| 研究領域 | 複合適応形質進化の遺伝子基盤解明 |
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| 研究課題/領域番号 |
23128507
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
曽田 貞滋 京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00192625)
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| 研究期間 (年度) |
2011-04-01 – 2013-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2012年度)
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| 配分額 *注記 |
23,400千円 (直接経費: 18,000千円、間接経費: 5,400千円)
2012年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円)
2011年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円)
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| キーワード | ゲノム塩基配列 / 適応的形態 / ゲノムサイズ / 量的遺伝解析 / ゲノム / 適応 / 形態 / 遺伝子 / オサムシ / QTL |
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| 研究実績の概要 |
マイマイカブリのゲノム塩基配列を決定するために，粟島産亜種アオマイマイカブリ１雄から抽出したゲノムDNAを用い，イルミナHiSeq2000を180 bpと500 bpのペアエンドライブラリーのシーケンスデータ（ゲノムサイズの188×），PacBio RSを用いたシーケンスデータ（ゲノムサイズの34×）を得た．HiSeq2000のデータについてはSOAPdenovo, SGA, ALLPATHS-LGを用いてアセンブリを試みた．得られたゲノム配列について予備的に既知の昆虫の遺伝子データベースおよびAUGUSTUSを用いたgene predictionを行った．HiSeq2000データ単独でのアセンブリには限界があるため，HiSeq2000データを参照してLSC，PacBioToCAでエラー補正したPacBioのシーケンスデータをHiSeq2000データと合わせてアセンブリすることを試みた．
本研究に関連して，今年度は，佐渡島亜種と粟島亜種の戻し交雑に基づく，亜種間形態変異に関する量的遺伝解析の結果を論文として発表し，またマイマイカブリのゲノムサイズを論文として報告した．また，形態分化の適応基盤に関して，２つの採餌形態間のトレードオフに関する解析を行い，論文を投稿した．さらに，日本列島におけるマイマイカブリの形態の地理的分化について，Ornstein-Uhlenbeck modelを用いた系統比較法解析を行い，論文を投稿した．この研究では，隔離された島だけでなく，本州内の地域間でも，体形に適応的分化が起こっていることが示唆された．
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| 現在までの達成度 (段落) |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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