

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

URL: 

公開日: 2011-04-06   更新日: 2018-03-28  

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