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グリアブラストによる機能未知グリア細胞の機能予測

公募研究

研究領域グリアデコーディング:脳-身体連関を規定するグリア情報の読み出しと理解
研究課題/領域番号 23H04149
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅲ)
研究機関筑波大学

研究代表者

尾崎 遼  筑波大学, 医学医療系, 准教授 (10743346)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
2024年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2023年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
キーワードバイオインフォマティクス / シングルセル解析
研究開始時の研究の概要

本研究では、1細胞RNAシーケンシングデータから個々の細胞の機能の予測を行うためのウェブツール「グリアブラスト(Glia BLAST)」を構築することを目的とする。相同遺伝子検索のBLASTのように、既報の全てのグリア等の細胞について検索できると同時に、細胞状態・細胞間関係や細胞の空間配置の予測情報を紐づけることで、個々の細胞がどのような状態でどこにいたのかの情報を簡単に調べられるようにする。さらに、特定の細胞亜集団を可視化・操作するための特異的発現プロモーター配列も提供し、実験検証を支援する。これにより、新規グリアの細胞機能の解明を強力に推進する基盤を提供する

研究実績の概要

本研究では、1細胞RNAシーケンシングデータから個々の細胞の機能の予測を行うためのウェブツール「グリアブラスト(Glia BLAST)」を構築することを目的とする。相同遺伝子検索のBLASTのように、既報の全てのグリア等の細胞について検索できると同時に、細胞状態・細胞間関係や細胞の空間配置の予測情報を紐づけることで、個々の細胞がどのような状態でどこにいたのかの情報を簡単に調べられるようにする。さらに、特定の細胞亜集団を可視化・操作するための特異的発現プロモーター配列も提供し、実験検証を支援する。これにより、新規グリアの細胞機能の解明を強力に推進する基盤を提供する。
その中で、2023年度は研究の進捗については、まず、複数の公開データセットから得た一細胞RNAシーケンスデータを統合し、細胞のサブタイプを自動で識別するためのモジュールの開発を進めた。具体的には、scArches法とscType法を用いることで、細胞のアノテーションとサブタイプ分類を行うことを目指した。また、類似細胞検索モジュールを構築することを目的に、遺伝子発現に基づいた類似細胞検索アルゴリズムを複数種類比較検証を進めた。並行して、公共データベースから神経科学関連研究の1細胞RNA-seq実験等のシーケンシングデータを収集し、前処理をし、ウェブツールでの使用に適した形に整形するとともに、メタデータの抽出・整理を進めた。また、バッチ効果の調整やデータセット間の違いを解析・評価した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

本研究では、1細胞RNAシーケンシングデータから個々の細胞の機能の予測を行うためのウェブツール「グリアブラスト(Glia BLAST)」を構築することを目的としている。その中で、ウェブツールを構成するためのモジュールの実装・検証を進めたが、計画よりも時間を要したため、当初の予定よりもやや進捗が遅れている。

今後の研究の推進方策

本研究では、1細胞RNAシーケンシングデータから個々の細胞の機能の予測を行うためのウェブツール「グリアブラスト(Glia BLAST)」を構築することを目的とする。
その中で、2024年度は、2023年度に引き続き、ウェブツールを構築するためのモジュールの設計と実装を進めるとともに、それらのモジュールの精度や計算速度を評価する。並行して、引き続き神経科学関連研究の1細胞RNA-seq実験等のシーケンシングデータを収集し、前処理をし、ウェブツールでの使用に適した形に整形するとともに、メタデータの抽出・整理を行う。これらのモジュールと収載データを併せ、ウェブツールとしての公開を目指す。

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Neuronal subtype-specific transcriptomic changes in the cerebral neocortex associated with sleep pressure2024

    • 著者名/発表者名
      Nakata Shinya、Iwasaki Kanako、Funato Hiromasa、Yanagisawa Masashi、Ozaki Haruka
    • 雑誌名

      Neuroscience Research

      巻: - ページ: 13-25

    • DOI

      10.1016/j.neures.2024.03.004

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Prediction of the function of functionally unknown glial cells using GLIA-BLAST2023

    • 著者名/発表者名
      Haruka Ozaki
    • 学会等名
      グリアデコード第6回領域会議
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Glioneuronal mechanisms underlying the regulation of sleep in nucleus accumbens2023

    • 著者名/発表者名
      Haruto Ijiri, Koustav Roy, Haruka Ozaki, Masashi Yanagisawa, Michael Lazarus
    • 学会等名
      グリアデコード第6回領域会議
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

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公開日: 2023-04-13   更新日: 2024-12-25  

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