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リコンフィギュラブルなDNAナノポアクラスターの創出

公募研究

研究領域分子サイバネティクス ー化学の力によるミニマル人工脳の構築
研究課題/領域番号 23H04416
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅳ)
研究機関三重大学

研究代表者

鈴木 勇輝  三重大学, 工学研究科, 准教授 (50636066)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
10,400千円 (直接経費: 8,000千円、間接経費: 2,400千円)
2024年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2023年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
キーワードDNAナノテクノロジー / DNAオリガミ / ナノポア / 分子集積 / 分子デザイン
研究開始時の研究の概要

多数の膜貫通合成ナノポアの集積密度・集積パターンを人工的に設計した分子アクチュエータを介して自在制御することで,合成ナノポアの「集団としての性能」を人為的に変調するための方法論を開拓する.具体的には,入力刺激の種類や組合せに応じて特異的な変形を示すDNAナノアクチュエータを構築し,それを足場として合成ナノポアをアレイ化することで,リコンフィギュラブルなナノポアクラスターを構築する.合成ナノポア群の集積密度・集積パターンの変化に伴うポア機能の向上/低下を検証する.本挑戦を通して,複数の異なる人工ナノデバイスを統合・システム化し,個々の分子デバイスでは成しえない機能を発現するための学理を探求する.

研究実績の概要

本研究では,多数の膜貫通合成ナノポアの集積密度・集積パターンをDNA分子アクチュエータシステムを介して自在制御することで,合成ナノポアの「集団としての性能」を人為的に変調するための方法論を開拓する.具体的には,入力刺激の種類や組合せに応じて特異的な変形を示す二次状DNAナノアクチュエータを構築し,それを足場として合成ナノポアをアレイ化することで,リコンフィギュラブルな合成ナノポアクラスターを構築する.研究初年度となる2023年度は,以下の2項目に取り組んだ。
項目1:多様に変形するDNAナノアクチュエータの構築と評価
複数の刺激やそれらの組み合わせに応じて,特異的な形状へと変化する二次元格子型の分子アクチュエータをDNAオリガミ法により構築した。格子の各フレームの形状を一対のシグナルDNAによって指定できるように設計し,それぞれのフレームに対して特異的なシグナルDNAのペアを設計した。互いに直交するシグナルDNAの組み合わせに応じて,多種類の異なる形状へと変形することを確認したほか,鎖置換反応によりシグナルDNAを任意に入れ換えることで,ナノアクチュエータの繰り返しの動作や形状変換が可能であることを実証した。鎖置換反応に基づく動作機構に加え,i-motif構造の形成と解離を併用することで,pH変化および分子信号(シグナルDNA)という異なる刺激種に対する二重応答性も実現した。
項目2: DNAナノポアの構築
酵素反応により合成した一本鎖DNA(700~800 nt)をScaffold鎖として,小型の合成DNAナノポアを構築した。コレステロール修飾鎖を介してDNAナノポアをリポソームに導入し,その膜表面への局在を共焦点レーザー顕微鏡により確認した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の計画通り,初年度に新規DNA分子アクチュエータの設計と構築および刺激依存的な形状変化の評価を完了した。DNAナノポアの構築についても順調に進んでいる。

今後の研究の推進方策

分子アクチュエータとDNAナノポアの複合化および性能評価に重点を置き,研究を進める。新たに合成したDNAナノポアのイオン透過能については各種イオンインジケーター蛍光プローブを用いた蛍光シグナルの変化を観察・解析することで評価する。

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2023

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 4件)

  • [雑誌論文] Chemo-mechanical forces modulate the topology dynamics of mesoscale DNA assemblies2023

    • 著者名/発表者名
      Karna Deepak、Mano Eriko、Ji Jiahao、Kawamata Ibuki、Suzuki Yuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 6459-6459

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41604-z

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Multi-Reconfigurable DNA Origami Nanolattice Driven by the Combination of Orthogonal Signals2023

    • 著者名/発表者名
      Kotaro Watanabe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Yuki Suzuki
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: To appear 号: 5 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00091

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Real-time monitoring of the amyloid β1-42 monomer-to-oligomer channel transition using a lipid bilayer system2023

    • 著者名/発表者名
      Numaguchi Yuri、Tsukakoshi Kaori、Takeuchi Nanami、Suzuki Yuki、Ikebukuro Kazunori、Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 3 号: 1

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgad437

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Multi-responsive and reconfigurable DNA origami nanostructures2023

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki
    • 学会等名
      DNA 29
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Hierarchical self-assembly of DNA origami nanoactuators toward large deformation of cellular-sized liposomes2023

    • 著者名/発表者名
      Reo Toho, Shin Watanabe, Ibuki Kawamata, Yuki Suzuki
    • 学会等名
      DNA 29
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Hierarchical self-assembly of multi-stimuli-responsive DNA origami nanoactuator2023

    • 著者名/発表者名
      Shin Watanabe, Reo Toho, Ibuki Kawamata, Yuki Suzuki
    • 学会等名
      The 50th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry (ISNAC2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Multi-reconfigurable DNA nanodevice actuated by the combination of orthogonal signals2023

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki, Kotaro Watanabe, Yuri Kobayashi, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • 学会等名
      The 50th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry (ISNAC2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2023-04-13   更新日: 2024-12-25  

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