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フォトニックDNAプロセッサを用いた核酸機能の活性化制御

公募研究

研究領域ナノメディシン分子科学
研究課題/領域番号 24107515
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関大阪大学

研究代表者

小倉 裕介  大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (20346191)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2013年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2012年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
キーワードDNAコンピュータ / 生体生命情報学 / 応用光学・量子光工学 / 核酸 / ナノバイオ
研究概要

疾病の究明やオーダーメイド医療、創薬など多くの場面で細胞を分子レベルで認識、解析、制御することが必要とされている。本研究では、細胞内の分子情報と外部からのマクロ情報に基づき細胞内の環境を効率的に制御することをめざし、フォトニックDNAプロセッサの開発とDNA活性制御への応用を行なう。本年度は、主にフォトニックDNAプロセッサの光経路スイッチ、駆動用光パターン生成、DNA活性制御技術に関して成果が得られた。
アクティベータ分子を用いた蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)の光制御系を2つ組み合わせ、制御光の波長によるFRETエネルギー伝達の経路選択技術を構築した。2つの系を順次アクティベートして各アクセプタからの蛍光強度を測定したところ、活性化した側の出力蛍光強度が高くなった。これは光の波長に依存してFRET分岐経路が選択されたことを示しており、本技術によりフォトニックDNAプロセッサにおいて外部信号にしたがった演算切り換えが実現できる。
ナノプロセッサの駆動制御のため、回折限界よりも小さな光スポットを多数生成する手法を開発した。さまざまなスポットアレイの生成を実験で確認した。この技術の適用により、空間並列かつ領域限定的にナノプロセッサを駆動することができる。
ナノプロセッサの出力は、レポーター分子の励起エネルギーとして得られる。このエネルギーを熱に変換することにより、近傍のDNAを変性・放出する手法を構築した。放出対象のDNAとBlack Hole Quencher(BHQ)を修飾した相補鎖DNAで二本鎖を作製し、光照射によりBHQを励起したところ、反応速度が向上することを確認した。これは、ナノプロセッサの出力としてのDNA放出、すなわちDNAの活性化制御が可能であることを示している。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (14件) (うち招待講演 5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] A nanoscale set-reset flip-flop in fluorescence resonance energy transfer-based circuits2013

    • 著者名/発表者名
      T. Nishimura, Y. Ogura, and J. Tanida
    • 雑誌名

      Applied Physics Express

      巻: 6 号: 1 ページ: 15201-15201

    • DOI

      10.7567/apex.6.015201

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] リポソーム内DNA論理演算の実証2013

    • 著者名/発表者名
      風山祐輝,小倉裕介,谷田純
    • 学会等名
      第60回応用物理学会春期学術講演会
    • 発表場所
      神奈川工科大学(神奈川)
    • 年月日
      2013-03-29
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 光活性型蛍光分子を用いた光入力型フリップフロップ2013

    • 著者名/発表者名
      西村隆宏,小倉裕介,山田憲嗣,山本裕紹,谷田純
    • 学会等名
      第60回応用物理学会春季学術講演会
    • 発表場所
      神奈川工科大学(神奈川)
    • 年月日
      2013-03-29
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 光プログラム可能なDNA論理演算法2013

    • 著者名/発表者名
      小倉裕介,浅川洋平,西村隆宏,谷田 純
    • 学会等名
      レーザ学会学術講演会第33回年次大会
    • 発表場所
      姫路商工会議所(兵庫県)
    • 年月日
      2013-01-30
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Photonic Nanoscale Logic Using Fluorescence Resonance Energy Transfer on a DNA Scaffold2012

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, Hirotsugu Yamamoto, Kenji Yamada, Jun Tanida
    • 学会等名
      The Second Japan-Korea Workshop on Digital Holography and Information Photonics (DHIP) 2012
    • 発表場所
      The University of Tokushima
    • 年月日
      2012-11-19
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA scaffold logic: logic operation on molecular inputs using FRET cascades2012

    • 著者名/発表者名
      西村隆宏,小倉裕介,山田憲嗣,山本裕紹,谷田純
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知県)
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 位相拘束を導入した反復フーリエ変換法によるサブμmパターン生成回折光学素子の設計2012

    • 著者名/発表者名
      小倉裕介
    • 学会等名
      第73回応用物理学会学術講演会
    • 発表場所
      愛媛大学(愛媛県)
    • 年月日
      2012-09-12
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Functional molecular sensing using photonic DNA nano-processor2012

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, Hirotsugu Yamamoto, Kenji Yamada, Jun Tanida
    • 学会等名
      1st International Workshop on Information Physics and Computing in Nano-scale Photonics and Materials (IPCN)
    • 発表場所
      University of Orleans, France
    • 年月日
      2012-09-07
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA logic circuit using fluorescence resonance energy transfer for signal cascade2012

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Nishimura, Yusuke Ogura, Kenji Yamada, Hirotsugu Yamamoto, and Jun Tanida
    • 学会等名
      18th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 発表場所
      Aarhus University, Denmark
    • 年月日
      2012-08-14
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Optical Manipulation of Liquid-based Microreactors in Optofluidic DNA Computation

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Nishimura, Yuki Kazayama, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 学会等名
      Optical trapping applications 2013
    • 発表場所
      Waikoloa Marriott Beach Resort and Spa, Hawaii, USA
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Optical Control of Fluorescence Resonance Energy Transfer Paths in Photonic DNA Nano-processor

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Ryo Fujii, Takahiro Nishimura, Jun Tanida
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Nanomedicine Molecular Science (NMMS2013)
    • 発表場所
      Univ. Tokyo, Tokyo, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Optofluidic DNA computation using holographic optical tweezers

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Yuki Kazayama, Jun Tanida
    • 学会等名
      International Workshop on Holography and related technologies (IWH2013)
    • 発表場所
      Kitami Institute of Technology, Hokkaido, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Optically programmable molecular information processing

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Ryo Fujii, Takahiro Nishimura, Yuki Kazayama, Jun Tanida
    • 学会等名
      The 3rd Japan-Korea Workshop on Digital Holography and Information Photonics (DHIP2013)
    • 発表場所
      ETRI, Daejeon, Korea
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAスキャッホルド論理における相互情報量の評価

    • 著者名/発表者名
      小倉裕介,谷田 純
    • 学会等名
      第74回応用物理学会秋季学術講演会
    • 発表場所
      同志社大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 波長選択性を有する蛍光共鳴エネルギー移動の光制御

    • 著者名/発表者名
      藤井 亮,西村 隆宏,小倉 裕介,谷田 純
    • 学会等名
      Optics & Photonics Japan 2013
    • 発表場所
      奈良県新公会堂
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [図書] Nanophotonic Information Physics (Chapter 4, Photonic DNA nano-processor: a photonics-based approach to molecular processing mediated by DNA)2014

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Takahiro Nishimura, Hirotsugu Yamamoto, Kenji Yamada, Jun Tanida
    • 総ページ数
      250
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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