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好熱菌由来ATP駆動型分子モーターの運動測定

公募研究

研究領域水を主役としたATPエネルギー変換
研究課題/領域番号 23118710
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関京都大学

研究代表者

西山 雅祥  京都大学, 白眉センター, 准教授 (10346075)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2012年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2011年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード分子モーター / ATP / 1分子計測 / 高圧力顕微鏡 / 水和 / 高圧力 / 高圧顕微鏡 / ナノメートル計測
研究実績の概要

ATP合成酵素F1-ATPaseは、ATPを加水分解しながら回転運動を行う代表的な分子モーターである。本研究課題では、研究代表者がこれまでより開発した高圧力顕微鏡を用いて(Nishiyama and Sowa, Biophys J. (2012))、高圧力にあるF1-ATPaseの回転運動がどのように変化するのか調べてきた。平成24年度は、回転運動の変位トレースの詳細な解析を行った。高圧力下にある野生型のF1-ATPaseの回転トレースは、ATP濃度に依存せず120#186; を単位とするステップ状の変位から構成されており、80#186;と40#186;のサブステップは検出されなかった。また、120#186;ステップの立ち上がり速度には圧力依存性がみられなかったので、高圧力下であってもF1-ATPaseの構造やトルク発生にいたるポテンシャル形状にはほぼ影響がなかったことを意味する。その後の解析により、40#186;サブステップから80#186;サブステップまでのATP binding dwellに圧力依存性があることが判明し、ATPの結合反応、および、それに続く(1つ以上の)反応過程が高圧力の影響をうけることが明らかになった。これらの活性化体積は、それぞれ+100#197;3と+88#197;3であり、水分子3個分程度の体積変化に相当すする。今後、圧力の影響を顕著に受けている中間状態の構造が解明されれば、高圧力条件下で水を含んだMD計算を実施することで、F1-ATPaseの水和状態がどのようにして回転運動を生み出しているのか、その詳細なメカニズムが明らかになると期待される。

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (13件) (うち招待講演 3件)

  • [雑誌論文] High hydrostatic pressure induces CCW to CW reversals of the Escherichia coli flagellar motor2013

    • 著者名/発表者名
      M.Nishiyama, Y.Sowa, Y.Kimura, M. Homma, A. Ishijima, M. Terazima
    • 雑誌名

      J.Bacterio.

      巻: 195 号: 8 ページ: 1809-1814

    • DOI

      10.1128/jb.02139-12

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bacterial Motility Measured by a Miniature Chamber for High-Pressure Microscopy2012

    • 著者名/発表者名
      Masayoshi NISHIYAMA
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 13 号: 7 ページ: 9225-9239

    • DOI

      10.3390/ijms13079225

    • NAID

      120005627663

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Microscopic Analysis of Bacterial Motility at High Pressure2012

    • 著者名/発表者名
      Nishiyama M., Sowa Y.
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 102 号: 8 ページ: 1872-1880

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2012.03.033

    • NAID

      120004057183

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 染色体を牽引する「分子エンジン」2012

    • 著者名/発表者名
      西山雅祥
    • 雑誌名

      化学

      巻: 67 ページ: 66-67

    • NAID

      120005399094

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Microscopic Analysis of the Motility of Single Bio#8211;nanomachines at High#8211;pressure.2013

    • 著者名/発表者名
      Masayoshi Nishiyama
    • 学会等名
      Symposium on Hydration and ATP Energy 2013
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2013-03-06
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Dynamic conformational changes of flagellar filament observed by high-pressure microscopy.2013

    • 著者名/発表者名
      Masayoshi Nishiyama
    • 学会等名
      Biophysical Society 57th Annual Meeting
    • 発表場所
      Philadelphia, USA
    • 年月日
      2013-02-02
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 極限環境下にある超好熱始原菌の運動観察2013

    • 著者名/発表者名
      西山雅祥
    • 学会等名
      2013年生体運動研究合同班会議
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2013-01-12
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ATP駆動型分子モーターの運動変調イメージング2012

    • 著者名/発表者名
      西山雅祥
    • 学会等名
      特殊環境微生物セミナー
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2012-11-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Microscopic Analysis of Bacterial Motility at High Pressure.2012

    • 著者名/発表者名
      Masayoshi NISHIYAMA
    • 学会等名
      9th International Conference on Flow Dynamics
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2012-09-19
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] バクテリア遊泳運動の力学変調イメージング2012

    • 著者名/発表者名
      西山雅祥
    • 学会等名
      法政大学 マイクロ・ナノテクノロジー研究センター 第4回ナノテクセミナー
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-08-07
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生物分子モーターの1分子計測と熱ラチェット型運動機構2012

    • 著者名/発表者名
      西山雅祥
    • 学会等名
      力学的決定性と統計性の中間領域を探るIV
    • 発表場所
      関西セミナーハウス(京都)(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-28
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 好熱菌由来ATP駆動型分子モーターの運動測定2012

    • 著者名/発表者名
      西山雅祥
    • 学会等名
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • 発表場所
      岩沼屋(宮城県)
    • 年月日
      2012-03-08
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Pressure Sensitive Reaction of F1-ATPase2012

    • 著者名/発表者名
      Okuno D., Nishiyam M., Noji H.
    • 学会等名
      56th Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 年月日
      2012-02-27
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 高圧力下での生体分子機械の運動機能変調イメージング2012

    • 著者名/発表者名
      西山雅祥
    • 学会等名
      日本機械学会第24回バイオエンジニアリング部門講演会
    • 発表場所
      大阪大学(招待講演)
    • 年月日
      2012-01-08
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Pressure-induced reverse rotation in bacterial flagellar motors2011

    • 著者名/発表者名
      Nishiyama M.
    • 学会等名
      6th International Meeting on Biomolecules under Pressure
    • 発表場所
      Otsu City former Public Hall(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 高圧力顕微鏡の開発と生物分子モーターの運動変調イメージング2011

    • 著者名/発表者名
      西山雅祥
    • 学会等名
      第7回光科学若手研究会
    • 発表場所
      大阪大学(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-22
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] High-pressure microscopy reveals the mechanism how applied pressures affect on the bacterial motility2011

    • 著者名/発表者名
      Nishiyama M.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会
    • 発表場所
      兵庫県立大学(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-04-06   更新日: 2018-03-28  

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