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植物細胞内光機能分子・粒子の空間階層X線イメージング

公募研究

研究領域植物の環境感覚:刺激受容から細胞応答まで
研究課題/領域番号 23120525
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

中迫 雅由  慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (30227764)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
15,860千円 (直接経費: 12,200千円、間接経費: 3,660千円)
2012年度: 7,930千円 (直接経費: 6,100千円、間接経費: 1,830千円)
2011年度: 7,930千円 (直接経費: 6,100千円、間接経費: 1,830千円)
キーワード光受容タンパク質 / 葉緑体 / X線小角散乱 / X線結晶構造解析 / コヒーレントX線回折イメージング / X線自由電子レーザー / フィトクロム / フォトトロピン / X線イメージング / 光受容蛋白質 / X線回折イメージング / 結晶化 / X線自由電子レーザー / 真核生物 / オルガネラ
研究実績の概要

本研究は、X線構造解析手法を用いて、2つの異なる空間階層での構造解析を展開し、植物の環境感覚応答研究に貢献することを目指す。具体的には、分子レベルにおいて、植物青色光受容蛋白質、赤色光受容体のドメインやフラグメントの立体構造をX線結晶構造解析やX線小角散乱実験を通じて明らかにし、植物光受容の分子メカニズムの理解を助ける。また、ミクロン・サブミクロンサイズのオルガネラ等、結晶化が原理的に不可能な細胞内粒子については、X線回折顕微鏡法を適用し、植物環境感覚応答が細胞内でどのような変化をもたらしうるのかを光学顕微鏡よりも高い解像度で明らかにする。
平成24年度は、その全長が大腸菌で大量発現可能となったクラミドモナスphototropinについて、光刺激による細胞内信号伝達の初発過程を探るためのX線小角散乱実験をSPring-8のBL45にて実施した。これにより、初めて全長phototoropin分子の形状を明らかにし、また、光応答構造変化を確認することができた。さらに、クラミドモナス全長phototropin、光応答・リン酸化能を失ったシロイヌナズナphototropin LOV2-kinaseフラグメント、赤色光-近赤外光可逆反応を担うphytochrome Bの結晶化を試みた。後者については、光学顕微鏡下で微小結晶様の凝集を見出すことができた。
オルガネラの構造研究では、これまでに設計・製作した回折装置とミクロン~サブミクロン粒子を低温凍結試料作製システムを使用し、単細胞生物シゾンの葉緑体について、X線自由電子レーザー施設SACLAでのコヒーレントX線回折イメージング実験を実施した。その結果、まだ数は少ないが、2次元電子密度投影図の位相回復を50 nm程度の分解能で達成できるようになった。作成した試料の状況の把握には、購入した卓上走査型電子顕微鏡が極めて有効であった。

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (44件)

すべて 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (32件) (うち招待講演 12件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Three-dimensional structure determination protocol for noncrystalline biomolecules using x-ray free-electron laser diffraction imaging2013

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi and M. Nakasako
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 87

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] コヒーレントX線回折イメージング構造解析理論の開発と展望2013

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、苙口友隆、高山裕貴、小林周、児玉渉、坂本啓太、吉留崇、池口満徳
    • 雑誌名

      放射光

      巻: 26 ページ: 11-25

    • NAID

      10031139080

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Humidity-controlled preparation of frozen-hydrated biological samples for cryogenic coherent X-ray diffraction microscopy2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Takayama and M. Nakasako
    • 雑誌名

      Review of Scientific Instruments

      巻: 83 号: 5

    • DOI

      10.1063/1.4718359

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] X線自由電子レーザーを用いた非結晶粒子のコヒーレントX線回折イメージング実験2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、高山裕貴、苙口友隆、白濱圭也、関口優希、山本雅貴、米倉功治、引間孝明、眞木さおり、高橋幸生、鈴木明大、松永幸大、加藤翔一、星貴彦
    • 雑誌名

      オプトロニクス

      巻: 368 ページ: 101-106

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 非結晶粒子のコヒーレントX線回折イメージング2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、高山裕貴、苙口友隆、白濱圭也、関口優希、山本雅貴、米倉功治、引間孝明、眞木さおり、高橋幸生、鈴木明大、松永幸大、加藤翔一、星貴彦
    • 雑誌名

      レーザー研究

      巻: 40 ページ: 680-686

    • NAID

      10031004094

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Application of a real-space three-dimensional image reconstruction method in the structural analysis of non-crystalline biological macromolecules enveloped by water in coherent X-ray diffraction microscopy2011

    • 著者名/発表者名
      W.Kodama, M.Nakasako
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 84 号: 2

    • DOI

      10.1103/physreve.84.021902

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A few low-frequency normal modes predominantly contribute to conformational responses of hen egg white lysozyme in the tetragonal crystal to variations of molecular packing controlled by environmental humidity2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Takayama, M.Nakasako
    • 雑誌名

      Biophysical Chemistry

      巻: 159 ページ: 237-246

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 生命には何故水が必要なのか-蛋白質の機能と水和構造の相関2011

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、松岳大輔
    • 雑誌名

      日本応用物理学会誌

      巻: 80 ページ: 903-907

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] X線自由電子レーザー(XFEL)の生命科学での利用2011

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、山本雅貴
    • 雑誌名

      日本生物物理学会誌

      巻: 51 ページ: 278-281

    • NAID

      10030038033

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Cryogenic X-ray diffraction for illustrating hierarchical structures in cells2013

    • 著者名/発表者名
      M. Nakasako
    • 学会等名
      International Symposium on Protein Folding and its Biological Significance
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 年月日
      2013-03-04
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] XFELコヒーレントX線回折イメージング実験の現状と将来2013

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、山本雅貴
    • 学会等名
      レーザー学会学術講演会第33回年次大会
    • 発表場所
      姫路
    • 年月日
      2013-01-27
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ試料照射装置”壽壱号”を用いたSACLAでのコヒーレントX線回折イメージング実験2013

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、高山裕貴、苙口友隆、関口優希、小林 周、中島 真、山本雅貴、引間孝明、
    • 学会等名
      第26回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2013-01-11
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 暗視野位相回復法によるコヒーレントX線回折パターンからの像再生(JSR13学生発表賞受賞)2013

    • 著者名/発表者名
      小林 周、高山裕貴、苙口友隆、中迫雅由
    • 学会等名
      第26回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2013-01-11
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] クライオ試料固定照射装置を用いて得られるXFEL-CXDIデータ処理ソフトウエアの開発(JSR13学生発表賞受賞)2013

    • 著者名/発表者名
      関口優希、高山裕貴、苙口友隆、中迫雅由
    • 学会等名
      第26回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2013-01-11
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Cryogenic CXDI of non-crystalline particles at SACLA2013

    • 著者名/発表者名
      M. Nakasako, Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Sekiguchi, A. Kobayashi, et al.
    • 学会等名
      4-th Japan-France Joint Seminar, Harima
    • 発表場所
      Harima, Japan
    • 年月日
      2013-01-06
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Possibility of CXDI of bio-molecular assemblies using X-ray free-electron laser2012

    • 著者名/発表者名
      M. Nakasako○, T. Oroguchi, and W. Kodama
    • 学会等名
      5-th Workshop on FEL Science
    • 発表場所
      Gyeongju, Korea
    • 年月日
      2012-10-28
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryogenic Coherent X-ray Diffraction Imaging of non-Crystalline Particles using SACLA2012

    • 著者名/発表者名
      M. Nakasako, Y. Takayama, T. Oroguchi, et al.
    • 学会等名
      生物物理学会 第50回年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] A protocol for structure analysis of non-crystalline particles with X-ray free electron laser2012

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, M. Nakasako
    • 学会等名
      生物物理学会 第50回年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] X線波の干渉で分子の姿・かたちを調べる2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      理研/JASRI サイエンスサマーキャンプ
    • 発表場所
      播磨
    • 年月日
      2012-08-01
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryogenic CXDI of non-crystalline particles at SACLA2012

    • 著者名/発表者名
      M. Nakasako○, Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Sekiguchi, et al.
    • 学会等名
      COHERENCE 2012
    • 発表場所
      Fukuoka, Japan
    • 年月日
      2012-06-17
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Humidity-controlled preparation of frozen-hydrated, non-crystalline particles for2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Takayama○, M. Nakasako, T. Oroguchi, Y. Sekiguchi, et al.
    • 学会等名
      COHERENCE 2012
    • 発表場所
      Fukuoka, Japan
    • 年月日
      2012-06-17
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] XFELで超分子複合体の構造解析は可能か?2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、苙口友隆、高山裕貴、山本雅貴
    • 学会等名
      新学術領域"天然変性"第二回公開シンポジウム
    • 発表場所
      大阪(招待講演)
    • 年月日
      2012-01-25
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] コヒーレントX線回折顕微鏡実験における位相限定相関を用いたデータ解析手法の開発2012

    • 著者名/発表者名
      関口優希、高山裕貴、中迫雅由
    • 学会等名
      第25回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      鳥栖
    • 年月日
      2012-01-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] コヒーレントX線回折顕微鏡法回折パターンにおけるCCD検出器の電荷転送に由来するバックグラウンドの評価2012

    • 著者名/発表者名
      高山裕貴、中迫雅由
    • 学会等名
      第25回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      鳥栖
    • 年月日
      2012-01-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] クライオ試料照射装置の整備・高度化と低温回折実験2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、高山裕貴、苙口友隆、関口優希、児玉渉、山本雅貴、香村芳樹、引間孝明、米倉功治、高橋幸生、鈴木明大
    • 学会等名
      第25回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      鳥栖
    • 年月日
      2012-01-09
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] X線自由電子レーザーによる生体超分子の新規構造解析法の提案及びシミュレーション2012

    • 著者名/発表者名
      苙口友隆、中迫雅由
    • 学会等名
      第25回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      鳥栖
    • 年月日
      2012-01-08
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] コヒーレントX線回折イメージング実験における計算機利用2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      将来HCPI調査研究「アプリ分野」会合
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] SACLAと京-ミクロなものの姿と動きを調べる-2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      芦屋市市民講座
    • 発表場所
      芦屋
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] コヒーレントX線回折イメージングによる非結晶粒子の構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      東京大学物性研究所、計算物質科学研究センター、計算物質科学イニシアティブ・シンポジウム
    • 発表場所
      柏
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] SACLAとSPring-8を利用した非結晶粒子のコヒーレントX線回折イメージング2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      バイオ産業情報化コンソーシアム
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] XFELのバイオ・イメージング研究への応用2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      兵庫県立大学 先端技術セミナー 2012
    • 発表場所
      姫路
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] X線自由電子レーザー(SACLA)を用いたバイオサイエンスの展開2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      味の素株式会社 イノベーション研究所 セミナー
    • 発表場所
      川崎
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] X線自由電子レーザーを用いるサブミクロン粒子のナノメートル分解能構造解析2011

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      蛋白質構造解析コンソーシアム
    • 発表場所
      東京(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-29
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] X線自由電子レーザーの生命科学での利用2011

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由、山本雅貴
    • 学会等名
      日本結晶学会年会2011
    • 発表場所
      札幌(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-25
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 低温コヒーレントX線回折顕微鏡法の為の湿度制御下凍結水和生体試料作製装置の開発2011

    • 著者名/発表者名
      高山裕貴、中迫雅由
    • 学会等名
      日本結晶学会年会2011
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2011-11-24
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Preparation method of frozen-hydrated biological samples under controlled humidity for coherent X-ray diffraction microscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Takayama, M.Nakasako
    • 学会等名
      生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • 年月日
      2011-09-17
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Coherent X-ray diffraction microscopy of non-crystalline biological particles at cryogenic temperature2011

    • 著者名/発表者名
      M.Nakasako, M.Yamamoto
    • 学会等名
      生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質の結晶化:結晶化条件スクリーニングの基礎-フォトトロピンLOV1ドメインの結晶化を例に-2011

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      新学術領域「植物環境感覚」タンパク質構造解析ワークショップ
    • 発表場所
      堺(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-14
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] X線小角散乱:どのような分子構造情報が得られるか?-フォトトロピンフラグメントを例に-2011

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      新学術領域「植物環境感覚」タンパク質構造解析ワークショップ
    • 発表場所
      堺(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-14
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] データベース解析による蛋白質水和構造の特徴抽出とその応用2011

    • 著者名/発表者名
      松岳大輔、中迫雅由
    • 学会等名
      放射光学会第3回若手研究会
    • 発表場所
      姫路
    • 年月日
      2011-08-18
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] バイオサイエンスで想定されるXFEL利用実験2011

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 学会等名
      シンポジウム「X線自由電子レーザー」
    • 発表場所
      横浜(招待講演)
    • 年月日
      2011-04-21
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] 標準免疫学第三版第二部構成的メカニズム:認識のメカニズムF.BCR/抗体による認識2012

    • 著者名/発表者名
      中迫雅由
    • 出版者
      医学書院(印刷中)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考] 中迫研究室

    • URL

      http://www.phys.keio.ac.jp/guidance/labs/nakasako/nakasako-lab.html

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.phys.keio.ac.jp/guidance/labs/nakasako/nakasako-lab.html

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-04-06   更新日: 2018-03-28  

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