研究領域 | 社会変革の源泉となる革新的アルゴリズム基盤の創出と体系化 |
研究課題/領域番号 |
23H04378
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研究種目 |
学術変革領域研究(A)
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配分区分 | 補助金 |
審査区分 |
学術変革領域研究区分(Ⅳ)
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研究機関 | 山梨大学 (2024) 東京医科歯科大学 (2023) |
研究代表者 |
Koeppl Dominik 山梨大学, 大学院総合研究部, 特任准教授 (50897395)
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研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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研究課題ステータス |
交付 (2024年度)
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配分額 *注記 |
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2024年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2023年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
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キーワード | text indexing / data compression / pattern matching / index construction / string algorithm / compressed indices / construction algorithms / r-index / compression algorithms / lossless compression |
研究開始時の研究の概要 |
Major breakthroughs in sequencing techniques facilitate the collection of large amounts of biological data. For these to be of value, we need means to store and analyze them. Here, compressed indices are prospective candidates for answering biologically meaningful queries while keeping the data in a maintainably-small compressed format. Nonetheless, even the construction of those indices is not well studied. In this project, we want to shed light on efficient ways in how to construct such indices and how to use them for the aforementioned queries.
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