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マイマイカブリのゲノムと適応形態遺伝子

公募研究

研究領域複合適応形質進化の遺伝子基盤解明
研究課題/領域番号 23128507
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関京都大学

研究代表者

曽田 貞滋  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00192625)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
23,400千円 (直接経費: 18,000千円、間接経費: 5,400千円)
2012年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円)
2011年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円)
キーワードゲノム塩基配列 / 適応的形態 / ゲノムサイズ / 量的遺伝解析 / ゲノム / 適応 / 形態 / 遺伝子 / オサムシ / QTL
研究実績の概要

マイマイカブリのゲノム塩基配列を決定するために,粟島産亜種アオマイマイカブリ1雄から抽出したゲノムDNAを用い,イルミナHiSeq2000を180 bpと500 bpのペアエンドライブラリーのシーケンスデータ(ゲノムサイズの188×),PacBio RSを用いたシーケンスデータ(ゲノムサイズの34×)を得た.HiSeq2000のデータについてはSOAPdenovo, SGA, ALLPATHS-LGを用いてアセンブリを試みた.得られたゲノム配列について予備的に既知の昆虫の遺伝子データベースおよびAUGUSTUSを用いたgene predictionを行った.HiSeq2000データ単独でのアセンブリには限界があるため,HiSeq2000データを参照してLSC,PacBioToCAでエラー補正したPacBioのシーケンスデータをHiSeq2000データと合わせてアセンブリすることを試みた.
本研究に関連して,今年度は,佐渡島亜種と粟島亜種の戻し交雑に基づく,亜種間形態変異に関する量的遺伝解析の結果を論文として発表し,またマイマイカブリのゲノムサイズを論文として報告した.また,形態分化の適応基盤に関して,2つの採餌形態間のトレードオフに関する解析を行い,論文を投稿した.さらに,日本列島におけるマイマイカブリの形態の地理的分化について,Ornstein-Uhlenbeck modelを用いた系統比較法解析を行い,論文を投稿した.この研究では,隔離された島だけでなく,本州内の地域間でも,体形に適応的分化が起こっていることが示唆された.

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] Quantitative genetic analysis of subspecific differences in body shape in the snail-feeding carabid beetle Damaster blaptoides.2013

    • 著者名/発表者名
      Konuma, J., Sota, T, Chiba, S.
    • 雑誌名

      Heredity

      巻: 110 号: 1 ページ: 86-93

    • DOI

      10.1038/hdy.2012.68

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome sizes of three species in the subtribe Carabina (Coleoptera: Carabidae)2013

    • 著者名/発表者名
      Sota T, Konuma J, Fujiwara M, Shoguchi E
    • 雑誌名

      Entomological Science

      巻: 16 号: 1 ページ: 122-124

    • DOI

      10.1111/j.1479-8298.2012.00541.x

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] マイマイカブリにみられる形態分化とその遺伝基盤2013

    • 著者名/発表者名
      小沼順二
    • 学会等名
      第60回日本生態学会大会
    • 発表場所
      静岡市グランシップ
    • 年月日
      2013-03-05
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] マイマイカブリ外部形態の遺伝基盤2012

    • 著者名/発表者名
      小沼順二, 千葉聡, 曽田貞滋
    • 学会等名
      第56回日本応用動物昆虫学会大会
    • 発表場所
      近畿大学(奈良県)
    • 年月日
      2012-03-28
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Morphological divergence of carabid beetles feeding on land snails2012

    • 著者名/発表者名
      Konuma J, Sota T, Chiba S
    • 学会等名
      第59回日本生態学会大会
    • 発表場所
      龍谷大学(滋賀県)
    • 年月日
      2012-03-20
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Morphological diversification in snail-feeding carabid beetles2011

    • 著者名/発表者名
      Konuma J, Nagata N, Sota T
    • 学会等名
      The 5th International Symposium of the Biodiversity and Evolution Global COE project
    • 発表場所
      京都大学(京都府)
    • 年月日
      2011-07-10
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2011-04-06   更新日: 2018-03-28  

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