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動く細胞の情報プロセスによって、ゆらぎから生起する秩序の情報論的な解明

公募研究

研究領域動く細胞と場のクロストークによる秩序の生成
研究課題/領域番号 23111531
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

柴田 達夫  独立行政法人理化学研究所, フィジカルバイオロジー研究ユニット, ユニットリーダー (10359888)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
8,710千円 (直接経費: 6,700千円、間接経費: 2,010千円)
2012年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2011年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
キーワード細胞運動 / 走化性細胞 / 細胞形態 / 定量生物学 / 理論生物学 / フィジカルバイオロジー / 走化性 / 自発運動 / 確率モデル
研究実績の概要

細胞の確率統計的なシステムで、また細胞のまわりの環境もまた大きくゆらいでいる。それにもかかわらず、細胞は環境の情報を適切に感じ取り、処理をし、応答をする。走化性細胞は外部の誘引物質の濃度が低く緩やかな勾配を効率良く検出することが出来る。この効率の良い走化性情報処理の背後にある機構を理解するために、細胞の勾配検出、細胞の形態変化、運動に関する理論的な研究を、コンセプトモデルを用いて行った。わたしたちの研究から、細胞外の濃度勾配から、レセプターで検出できる勾配情報の最大値は、レセプターとリガンドの反応の確率性に大きく影響を受けることが分かった。もしも細胞が濃度勾配の大きさと方向の両方を検出しているとすると、伸長した形態の細胞は、伸長方向と垂直方向に移動する傾向がある。一方、勾配の方向だけを検出する場合、細胞は伸長の方向に運動する傾向がある。(Baba, et al. 2012)さらに細胞の運動方向の確率密度関数は、これらの2つの場合で定性的に違っていることが分かった。(Hiraiwa et al. 2013)。実験によって計測された細胞性粘菌の運動方向の確率密度関数は、これらの場合のうち、勾配方向のみを検出する場合と一致した。さらに細胞の極性形成が勾配検出の能力を増加させることがわかった。
細胞性粘菌などのアメーバ様の運動をする細胞は複雑な形態を変化させて移動する。わたしたちは細胞の形態の統計的な性質を調べた。その結果、細胞性粘菌の複雑な形態は、適切な座標を選ぶことで、比較的少数の自由度で表わされることが分かった。

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (16件) (うち招待講演 5件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Theoretical model for cell migration with gradient sensing and shape deformation2013

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Hiraiwa, Akinori Baba and Tatsuo Shibata
    • 雑誌名

      Eur. Phys. J. E

      巻: 36 号: 4 ページ: 32-32

    • DOI

      10.1140/epje/i2013-13032-1

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Asymmetric PTEN distribution regulated by spatial heterogeneity in membrane-binding state transitions.2013

    • 著者名/発表者名
      Matsuoka S
    • 雑誌名

      PLoS Computational Biology

      巻: 9 号: 1 ページ: e1002862-e1002862

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1002862

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Directional sensing of deformed cells under faint gradients2012

    • 著者名/発表者名
      Akinori Baba, Tetsuya Hiraiwa, and Tatsuo Shibata
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 86 号: 6

    • DOI

      10.1103/physreve.86.060901

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Relation of Signal Transduction to The Sensitivity and Dynamic Range of Bacterial Chemotaxis2012

    • 著者名/発表者名
      Toshinori Namba, Masatoshi Nishikawa, Tatsuo Shibata
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 103 号: 6 ページ: 1390-1399

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2012.08.034

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modeling the self-organized phosphatidylinositol lipid signaling system in chemotactic cells using quantitative image analysis2012

    • 著者名/発表者名
      Shibata T
    • 雑誌名

      Journal of Cell Science

      巻: 125 ページ: 5138-5150

    • DOI

      10.1242/jcs.108373

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hierarchical organization of noise generates spontaneous signal in Paramecium cell2011

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Ooyama, Tatsuo Shibata
    • 雑誌名

      J Theor Biol

      巻: 283 ページ: 1-9

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activation Kinetics of RAF Protein in the Ternary Complex of RAF, RAS-GTP, and Kinase on the Plasma Membrane of Living Cells : SINGLE-MOLECULE IMAGING ANALYSIS2011

    • 著者名/発表者名
      Kayo Hibino, Tatsuo Shibata, Toshio Yanagida, Yasushi Sako
    • 雑誌名

      J Biol Chem

      巻: 286 ページ: 3640-36468

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 真核細胞の走化性シグナル伝達系の自己組織化による勾配のセンシング2013

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 学会等名
      理研シンポジウム:細胞システム動態と論理Ⅴ
    • 発表場所
      理化学研究所、和光
    • 年月日
      2013-03-21
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Self-organization in polarity formation and gradient sensing in eukaryotic chemotaxis2013

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 学会等名
      The First Annual Winter q-bio Meeting
    • 発表場所
      Hawaii ,Honolulu
    • 年月日
      2013-02-18
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 走化性細胞における1細胞の自己組織化を実験、統計解析、理論モデル化から解明する2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 学会等名
      数学と現象:Mathematics and Phenomena2012
    • 発表場所
      宮崎大学工学部
    • 年月日
      2012-11-16
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] self-organization in the processes of inherent polarity formation, gradient sensing, and directional motility in eukaryotic chemotaxis2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 学会等名
      NECD12 - International Conference of GRK 1558 “NonEquilibrium Collective Dynamics:#8232;Bridging the Gap between Hard and Soft Materials”
    • 発表場所
      Potsdam, Germany
    • 年月日
      2012-10-01
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Fluctuating signals in cellular signal transduction systems2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 学会等名
      第50 回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学 東山キャンパス
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Self-Organization in Signaling System of Eukaryotic Chemotaxis2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 学会等名
      Dynamic Days Asia Pacific7
    • 発表場所
      Academia Sinica, Taipei, Taiwan
    • 年月日
      2012-08-05
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Self-organization of intracellular signaling system in single chemotactic cells2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 学会等名
      Nonlinear Partial Differential Equations: Theory and Applications to Complex Systems An International Conference in honor of Hiroshi Matano
    • 発表場所
      Institute of Advanced Scientific Studies Marilyn and James Simon Conference Center, Paris, France.
    • 年月日
      2012-06-25
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 走化性シグナル伝達系の自己組織化と応答に実験と理論からアプローチする2011

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 学会等名
      日本発生生物学会秋期シンポジウム2011
    • 発表場所
      岡崎カンファレンスセンター(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-19
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Self-organization in signaling system of chemotactic cells2011

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 学会等名
      Modeling and Analysis in the Life Sciences
    • 発表場所
      東京大学(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-28
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] リズムと生物学2011

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 学会等名
      RIMS研究集会第8回生物数学の理論とその応用
    • 発表場所
      京都大学数理解析研究所(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 走化性細胞における細胞の自発的な極性形成と勾配認識2011

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 学会等名
      CBI/JSBi2011
    • 発表場所
      神戸国際会議場(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-08
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Progress in the understanding of intracellular signaling networks of molecules2011

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県県立大学姫路書写キャンパス(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 細胞の走化性シグナル伝達系の自己組織化と応答2011

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 学会等名
      第21回日本数理生物学会年会
    • 発表場所
      明治大学(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-13
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 走化性シグナル分子の示す興奮性2011

    • 著者名/発表者名
      西川正俊
    • 学会等名
      第21回日本数理生物学会年会
    • 発表場所
      明治大学(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-13
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Spontaneous symmetry breaking and signal processing in chemotactic response of eukaryotic cells2011

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 学会等名
      International conference "Engineering of Chemical Complexity
    • 発表場所
      Berlin(招待講演)
    • 年月日
      2011-07-07
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Inherent Polarity and Gradient Sensing of the Self-organized Signaling System in Chemotactic Cells2011

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫
    • 学会等名
      Towards Innovation in Developmental Cell Biology : The impact of Emerging Technologies
    • 発表場所
      理化学研究所CDB(招待講演)
    • 年月日
      2011-07-01
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] in Engineering of Chemical Complexity2013

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 出版者
      STOCHASTIC FLUCTUATIONS AND SPONTANEOUS SYMMETRY BREAKING IN THE CHEMOTAXIS SIGNALING SYSTEM OF DICYOSTELIUM CELLS.
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] 生命科学の新しい潮流理論生物学2011

    • 著者名/発表者名
      柴田達夫, 上田昌宏
    • 総ページ数
      18
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-04-06   更新日: 2018-03-28  

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