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核酸の特異構造形成に基づく錯生成プログラミング

公募研究

研究領域配位プログラミング ― 分子超構造体の科学と化学素子の創製
研究課題/領域番号 24108734
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関熊本大学

研究代表者

井原 敏博  熊本大学, 自然科学研究科, 教授 (40253489)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
2013年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2012年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワードDNAコンジュゲート / 金属錯体 / ターピリジン / ビピリジン / DNAzyme / 可逆的スプライシング / シークエンス編集 / 核酸 / 希土類金属錯体 / モレキュラービーコン / DNAアプタマー / ATPセンサー / 分子認識 / スプリットプローブ / 時間分解発光測定
研究概要

terpyridine(terpy)を基体とするアミダイト試薬を合成し、これを用いて骨格中の互いに離れた位置に2つのterpyユニットを組込んだDNA、terpy2DNAを合成した。Cu2+、Zn2+、Ni2+、Fe2+などの2価の遷移金属イオン共存下、terpy2DNAとterpy2DNA上の2つのterpyの外側の2つのシークエンスに相補的な連続配列との間で形成する二本鎖の熱安定性を評価した結果、遷移金属イオン共存下、二本鎖が著しく安定化することを確認することができた。また、Fe2+添加に伴う吸収スペクトル変化を観察した結果、可視部にterpy:Fe2+ = 2:1錯体に特徴的な吸収が定量的に生じていることがわかった。すなわち、terpy2DNAはFe2+との錯生成によりΩ型構造を形成し、terpyの外側の2つのシークエンスが直接連結されたような状態になる。これは、金属イオンによるシークエンスの編集、または可逆的なスプライシングと見做すことができる。
この性質を利用して、Fe2+およびNi2+により、DNAzymeの機能制御を行った。ペルオキシダーゼ活性を持つDNAzymeを一旦スプリットして不活化する、terpy2DNAが特定の金属イオンとの相互作用によりΩ構造をとったときにのみこれらスプリットDNAzymeの有効なテンプレートとしてはたらき、完全体のDNAzymeが再構成されるシステムを構築した。酸化反応により発色する基質を利用して反応をモニターした。金属非共存下においてはほとんど触媒活性が見られなかったが、terpy2DNAと同濃度のFe2+やNi2+を添加すると著しい触媒活性を示すことがわかった。この活性は、EDTA添加によりほぼ完全に消失した。また、terpy間のシークエンス、すなわち、ループに相補的な一本鎖DNAを導入した際にも反応の進行を認めることはできなかった。ループが二本鎖となり剛直になった結果、Ω構造を維持できなくなったためと考えられる。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (14件) (うち招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Alteration of DNAzyme Activity by Silver Ion2014

    • 著者名/発表者名
      Urata, T. Miyahata, H. Matsuura, Y. Kitamura, T. Ihara
    • 雑誌名

      Chem. Lett.

      巻: 43

    • NAID

      130004868237

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metallo-regulation of the bimolecular triplex formation of a peptide nucleic acid.2013

    • 著者名/発表者名
      Shimada H, Sakurai T, Kitamura Y, Matsuura H, Ihara T
    • 雑誌名

      Dalton Trans.

      巻: 42(45) 号: 45 ページ: 16006-13

    • DOI

      10.1039/c3dt51386f

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Versatile Allosteric Molecular Devices Based on Reversible Formation of Luminous Lanthanide Complexes2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Kitamura, S. Yamamoto, Y. Osawa, H. Matsuura, T. Ihara
    • 雑誌名

      Chem. Commun.

      巻: 49 号: 3 ページ: 285-287

    • DOI

      10.1039/c2cc36979f

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rational design for cooperative recognition of specific nucleobases using β-cyclodextrin-modified DNAs and fluorescent ligands on DNA and RNA scaffolds2013

    • 著者名/発表者名
      A. Futamura, A. Uemura, T. Imoto, Y. Kitamura, H. Matsuura, C. -X. Wang, T. Ichihashi, Y. Sato, N. Teramae, S. Nishizawa, T. Ihara
    • 雑誌名

      Chemistry, A European Journal

      巻: 19 号: 32 ページ: 10526-10535

    • DOI

      10.1002/chem.201300985

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] スプリット型プローブの協同的金属錯体形成を利用するDNAの認識及び検出2012

    • 著者名/発表者名
      T. Ihara, and Y. Kitamura
    • 雑誌名

      分析化学

      巻: 61 号: 3 ページ: 193-206

    • DOI

      10.2116/bunsekikagaku.61.193

    • NAID

      10030135293

    • ISSN
      0525-1931
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 金属配位構造を骨格に導入したDNAによる機能性核酸の制御2014

    • 著者名/発表者名
      大浦博之、白浜千里、古園智大、北村裕介、井原敏博
    • 学会等名
      日本化学会第94春季年会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 核酸上でのデザインされた分子間相互作用およびその分析化学的応用2013

    • 著者名/発表者名
      井原敏博
    • 学会等名
      生命理工学研究科セミナー
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 錯生成を利用した可逆的スプライシングによる機能性核酸の制御2013

    • 著者名/発表者名
      大浦博之、古園智大、白浜千里、北村裕介、井原敏博
    • 学会等名
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Metal Ion-directed Drastic Conformational Change of DNA and Its Application to DNAzyme Activity Control2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Ohura, Tomohiro Furuzono, Chisato Shirahama, Yusuke Kitamura, Toshihiro Ihara
    • 学会等名
      第40回国際核酸化学シンポジウム
    • 発表場所
      神奈川大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 金属イオンによる機能制御可能な人工核酸の開発2013

    • 著者名/発表者名
      大浦博之、白浜千里、古園智大、北村裕介、井原敏博
    • 学会等名
      第50回化学関連支部合同九州大会
    • 発表場所
      北九州国際会議場
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] ターピリジンを組み込んだ人工核酸によるDNAzymeの活性制御2013

    • 著者名/発表者名
      大浦博之、白浜千里、古園智大、北村裕介、井原敏博
    • 学会等名
      バイオマテリアル学会九州講演会2013
    • 発表場所
      熊本大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 刺激応答性を有するDNA2013

    • 著者名/発表者名
      井原敏博
    • 学会等名
      バイオマテリアル学会九州講演会2013
    • 発表場所
      熊本大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] DNA-directed metal complex formation and analytical applications2013

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Ihara
    • 学会等名
      Asian International Symposium
    • 発表場所
      立命館大学、草津市
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Flexible Fluorometry for DNA and RNA Analysis Using Rationally Combined Two Probes2012

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Ihara
    • 学会等名
      The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      名古屋大学 豊田講堂、名古屋市
    • 年月日
      2012-11-15
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Versatile Molecular Devices Based on the Reversible Formation of Luminous Lanthanide Complexes2012

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Ihara
    • 学会等名
      The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      名古屋大学 豊田講堂、名古屋市
    • 年月日
      2012-11-15
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Cooperative formation of luminescent lanthanide complexes by metal chelator-DNA conjugates and their application to biosensors2012

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Ihara
    • 学会等名
      11th European Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 発表場所
      Granada, Spain
    • 年月日
      2012-09-12
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 希土類金属錯体の可逆的形成を利用したアロステリック分子センサーの開発2012

    • 著者名/発表者名
      井原敏博
    • 学会等名
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      北海道大学 高等教育推進機構、札幌市
    • 年月日
      2012-09-06
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] DNA/RNA Probing Using Rationally Selected Two DNA Ligands2012

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Ihara
    • 学会等名
      The Second Asian Chemical Biology Conference
    • 発表場所
      サザンビーチホテル、糸満市
    • 年月日
      2012-07-04
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Versatile molecular beacons based on the reversible formation of luminous lanthanide complexes2012

    • 著者名/発表者名
      Toshihiro Ihara
    • 学会等名
      The Second Asian Chemical Biology Conference
    • 発表場所
      サザンビーチホテル、糸満市
    • 年月日
      2012-07-04
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://133.95.131.186/~toshi/

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

URL: 

公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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