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細胞内相分離を誘導するタンパク質の大規模探索と誘導機構の解明

公募研究

研究領域マルチファセット・プロテインズ:拡大し変容するタンパク質の世界
研究課題/領域番号 23H04258
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅲ)
研究機関大阪大学

研究代表者

山崎 智弘  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 准教授 (90732280)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 完了 (2024年度)
配分額 *注記
10,400千円 (直接経費: 8,000千円、間接経費: 2,400千円)
2024年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2023年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
キーワード細胞内相分離 / タンパク質 / RNA結合タンパク質 / RNA / 構成的アプローチ / 天然変性領域 / 非膜性構造体 / ハイコンテントスクリーニング / MCPタンパク質ライブラリー / 天然変性タンパク質
研究開始時の研究の概要

相分離により構築される非膜性構造体は、細胞内の混雑した環境で、特定の分子を集約した区画を作り出すことで、様々な細胞内プロセスにおいて重要な役割を果たす。しかし、こうした非膜性構造体形成の核となり、性質や機能を規定する細胞内相分離を理解する上で要となるタンパク質の全体像は明らかになっていない。そこで、本研究では、独自に確立した人工構造体実験系を用いて、非膜性構造体の形成を先導するタンパク質を大規模に探索する。さらに、同定したタンパク質の構造体誘導メカニズムを明らかにする。こうした解析から、細胞内相分離誘導というタンパク質の機能側面についてそのルールを系統的に明らかにする。

研究実績の概要

相分離により構築される非膜性構造体は、細胞内の混雑した環境で、特定の分子を集約した区画を作り出すことで、様々な細胞内プロセスにおいて重要な役割を果たす。こうした非膜性構造体には、多数のタンパク質が局在しているが、構造体の形成に必須のものはそのうちの一握りであることがこれまでの研究から明らかになっている。しかし、こうした非膜性構造体形成の核となり、性質や機能を規定する細胞内相分離を理解する上で要となるタンパク質の全体像は明らかになっていない。そこで、本研究では、独自に確立した人工非膜性構造体実験系を用いて、非膜性構造体の形成を先導するタンパク質を大規模に探索する。さらに、同定したタンパク質の構造体誘導メカニズムを明らかにする。こうした解析から、細胞内相分離誘導というタンパク質の機能側面についてそのルールを系統的に明らかにする。こうした目的のため、本年度は、昨年度作成し、拡張した600種類に及ぶMCP融合タンパク質を用いたスクリーニングを実施し、構造体誘導体の核となるタンパク質のリストを得ることができた。こうして得られたタンパク質について、特徴によって分類を行い、共通する特徴を複数見出すことに成功した。さらに、同定したタンパク質の変異体(約800種類)について、どういったドメインがこうした活性を担うのかそのメカニズムを解析し、多くの構造体形成に重要なドメインの同定並びに、その共通点について見出すことができた。また、多数の疾患関連変異についてもこの実験系を用いて解析を行った。その結果、多くの構造体形成に影響を与える変異を同定することができ、さらに、その変異がなぜ構造体形成に影響を及ぼすかについてメカニズムの解析を行った。

現在までの達成度 (段落)

令和6年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和6年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2024 実績報告書
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (30件)

すべて 2025 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 2件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件) 図書 (1件) 備考 (5件)

  • [国際共同研究] CNRS/UMS 3655, AMMICA(フランス)

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [国際共同研究] CNRS/UMS 3655, AMMICA(フランス)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Biophysical Aspect of Assembly and Regulation of Nuclear Bodies Scaffolded by Architectural RNA2025

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Tetsuya、Yamazaki Tomohiro、Ninomiya Kensuke、Nakagawa Shinichi、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 437 号: 9 ページ: 169016-169016

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2025.169016

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Blocky proline/glutamine patterns in the SFPQ intrinsically disordered region dictate paraspeckle formation as a distinct membraneless organelle2025

    • 著者名/発表者名
      Takakuwa Hiro、Yoda Takao、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2025.02.21.639608

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [雑誌論文] Huntingtin is an RNA binding protein and participates in <i>NEAT1</i> -mediated paraspeckles2024

    • 著者名/発表者名
      Yadav Manisha、Harding Rachel J.、Li Tiantian、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro、Prinos Panagiotis、Tippett Lynette、Turner Clinton、Curtis Maurice A.、Faull Richard L.M.、Pouladi Mahmoud A.、Pearson Christopher E.、He Housheng Hansen、Arrowsmith Cheryl H.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 10 号: 29 ページ: 5264-5264

    • DOI

      10.1126/sciadv.ado5264

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Terminal regions of UAP56 and URH49 are required for their distinct complex formation functioning to an essential role in mRNA processing and export.2024

    • 著者名/発表者名
      K-I. Fujita, T. Yamazaki, A. Mayeda, S. Masuda
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 703 ページ: 149682-149682

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2024.149682

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural differences between the closely related RNA helicases, UAP56 and URH49, fashion distinct functional apo-complexes.2024

    • 著者名/発表者名
      K-I. Fujita, M. Ito, M. Irie, K. Harada, N. Fujiwara, Y. Ikeda, H. Yoshioka, T. Yamazaki, M. Kojima, B. Mikami, A. Mayeda, S. Masuda
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 455-455

    • DOI

      10.1038/s41467-023-44217-8

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 4.5SH RNA counteracts deleterious exonization of SINE B1 in mice2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshimoto Rei、Nakayama Yuta、Nomura Ikuko、Yamamoto Ikuko、Nakagawa Yumeka、Tanaka Shigeyuki、Kurihara Misuzu、Suzuki Yu、Kobayashi Takehiko、Kozuka-Hata Hiroko、Oyama Masaaki、Mito Mari、Iwasaki Shintaro、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro、Araki Kimi、Nakagawa Shinichi
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 83 号: 24 ページ: 4479-4493

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2023.11.019

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nascent ribosomal RNA act as surfactant that suppresses growth of fibrillar centers in nucleolus2023

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Tetsuya、Yamazaki Tomohiro、Ninomiya Kensuke、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 6 号: 1 ページ: 1129-1129

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05519-1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Shell protein composition specified by the lncRNA NEAT1 domains dictates the formation of paraspeckles as distinct membraneless organelles2023

    • 著者名/発表者名
      Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Souquere Sylvie、Adachi Shungo、Yoshino Hyura、Fujiwara Naoko、Yamamoto Tetsuya、Natsume Tohru、Nakagawa Shinichi、Pierron Gerard、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      Nature Cell Biology

      巻: 25 号: 11 ページ: 1664-1675

    • DOI

      10.1038/s41556-023-01254-1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Satellite RNAs: emerging players in subnuclear architecture and gene regulation2023

    • 著者名/発表者名
      Ninomiya Kensuke、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 42 号: 18

    • DOI

      10.15252/embj.2023114331

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Formation and Function of Phase-Separated Nuclear Bodies Directed by Architectural Noncoding RNA2023

    • 著者名/発表者名
      Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      Phase Separation in Living Cells (Chapter)

      巻: . ページ: 133-156

    • DOI

      10.1007/978-981-99-4886-4_8

    • ISBN
      9789819948857, 9789819948864
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内非膜オルガネラの形成を誘導するタンパク質の大規模探索2024

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘
    • 学会等名
      第24回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Micellization of block copolymers: A new principle in the formation of biomolecular condensates with RNA scaffolds2024

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Ichiro Taniguchi, Sota Umezaki, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      International symposium on mechanical control of biological self-organization
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mapping of the NEAT1_2 lncRNA domains that define the micelle structure and morphology of paraspeckles2024

    • 著者名/発表者名
      Sota Umezaki, Tomohiro Yamazaki, Hiro Takakuwa, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第24回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] 非膜性構造体の形成と機能に関わるlncRNAエレメントの解明2024

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘
    • 学会等名
      RNAインフォマティクス道場
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] Large-scale identification of proteins that initiate the formation of bimolecular condensates in cells2024

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki
    • 学会等名
      International Symposium on Multifaceted Protein Dynamics
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The Formation Mechanisms and Molecular Bases:Biomolecular Condensates with RNA Scaffolds2024

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki
    • 学会等名
      IPR seminar, The 8th LLPS Symposium/ The Biophysical Society of Japan Joint Seminar “Toward establishing LLPS research systems”
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The Formation Mechanisms & Molecular Bases of Biomolecular Condensates with RNA Scaffolds2024

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamazaki
    • 学会等名
      Paraspeckles and Condensates Symposium (2nd Internatinal Paraspeckle Focused Symposium)
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Biomolecular condensates scaffolded by RNAs: Towards a theoretical and systematic understanding of their formation and function2023

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamzaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Hiro Takakuwa, Sylvie Souquere, Wakana Isshiki, Mizuki Iwata, Rie Doi, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      28th Annual Meeting of the RNA Society
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Large-scale identification of RNA-binding proteins that initiate the formation of biomoleuclar condensates in cells2023

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yamzaki, Doi Rie, Mizuki Iwata, Wakana Isshiki, Hiro Takakuwa, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第24回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Large-scale identification of RNA-binding proteins that initiate the formation of biomoleuclar condensates in cells2023

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘
    • 学会等名
      第1回関西RNA club
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 物理理論と構成的アプローチを用いたRNAを足場とする非膜性構造体の作動原理の理解2023

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、山本哲也、高桑央、吉野彪羅、Sylvie Souquere、土井理恵、岩田瑞季、一色和奏、梅崎創太、中川真一、Gerard Pierron、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第96回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] パラスペックルのミセル構造と形態を規定するNEAT1_2 RNAドメインマッピング2023

    • 著者名/発表者名
      梅崎創太、山崎智弘、高桑央、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [図書] “情報”から“マテリアル”へ ノンコーディングRNA研究(分担執筆)「非膜オルガネラの骨格として働くarcRNA」2024

    • 著者名/発表者名
      山崎智弘、廣瀬哲郎
    • 総ページ数
      205
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758104210
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [備考] Hirose Lab

    • URL

      https://hirose-lab.com/

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書 2023 実績報告書
  • [備考] RNA生体機能研究室

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_group/detail/7

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書 2023 実績報告書
  • [備考] 生成中のRNAは核小体の内部構造を制御する「界面活性剤」として働く

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1076

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 膜を持たないオルガネラが混じり合わずに存在できるしくみを解明

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1074

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] ヒトゲノムの繰り返し配列から作られるRNAとその反復のなせる技

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1068

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

URL: 

公開日: 2023-04-13   更新日: 2025-12-26  

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