遺伝子のせめぎ合いから遺伝システムへ：制限修飾系を手がかりとする探究

• 研究領域: ゲノム・遺伝子相関：新しい遺伝学分野の創成
• 研究課題/領域番号: 24113506
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 小林 一三 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (30126057)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円); 2013年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円); 2012年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
• キーワード: 制限修飾系 / 集団遺伝学 / メタゲノミクス / ゲノム進化 / ピロリ菌 / DNAメチル化 / エピジェネティクス / 制限酵素

研究実績の概要

ピロリ菌は ヒトの胃に感染し胃炎、潰瘍、胃がんを引き起こす細菌であり、高い突然変異率と高い系列間相同組換えによる、ゲノムとエピゲノムの著しい多様性によって知られている。この細菌は幼年期に感染し、一生そこに存続し、遂には胃がんを引き起こす。速い進化の原因は、ピロリ菌がゲノムとエピゲノムを作り替えることによって、新しい小児ホストに適応して、定着することかもしれない。このようなゲノムのミクロ進化と適応を解明するために、私達は、同じ家族内の構成員から得られたピロリ菌で、従来の、７つの遺伝子の配列だけに基づくmulti-locus sequence typingでは、同一あるいはほぼ同一であり、ゲノムがそっくりと考えられるものを選び、全ゲノム配列をIlluminaのショットガンシーケンシングで解読した。まず、塩基突然変異を検出することによって、小児をも含んだ感染経路を詳細にかつ確実に明らかにすることができた。アミノ酸を替える突然変異は、病原性に関与する遺伝子群、外膜タンパク質など細菌細胞表層に関わるタンパク質の遺伝子群、シグナル伝達遺伝子群に起きていた。関与する遺伝子は、小児によって異なっており、これらから、ピロリ菌が新しいホストに適応していく様々な道筋が明らかになった。これらの結果は、病原性に関与する遺伝子が小児への適応に関与する可能性を示唆した。また、アミノ酸を替える突然変異は制限修飾系遺伝子にも起きていた。これらの突然変異は、メチロームを作り替えることによってトランスクリプトームを改変し、適応に関与している可能性がある。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Restriction-modification system with methyl-inhibited base excision and abasic-site cleavage activities (2015)
  • 著者名/発表者名: Masaki Fukuyo, Toshiaki Nakano, Yingbiao Zhang, Yoshikazu Furuta, Ken Ishikawa, Miki Watanabe-Matsui, Hirokazu Yano, Takeshi Hamakawa, Hiroshi Ide, Ichizo Kobayashi
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: Vol. 43, No. 5 号: 5 ページ: 2841-2852
  • DOI: 10.1093/nar/gkv116
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Microevolution of virulence-related genes in Helicobacter pylori familial infection. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshikazu Furuta, Mutsuko Konno, Takako Osaki, Hideo Yonezawa, Taichiro Ishige, Misaki Imai, Yuh Shiwa, Mari Shibata-Hatta, Yu Kanesaki, Hirofumi Yoshikawa, Shigeru Kamiya, Ichizo Kobayashi
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 印刷中
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] To be or not to be: regulation in restriction-modification systems and other toxin-antitoxin systems (2014)
  • 著者名/発表者名: Iwona Mruk, Ichizo Kobayashi
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 42 (1) 号: 1 ページ: 70-86
  • DOI: 10.1093/nar/gkt711
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A sequence-specific DNA glycosylase mediates restriction-modification in Pyrococcus abyssi. (2014)
  • 著者名/発表者名: Ken-ichi Miyazono, Yoshikazu Furuta, Miki Watanabe-Matsui, Takuya Miyakawa, Tomoko Ito, Ichizo Kobayashi, Masaru Tanokura
  • 雑誌名: Nat. Commun. 巻: 5 号: 1 ページ: 3178-3178
  • DOI: 10.1038/ncomms4178
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Methylome diversification through changes in DNA methyltransferase sequence specificity. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoshikazu Furuta, Hiroe Namba-Fukuyo, Tomoko F. Shibata, Tomoaki Nishiyama, Shuji Shigenobu, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Mitsuyasu Hasebe, Ichizo Kobayashi
  • 雑誌名: PLoS Genetics 巻: 10
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] DNA Double‐strand Breaks and Their Consequences in Bacteria and Their Genomes. (2014)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi, Naofumi Handa, Kohji Kusano
  • 雑誌名: Encyclopedia of Life Sciences (eLS) 巻: -
  • 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Alterations in rRNA-mRNA interaction during plastid evolution. (2014)
  • 著者名/発表者名: Kyungtaek Lim, Ichizo Kobayashi, and Kenta Nakai
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: 31 号: 7 ページ: 1728-1740
  • DOI: 10.1093/molbev/msu120
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Chromosome painting in silico in a bacterial species reveals fine population structure (2013)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Ynshikazu Furuta, Kenshiro Oshima, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Masahira Hattori, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: 30(6) 号: 6 ページ: 1454-64
  • DOI: 10.1093/molbev/mst055
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] ゲノムからみるピロリ菌 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小林 一三
  • 雑誌名: 日本臨牀 巻: 第71巻・第8号 ページ: 1352-1367
• [雑誌論文] Mobility of DNA sequence recognition domains in DNA methyltransferases suggests epigenetics-driven adaptive evolution. (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshikazu Furuta, Ichizo Kobayashi
  • 雑誌名: Mobile Genetic Elements 巻: 2(6) 号: 6 ページ: 292-296
  • DOI: 10.4161/mge.23371
  • 査読あり
• [雑誌論文] Movement of DNAsequence recognition domains between non-orthologous proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: Y Furuta, I Kobayashi
  • 雑誌名: Nucleic AcidsRes 巻: 40(18) 号: 18 ページ: 9218-9232
  • DOI: 10.1093/nar/gks681
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide survey of mutual homologous recombination in a highly sexual bacterial species (2012)
  • 著者名/発表者名: K Yahara, et al., I Kobayashi
  • 雑誌名: Genome Biol. Evol 巻: 4(5) 号: 5 ページ: 628-640
  • DOI: 10.1093/gbe/evs043
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large variations in bacterial ribosomal RNA genes. (2012)
  • 著者名/発表者名: K Lim, Y Furuta, I Kobayashi
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol 巻: 29(10) 号: 10 ページ: 2937-2948
  • DOI: 10.1093/molbev/mss101
  • 査読あり
• [学会発表] ピロリ菌の家族内感染におけるゲノム進化 (2015)
  • 著者名/発表者名: 古田芳一、大崎敬子、米澤英雄、神谷茂、小林一三
  • 学会等名: 第88回日本細菌学会
  • 発表場所: 長良川国際会議場（岐阜県岐阜市）
  • 年月日: 2015-03-26 – 2015-03-28
• [学会発表] ゲノムのミクロ進化：ピロリ菌家族内感染の場合 (2015)
  • 著者名/発表者名: 古田芳一、今野武津子、大崎敬子、米澤英雄、石毛太一郎、今井美咲、志波優、柴田（八田）真理、兼崎友、吉川博文、神谷茂、小林一三
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 神戸大学（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] 特定のエピゲノム状態がピロリ菌ストレス耐性を支配する (2015)
  • 著者名/発表者名: 矢野大和、Md.Zobaidul Alam, 林原絵美子、古田芳一、鈴木穣、菅野純夫、柴山恵吾、小林一三
  • 学会等名: 第9回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 神戸大学（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2015-03-06 – 2015-03-08
• [学会発表] Epigenetics Driven Evolution (2014)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: Baylor College での講演
  • 発表場所: ヒューストン（米国）
  • 年月日: 2014-12-08
  • 招待講演
• [学会発表] H. pylori evolution (2014)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: VI International Symposium of Helicobacter pylori: natural history and implications for human health
  • 発表場所: サンホセ（コスタリカ）
  • 年月日: 2014-12-03
  • 招待講演
• [学会発表] Epigenetics Driven Evolution (2014)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: Emory Universityにおける講演
  • 発表場所: アトランタ（米国）
  • 年月日: 2014-11-17
  • 招待講演
• [学会発表] 細菌エピゲノムの進化：PacBioマ シンによるピロリ菌メチローム解読から (2014)
  • 著者名/発表者名: 小林一三
  • 学会等名: 第97回日本細菌学会関東支部総会
  • 発表場所: 東京ドームホテル（東京都文京区）
  • 年月日: 2014-10-30 – 2014-10-31
• [学会発表] Genome/methylome evolution in H. pylori: oncogenic bacteria (2014)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: Center for Disease Control of China における講演
  • 発表場所: 北京（中国）
  • 年月日: 2014-10-10
  • 招待講演
• [学会発表] Methylome dynamics in H. pylori (2014)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: XXVIIth International Workshop on Helicobacter and Microbiota in Chronic Digestive Inflammation and Gastric Cancer
  • 発表場所: ローマ（イタリア）
  • 年月日: 2014-09-11 – 2014-09-13
• [学会発表] Epigenetics-driven evolution? (2014)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: 16th Annual Meeting of the Society of Evolutionary Studies
  • 発表場所: 高槻現代劇場（大阪府高槻市）
  • 年月日: 2014-08-22
• [学会発表] 配列特異的ＤＮＡメチル化酵素によるエピゲノム工学：合成生物学・ゲノム工学の拡張へ (2014)
  • 著者名/発表者名: 小林一三
  • 学会等名: ゲノム支援拡大班会議
  • 発表場所: 神戸国際会議場(兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2014-08-20 – 2014-08-21
• [学会発表] Evolution of H. pylori (2014)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: 11th International Workshop on Pathogenesis and Host Response in Helicobacter Infections
  • 発表場所: ヘルシンゴー（デンマーク）
  • 年月日: 2014-07-02
  • 招待講演
• [学会発表] Evolution of H. pylori (2014)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: University of Gdaｎsk での講演
  • 発表場所: グダンスク（ポーランド）
  • 年月日: 2014-07-01
  • 招待講演
• [学会発表] 種内集団構造のインシリコ染色体ペインティングによる解明
  • 著者名/発表者名: 矢原耕史、古田芳一、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、○小林一三
  • 学会等名: 日本遺伝学会第85回大会
  • 発表場所: 慶應大学、横浜市
• [学会発表] 一分子リアルタイム(SMRT)シークエンシングによるメチローム解読と「エピジェネティクス駆動進化」仮説
  • 著者名/発表者名: ○古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木 穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三
  • 学会等名: 日本遺伝学会第85回大会
  • 発表場所: 慶應大学、横浜市
• [学会発表] Chromosome painting in silico in a bacterial species reveals fine population structure
  • 著者名/発表者名: 〇K Yahara, Y Furuta, K Oshima, M Yoshida, Ti Azuma, M Hattori, I Uchiyama, and I Kobayashi
  • 学会等名: Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms (CHRO) 2013
  • 発表場所: Aberdeen, UK
• [学会発表] Mobility of DNA sequence recognition domains in DNA methyltransferases suggests epigenetics-driven adaptive evolution (poster presentation)
  • 著者名/発表者名: Yoshikazu Furuta and 〇Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: Campylobacter, Helicobacter and Related Organisms (CHRO) 2013
  • 発表場所: Aberdeen, UK
• [学会発表] Chromosome painting in silico in a bacterial species reveals fine population structure
  • 著者名/発表者名: K. Yahara, Y. Furuta, K. Oshima, M. Yoshida, T. Azuma, M. Hattori, I. Uchiyama, 〇I. Kobayashi
  • 学会等名: EHSG XXVth International Workshop on Helicobacter and related bacteria in chronic digestive inflammation and gastric cancer
  • 発表場所: Madrid, Spain
  • 招待講演
• [学会発表] 第三世代シーケンサー（PacBio社）１分子リアルタイム（SMRT）シーケンシングでのメチローム解読による制限修飾系の認識配列の決定
  • 著者名/発表者名: ○南波宏枝、古田芳一、柴田朋子、西山智明、重信秀治、Desirazu N. Rao、長谷部光泰、小林一三
  • 学会等名: 日本進化学会第15回つくば大会
  • 発表場所: 筑波大学、筑波
• [学会発表] DNAメチル化系の認識配列変換によるメチローム多様化：種内複数株でのメチローム解読からの証拠
  • 著者名/発表者名: ○古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木 穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三
  • 学会等名: 日本進化学会第15回つくば大会
  • 発表場所: 筑波大学、筑波
• [学会発表] 矢原耕史、古田芳一、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、○小林一三
  • 著者名/発表者名: 矢原耕史、古田芳一、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、○小林一三
  • 学会等名: 日本進化学会第15回つくば大会
  • 発表場所: 筑波大学、筑波
• [学会発表] DNAメチル化酵素のドメイン移動によるピロリ菌のエピゲノム多様化
  • 著者名/発表者名: ○古田芳一、小林一三
  • 学会等名: 第19回日本ヘリコバクター学会学術集会
  • 発表場所: 長崎大学、長崎市
  • 招待講演
• [学会発表] インシリコ染色体ペインティングでわかるピロリ菌の詳細な集団構造
  • 著者名/発表者名: 矢原耕史、古田芳一、 吉田優、東健、○小林一三
  • 学会等名: 第19回日本ヘリコバクター学会学術集会
  • 発表場所: 長崎大学、長崎市
• [学会発表] Mobility of restriction-modification systems and their domains
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: International Conference on Nucleic Acid Enzymes and Enzymes in Human Diseases (NAEEHD)
  • 発表場所: The Chinese Univ., Hong Kong
  • 招待講演
• [学会発表] 系統間の遺伝情報フローとそのバリアー
  • 著者名/発表者名: 小林一三
  • 学会等名: 日本農芸化学会２０１３年度大会
  • 発表場所: 東北大学、仙台市
• [学会発表] Movement of DNA sequence recognition domains between non-orthologous proteins（ポスター発表）
  • 著者名/発表者名: ○古田芳一、小林一三
  • 学会等名: 第８６回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 幕張メッセ、千葉市
• [学会発表] Genome-wide Survey of Mutual Homologous Recombination and Diversifying Selection in H. pylori（ポスター発表）
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, ○Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: 第８６回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 幕張メッセ、千葉市
• [学会発表] 種内系列間相同組換えと適応進化の関連のゲノムワイド解析
  • 著者名/発表者名: 矢原耕史、et al., ○小林一三（15/15）
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学、滋賀県長浜市
• [学会発表] DNA配列認識ドメインの非オーソロガス遺伝子間の移動（ポスター発表）
  • 著者名/発表者名: ○古田芳一、小林一三
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学、滋賀県長浜市
• [学会発表] From epigenetics-driven evolution to epigenome engineering
  • 著者名/発表者名: 小林一三
  • 学会等名: フランスー日本セミナー：BioInspired Methods & Applications
  • 発表場所: フランス大使館、東京
  • 招待講演
• [学会発表] DNA配列認識ドメインの非オーソロガスたんぱく質間の移動
  • 著者名/発表者名: 古田芳一、○小林一三
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場、福岡市
• [学会発表] 系列間の遺伝情報フラックスとそのバリアー
  • 著者名/発表者名: 小林一三
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場、福岡市
• [学会発表] なぜ死ぬ/進化する？「感染防御戦略としての個体死」仮説の実験進化による検証
  • 著者名/発表者名: ○福世真樹、佐々木顕、小林一三
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場、福岡市
• [学会発表] 多様なエピゲノムからの選択によって進化が実現する：細菌の配列特異的DNAメチル化にもとづく仮説
  • 著者名/発表者名: 小林一三
  • 学会等名: 第４４回種生物学シンポジウム
  • 発表場所: 奥琵琶湖マキノパークホテル、滋賀県高島市マキノ町
  • 招待講演
• [学会発表] Epigenetics-driven adaptive evolution
  • 著者名/発表者名: 小林一三
  • 学会等名: 名無し進化セミナー
  • 発表場所: 琉球大学、沖縄
  • 招待講演
• [学会発表] Genome-wide survey of homologous recombination and diversifying selection in H. pylori, a highly sexual bacterial species
  • 著者名/発表者名: ○K Yahara, M Kawai, Y Furuta, J Bujnicki, I Uchiyama, I Kobayashi
  • 学会等名: 11th International Conference on Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics of Infectious Diseases
  • 発表場所: New Orleans, USA
• [学会発表] Genome-wide Survey of Homologous Recombination and Diversifying Selection in H. pylori, a Highly Sexual Bacterial Species （poster presentation）
  • 著者名/発表者名: ○K Yahara, et al., I Kobayashi (15/15)
  • 学会等名: Infectious Disease Genomics & Global Health Conference
  • 発表場所: Cambridge, UK
• [学会発表] エピゲノムのディジタルな進化とデザイン
  • 著者名/発表者名: 小林一三
  • 学会等名: 日本遺伝学会第84回大会
  • 発表場所: 九州大学、福岡市
• [学会発表] 相同組換え率の分布と多様化選択：細菌でのゲノムワイド解析
  • 著者名/発表者名: ○矢原耕史、et al.、小林一三（15/15）
  • 学会等名: 日本遺伝学会第84回大会
  • 発表場所: 九州大学、福岡市
• [学会発表] 「感染防御戦略としての利他的な死」仮説の検討
  • 著者名/発表者名: ○福世真樹，佐々木顕，小林一三
  • 学会等名: 第22回日本数理生物学会大会
  • 発表場所: 岡山大学、岡山市
• [学会発表] Epigenome evolution―Two mechanisms in alteration of DNA sequence recognition domains in restriction-modification systems
  • 著者名/発表者名: ○Yoshikazu Furuta, Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: Bacteria, Archaea & Phages
  • 発表場所: Cold Spring Harbor, USA
• [学会発表] Why do we die from infection?
  • 著者名/発表者名: Masaki Fukuyo, Akira Sasaki, ○Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: SESJ2012
  • 発表場所: Tokyo Metropolitan University, Hachioji
• [学会発表] 相同組換えから見た種
  • 著者名/発表者名: 矢原耕史
  • 学会等名: 日本進化学会第１４回大会
  • 発表場所: 首都大学東京、八王子市
• [学会発表] なぜ感染で死ぬのか？ 利他的感染防御としての死の集団実験と数理モデルによる検討 （ポスター発表）
  • 著者名/発表者名: ○福世真樹、佐々木顕、小林一三
  • 学会等名: 日本進化学会第１４回大会
  • 発表場所: 首都大学東京、八王子市
• [学会発表] Why do we die from infection? Success of an altruistic suicidal defense strategy in a structured habitat（poster presentation）
  • 著者名/発表者名: ○Masaki Fukuyo, Akira Sasaki, Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: Evolution
  • 発表場所: Ottawa, Canada.
• [学会発表] Genome-wide survey of mutual homologous recombination in H. pylori
  • 著者名/発表者名: K Yahara, et al., ○I Kobayashi (15/15)
  • 学会等名: 10th International Workshop on Pathogenesis and Host Response in Helicobacter Infections
  • 発表場所: Helsingor, Denmark
• [学会発表] 「超悪玉発がん細菌」ピロリ菌のゲノム比較から種内進化の新しいしくみへ（ポスター発表）
  • 著者名/発表者名: 河合幹彦、古田芳一、矢原耕史、○南波宏枝、鶴剛史、高橋規子、半田直史、吉田優、大島健志朗、内山郁夫、東健、服部正平、小林一三
  • 学会等名: 第12回東京大学生命科学シンポジウム
  • 発表場所: 東京大学医科学研究所、東京
• [学会発表] なぜ死ぬのか？ 利他的な「感染防御としての死」仮説の検証（ポスター発表）
  • 著者名/発表者名: ○福世真樹、佐々木顕、小林一三
  • 学会等名: 第12回東京大学生命科学シンポジウム
  • 発表場所: 東京大学医科学研究所、東京
• [学会発表] ピロリ菌CagA発がんタンパクのDNA組換えによる進化
  • 著者名/発表者名: ○古田芳一、小林一三
  • 学会等名: 第18回日本ヘリコバクター学会学術集会
  • 発表場所: 岡山コンベンションセンター、岡山市
• [学会発表] ピロリ菌ゲノムに残された相同組換えの痕跡
  • 著者名/発表者名: ○小林一三、古田芳一、吉田優、東健
  • 学会等名: 第18回日本ヘリコバクター学会学術集会
  • 発表場所: 岡山コンベンションセンター、岡山市
• [学会発表] ピロリ菌日本株の全ゲノム比較解析から見る発癌細菌の適応進化メカニズム
  • 著者名/発表者名: 古田芳一
  • 学会等名: 岡山大学 第368回 生物科学セミナー
  • 発表場所: 岡山大学、岡山
• [学会発表] Genome-wide survey of homologous recombination and diversifying selection in an extremely sexual bacterial species（poster presentation）
  • 著者名/発表者名: ○K Yahara, M Kawai, Y Furuta, N Takahashi, N Handa, T Tsuru, K Oshima, M Yoshida, T Azuma, M Hattori, I Uchiyama, I Kobayashi
  • 学会等名: Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2012
  • 発表場所: Dublin, Ireland
• [学会発表] 遺伝子内ドメイン移動(DoMo)によるタンパク質多様化の新しいしくみ（ポスター発表）
  • 著者名/発表者名: 古田芳一
  • 学会等名: NGS現場の会第二回研究会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク、大阪市
• [図書] Environmental Control of Gene Expression in Bacteria, (2016)
  • 著者名/発表者名: Iwona Mruk and Ichizo Kobayashi、Frans J. de Bruijn (editor)
  • 出版者: Wiley
• [図書] Helicobacter pylori Research: From Bench to Bedside (2015)
  • 著者名/発表者名: Ichizo Kobayashi、Steffen Backert, Yoshio Yamaoka (editors)
  • 出版者: Springer Japan
• [図書] 「種生物学研究」第39号「エコロジカル・エピジェネティクス－生物の柔軟性の分子生態学－」 (2015)
  • 著者名/発表者名: 小林一三 (責任編集者：荒木希和子・土畑重人）
  • 出版者: 文一総合出版
• [備考] 小林研究室ホームページ
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/ikobaya/index.html
• [備考] Kobayashi Laboratory: Publication in English
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/ikobaya/publication_en.html
• [備考] Kobayashi Laboratory: 日本語文献（研究室メンバーによる）
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/ikobaya/publication_ja.html