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有機触媒反応から学ぶ光駆動型ラジカル酵素の創製

公募研究

研究領域生体反応の集積・予知・創出を基盤としたシステム生物合成科学
研究課題/領域番号 23H04554
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
研究機関大阪大学

研究代表者

加藤 俊介  大阪大学, 大学院工学研究科, 助教 (60909125)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
10,790千円 (直接経費: 8,300千円、間接経費: 2,490千円)
2024年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2023年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
キーワード生体触媒 / 光ラジカル反応 / 指向性進化法 / 酵素 / 有機触媒 / 進化分子工学 / チアミン二リン酸 / フラビン
研究開始時の研究の概要

本研究では、有機化学的な知見をもとに、酵素の反応レパートリーを拡張することをめざし、非生物学的なラジカル反応を促進する光駆動型ラジカル酵素の開発に着手する。具体的には、既存の酵素の反応機構をベースに、光励起電子移動のプロセスを組み込むことで、自然界には見られないラジカル的な反応様式を酵素に付与する。また、この光駆動型ラジカル酵素に対して、指向性進化法や機械学習による帰納的な改変と、量子力学計算や構造予測による演繹的な改変を実施することで、高難度な光ラジカル反応において高い触媒活性を発揮する酵素変異体を開発する。

研究実績の概要

本研究では、酵素の反応適用範囲を光化学的に拡張することをめざし、光励起によるラジカルカップリング反応を促進する新規生体触媒の開発に着手する。 具体的には、チアミン二リン酸/フラビンアデニンジヌクレオチド依存性酵素の反応機構をベースに、光増感剤からの一電子移動プロセスを組み込むことで、自然界には見られないラジカル的な反応プロセスを酵素に付与することをめざす。2023年度の研究成果として、種々のチアミン二リン酸/フラビンアデニンジヌクレオチド依存性酵素の遺伝子ライブラリをスクリーニングすることで、目的のラジカルカップリング反応を触媒する好熱性放線菌由来の酵素を同定することに成功した。本酵素は、ピルビン酸と2-ブロモプロピオン酸エチルのラジカルカップリング反応に対して有望な触媒活性を示し、目的の2-メチルアセト酢酸エチルを最大15%の収率で与えることが判明した。さらに、このチアミン二リン酸依存性酵素の活性中心に対して、チロシンやトリプトファン等のアミノ酸残基を変異導入することで、そのラジカルカップリング反応に対する触媒活性が向上することが判明した。活性中心に導入されたチロシンやトリプトファンは、電子受容体として機能し、補因子からの電子移動によるラジカル反応の進行を仲介しているものと考えられる。今後、同定したチアミン二リン酸依存性酵素のさらなる触媒活性と基質一般性の向上をめざし、酵素の活性中心に対する遺伝子工学的な改変を実施する。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

本研究では、酵素の反応適用範囲を光化学的に拡張することをめざし、光励起によるラジカルカップリング反応を促進する新規生体触媒を開発することを目的とする。2023年度の研究成果として、既に、目的のラジカルカップリング反応を触媒する好熱性放線菌由来のチアミン二リン酸/フラビンアデニンジヌクレオチド依存性酵素同定することに成功した。さらに、このチアミン二リン酸/フラビンアデニンジヌクレオチド依存性酵素の活性中心に対して、ドッキングシミュレーションに基づく遺伝子工学的改変を実施することで、そのラジカルカップリング反応に対する触媒活性を大幅に向上させることに成功している。以上の成果から、おおむね順調に進展しているとの評価を行った。

今後の研究の推進方策

今後、同定したチアミン二リン酸/フラビンアデニンジヌクレオチド依存性酵素のさらなる触媒活性と基質一般性の向上をめざし、酵素の活性中心に対する遺伝子工学的な改変を実施する。特に、基質であるハロゲン化アルキルと本酵素とのドッキングシミュレーション・分子動力学計算を実施し、チアミン二リン酸依存性酵素本来の高い基質特異性を緩和する有効な変異導入点を予測する。また、獲得された高活性酵素 変異体に対して、反応速度論的解析・X線結晶構造解析・EPR測定等の詳細な解析を実施し、酵素の反応機構に対する知見を得る。さらには、新しく開発した酵素反応系を、微生物が持つ代謝経路と組み合わせることで、バイオマス(再生可能資源)から医薬品合成中間体などの高付加価値な光学活性化合物を生産するプラットフォームを確立することをめざす。

報告書

(1件)
  • 2023 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 4件、 招待講演 5件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] RWTH Aachen University/Bierefeld University(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Evolutionary Engineering of a Cp*Rh(III) Complex-Linked Artificial Metalloenzyme with a Chimeric β-Barrel Protein Scaffold2023

    • 著者名/発表者名
      Kato Shunsuke、Onoda Akira、Schwaneberg Ulrich、Hayashi Takashi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: in press 号: 15 ページ: 8285-8290

    • DOI

      10.1021/jacs.3c00581

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Chitin‐ and Streptavidin‐Mediated Affinity Purification Systems: A Screening Platform for Enzyme Discovery2023

    • 著者名/発表者名
      Kato Shunsuke、Takeuchi Koki、Iwaki Motonao、Miyazaki Kentaro、Honda Kohsuke、Hayashi Takashi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 62 号: 31

    • DOI

      10.1002/anie.202303764

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] キチン粉末を利用したタンパク質精製手法の開発: 非天然化学反応を指向した酵素探索への応用2024

    • 著者名/発表者名
      加藤 俊介、林 高史
    • 学会等名
      生物無機化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 有機触媒反応から学ぶ光駆動型ラジカル酵素の創製2024

    • 著者名/発表者名
      加藤 俊介
    • 学会等名
      学術変革領域(A) 予知生合成科学 第3回公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] In vitro High-throughput Screening of Hemoprotein Library for Stereodivergent Synthesis of 1,2-Disubstituted Cyclopropanes2024

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Kato
    • 学会等名
      1st Unified Catalysis Joint Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 非天然化学反応を指向した微生物酵素の探索と遺伝子工学的改変2024

    • 著者名/発表者名
      加藤 俊介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2004年度大会 大会シンポジウム「物質生産技術の革新を目指した予知生合成科学」
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 多糖高分子を利用したタンパク質精製手法の開発:非天然化学反応を指向した酵素探索への応用2024

    • 著者名/発表者名
      加藤 俊介
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会 一般シンポジウム「化学の力で拓く革新的タンパク質研究」
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] キチン粉末を利用したアフィニティー精製手法の開発:シクロプロパン化反応を触媒する微生物酵素の探索への応用2023

    • 著者名/発表者名
      加藤 俊介、林 高史
    • 学会等名
      第49回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Evolutionary Engineering of Artificial Metalloenzymes for Abiotic Transformations2023

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Kato
    • 学会等名
      SPEED×Bottom-up Biotech×ELSI joint workshop
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Directed Evolution of a Rh(III)-Linked Artificial Metalloenzyme for C-H Bond Functionalization2023

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Kato
    • 学会等名
      Gordon Research Conference -Expanding the boundaries of Protein Engineering-
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] In vitro High-Throughput Screening Platforms for Protein Engineering and Enzyme Discovery2023

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Kato
    • 学会等名
      Vortrag im Rahmen des Organisch-Chemischen IOCB-Kolloquiums
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] バイオサイエンスとインダストリー2024

    • 著者名/発表者名
      加藤 俊介、林 高史
    • 総ページ数
      272
    • 出版者
      バイオインダストリー協会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 指向性進化法を駆使した人工金属酵素の創製

    • URL

      http://www.cfi.eng.osaka-u.ac.jp/seeds/seeds_list_1/kato_shunsuke_assist/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 自然界にない化学反応を実現する人工酵素の開発

    • URL

      https://miraibook.jp/researcher/sa23009

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

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公開日: 2023-04-13   更新日: 2024-12-25  

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