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人工多細胞におけるゲノム複製の時空間制御

公募研究

研究領域分子サイバネティクス ー化学の力によるミニマル人工脳の構築
研究課題/領域番号 23H04403
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅳ)
研究機関早稲田大学

研究代表者

水内 良  早稲田大学, 理工学術院, 専任講師 (60845535)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
10,400千円 (直接経費: 8,000千円、間接経費: 2,400千円)
2024年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2023年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
キーワード人工細胞 / 多細胞 / 分子通信 / ゲノム複製 / 無細胞翻訳系 / RNA / 液―液相分離 / 再構成
研究開始時の研究の概要

本研究では、RNAゲノムと無細胞翻訳系を封入した液滴を集合させて人工多細胞を構築し、各細胞での情報伝達分子 (タンパク質など) の生産と伝達によるゲノム複製の時空間制御を実現する。これにより、異なるゲノムをもつ人工細胞を同期させて統合する新たな基盤技術を開発し、多様な生物機能や情報処理能力を備えた複雑な分子システムの創出に繋げる。

研究実績の概要

本研究では、RNAゲノムと無細胞翻訳系を封入した液滴を集合させて人工多細胞を構築し、各細胞での情報伝達分子 (複製酵素) の生産と伝達によるゲノム複製の時空間制御を実現する。このために、近年開発した人工多細胞を改良し、内部で翻訳されたタンパク質の細胞間伝達を介したゲノム複製を達成する。人工多細胞を構成する各細胞 (液滴) はデキストランとポリエチレングリコールの液―液相分離により形成され、特定の脂質とタンパク質によって界面が安定化されている。本年度はまず、RNAゲノム (RNA 1) と精製した複製酵素それぞれを蛍光標識し、顕微鏡観察によって複製酵素が選択的かつ十分に拡散する条件を見出した。また複製酵素とRNAゲノム (RNA 2) を独立の液滴に封入して多細胞化したところ、複製酵素が別の液滴に拡散し、RNA 2を複製できることを見出した。特に、人工核酸を用いた分子ビーコンによって高感度かつ特異的にRNA 2の複製を検出できた。さらに、まだ伝達能に改善の余地はあるものの、人工多細胞中のある液滴のRNA 1から翻訳された複製酵素の伝達によって別の液滴のRNA 2を複製させることにも成功した。以上に加えて、人工細胞の界面における分子透過能を詳細に調べたところ、タンパク質だけでなく、より大きなRNA分子 (例えばRNA 2: ~750 nt) も僅かながら透過させられる可能性が示された。RNA自体を情報分子として用いた場合は、少しでも他の細胞に伝達すれば、複製によって直接的に情報の増幅が可能である。例えば液滴のRNA 2の濃度を調節することで、タンパク質とRNAゲノムの情報伝達能を制御し、これまで以上に複雑な人工多細胞レベルのゲノム複製が実現できるかもしれない。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の予定であった人工多細胞における複製酵素の翻訳と伝達を介したゲノム複製を実証できたため。

今後の研究の推進方策

知的情報処理分子システムで想定されるような、外部の情報分子 (基質) に応答した細胞内反応の駆動、また新たな情報への変換とその伝達が人工多細胞で可能であるかを検証する。またその基質を生産するRNAゲノムと組み合わせることで、細胞間相互作用に広く見られるようなフィードバックループの実装も試みる。さらに、小分子やタンパク質ではなく、複製可能なRNA分子自体の伝達による新たな人工多細胞レベルのRNA複製システムの開発も試みる。これは例えば、植物細胞におけるウイロイド (RNA複製体) の原形質連絡を介した伝達と複製 (感染拡大) などのモデルとして利用できる可能性がある。

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 5件、 招待講演 9件)

  • [雑誌論文] Constraint on an RNA world on montmorillonite clay2024

    • 著者名/発表者名
      Mizuuchi Ryo
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 123 号: 4 ページ: 421-423

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2024.01.020

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] How prebiotic complexity increases through Darwinian evolution2023

    • 著者名/発表者名
      Yukawa Kohtoh、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Current Opinion in Systems Biology

      巻: 34 ページ: 100456-100456

    • DOI

      10.1016/j.coisb.2023.100456

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Minimal RNA self-reproduction discovered from a random pool of oligomers2023

    • 著者名/発表者名
      Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 14 号: 28 ページ: 7656-7664

    • DOI

      10.1039/d3sc01940c

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Emergence of linkage between cooperative RNA replicators encoding replication and metabolic enzymes through experimental evolution2023

    • 著者名/発表者名
      Ueda Kensuke、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      PLOS Genetics

      巻: 19 号: 8 ページ: e1010471-e1010471

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1010471

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cell-free expression of RuBisCO for ATP production in the synthetic cells2023

    • 著者名/発表者名
      Sugii Shugo、Hagino Katsumi、Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Synthetic Biology

      巻: 8 号: 1

    • DOI

      10.1093/synbio/ysad016

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 生命の起源を追体験する2024

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      定量生物学の会 第十一回年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 原始的なRNA 集団と自己複製体の探究2024

    • 著者名/発表者名
      水内良、柿崎二郎、佐藤颯、市橋伯一
    • 学会等名
      第48回 生命の起原および進化学会学術講演会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 再構成実験で探る生命の起源:原始生命モデルと実験室内進化2023

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      CHEMINAS 47
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子から生命が生まれる道筋を解き明かすために2023

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      生命の分子システムの理解に向けて何を創れば良いか?
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Minimal RNA self-reproduction discovered from a random pool of oligomers2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      Molecular Origins of Life
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RNA replication systems and evolution: for understanding the origins of life2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      SPEED × Bottom-up Biotech × ELSI joint workshop
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Evolution of complexity in an artificial RNA replication system2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      STATPHYS28 Satellite Meeting, Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Emergence and evolution of host-parasite ecosystems in a molecular replication system2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      Confect Symposium 2023 “Marine Microbial Virus Ecology and Evolution
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 原始生命モデルの実験進化で観測不能な生命の起源に迫る2023

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      日本進化学会第25回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 原始的なRNA集団の調査から見つかった自己複製する最小のRNA2023

    • 著者名/発表者名
      水内良、市橋伯一
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 16.0
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Minimal RNA self-reproduction discovered from a random pool of oligomers2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Experimental evolution of artificial RNA replication systems: for understanding the origins of life2023

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi
    • 学会等名
      International Workshop for Bridging Synthetic, Computational & Evolutionary Biology
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2023-04-13   更新日: 2024-12-25  

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