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中性子解析によるATP結合タンパク質の水和構造とそのダイナミクス

公募研究

研究領域水を主役としたATPエネルギー変換
研究課題/領域番号 23118704
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関茨城大学

研究代表者

新村 信雄  茨城大学, フロンティア応用原子科学研究センター, 特任教授 (50004453)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2012年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2011年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード生物物理 / 構造生物 / ATP / 水和構造 / 中性子 / ATP結合タンパク質 / ダイナミクス / 中性子解析 / 負エントロピー / DAPK / 結晶育成 / ATPエネルギー変換
研究実績の概要

ATP結合タンパク質のATP結合前後における水和水の配向変化をX線および中性子回折法により原子レベルで観察し、ATPエネルギー変換を“負エントロピー”を産み出す構造変化の切り口から解明することを目的とする。ATP結合タンパク質として、ATP類似物質結合により10数個の水和水構造変化を起こすタンパク質DAPK(Death-associated protein kinase)を取り上げた。DAPKは合成DNAを用いて大腸菌で発現させ、イオン交換樹脂・ゲル濾過カラムクロマトグラフィー精製を行い、75mgの試料を取得した。結晶化剤PEG1000,硫酸アンモニウム、硫酸リチウムで結晶析出することが判明し、DAPK結晶成長相図を作成し、それをもとに結晶育成を行い、最大0.032mm3の結晶を得ることが出来た。それをX線結晶解析実験に用い、DAPK単独およびATP類似物質を結合させた状態でのリガンド結合部位のフーリエ図を解析し、リガンド結合部位付近の水分子数がそれぞれ23個,24個と求められた。中性子回折実験用大型単結晶(1 mm3以上の結晶は現時点では得られず、中性子回折実験は未だ出来ていない。DAPKにATPアナログ分子が結合するとき発生する熱を等温滴定熱量測定装置で行い、結合定数(Kd / M:5.41×10-7)、反応の結合比(n:1)、エンタルピー変化(ΔH / kJmol-1 :-57.3±0.4)、およびエントロピー変化(ΔS0 / JK-1mol-1:-72±1)をそれぞれ取得した。

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 6件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Hydrogen-bond network and pH sensitivity in transthyretin: Neutron crystal structure of human transthyretin2012

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Yokoyama
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: 177 ページ: 283-290

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] X-ray and neutron protein crystallographic analysis of the trypsin-BPTI complex2011

    • 著者名/発表者名
      Kenji Kawamura
    • 雑誌名

      Acta Cryst

      巻: D67 ページ: 140-148

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Current Status and Future Prospect of Neutron Protein Crystallography in Japan2013

    • 著者名/発表者名
      Nobuo Niimura
    • 学会等名
      ESS Symposium
    • 発表場所
      Aarhus, Denmark
    • 年月日
      2013-03-21
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ature of Hydrogen, Protons, and Hydration in Bio-macromolecules2013

    • 著者名/発表者名
      新村信雄
    • 学会等名
      CBI学会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2013-02-15
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命科学と中性子-生命科学と超低速ミュオンに向けて-2012

    • 著者名/発表者名
      新村信雄
    • 学会等名
      USM preschool
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2012-08-29
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 微小重力下での中性子回折用大型結晶育成に向けて2012

    • 著者名/発表者名
      新村信雄
    • 学会等名
      日本タンパク室科学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-06-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Protein Crystallization under Micro-gravity for Neutron Diffraction.2012

    • 著者名/発表者名
      Nobuo Niimura
    • 学会等名
      Japan-Russia Joint Workshop on Crystallization under Microgravity
    • 発表場所
      モスクワ
    • 年月日
      2012-06-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Neutron Protein Crystallography. How to proceed the experiments to obtain the structural information of hydrogen, protons and hydration in Bio-macromolecules2012

    • 著者名/発表者名
      Nobuo Niimura
    • 学会等名
      Erice 2012
    • 発表場所
      Erice, Sicily
    • 年月日
      2012-06-08
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Hydrogen- and Hydration-Sensitive Structural Biology2011

    • 著者名/発表者名
      Nobuo Niimura
    • 学会等名
      Neutron Protein Crystallography. AOCNS Keynote Lecture
    • 発表場所
      つくば国際会議場(つくば)(Invited)
    • 年月日
      2011-11-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Proton polarization technique for neutron protein crystallography2011

    • 著者名/発表者名
      Nobuo Niimura
    • 学会等名
      国際結晶学会IUC r
    • 発表場所
      Palacio Municipal de Congresos(スペイン マドリッド)
    • 年月日
      2011-08-27
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] Neutron Diffraction2012

    • 著者名/発表者名
      Nobuo Niimura
    • 出版者
      INTECH
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [図書] The pH dependence of protonation states of polar amino acid residues determined by neutron diffraction. Neutron Diffraction"2011

    • 著者名/発表者名
      Nobuo Niimura
    • 総ページ数
      14
    • 出版者
      InTech-Open Access Publisher
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] Neutron Protein Crystallography. Hydrogen, Protons, and Hydration in Bio-macromolecules2011

    • 著者名/発表者名
      Niimura, N., Podjarny, A
    • 総ページ数
      233
    • 出版者
      Oxford University Press
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-04-06   更新日: 2018-03-28  

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